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丹参转录因子结合位点预测

基于丹参转录因子 binding motif，对提交 DNA 序列或基因上游 4000 bp 预测可能的转录因子结合位点。
257motifs
38157上游序列
4000 bp预生成长度

证据与阈值说明

该页面使用当前丹参 4 kb promoter 序列和 PWM motif 扫描返回候选位点。0.90 是默认的标准化 PWM 分数筛选值；它不是由丹参 ChIP、DAP-seq、EMSA 或报告基因实验校准的 P 值或 FDR 阈值。命中位点支持后续实验设计，但不能单独证明某个 TF 在丹参中发生结合或调控。

按基因 ID 预测上游 4000 bp

示例

提交 DNA 序列预测

示例

查询结果

输入 ID: SmilChr01G000001.1 ; 解析到 SmilChr01G000001 ; 上游区间: NC_080387.1:43739-47738 ; 阈值: 0.95

完整扫描链特异命中: 129; 按 motif 与坐标去重（合并两链）: 126. 展示范围: 1–50 / 129.

1 / 3

129 条筛选后链特异命中 下载全部筛选命中 TSV

TF ID 新 Gene ID 家族 基序 起始 终止 链 匹配序列 标准化分数 原始分数 共识序列 来源链接
SMil_00006887-RA_Salv SmilChr04G000154 M-type_MADS MP00553 59 64 + TGGTGA 1.000 12.53 TGGTGA 来源
SMil_00019943-RA_Salv SmilChr03G001493 ERF MP00027 842 849 + CCGCCGCC 1.000 18.80 CCGCCGCC 来源
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC MP00108 1027 1035 + TTAAGTAAT 1.000 14.97 TTAAGTAAT 来源
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP MP00062 1389 1396 + GGGACCAC 1.000 18.10 GGGACCAC 来源
SMil_00007940-RA_Salv SmilChr02G004793 TCP MP00065 1389 1396 + GGGACCAC 1.000 18.27 GGGACCAC 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 2033 2040 + AGTAGTAG 1.000 10.90 TGTAGTAG 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 2048 2055 + GGTAGTAG 0.999 10.88 TGTAGTAG 来源
SMil_00005206-RA_Salv SmilChr04G002625 bZIP MP00642 3954 3960 + TACGTCA 0.998 12.19 TACGTCA 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 2685 2692 + TGAAGTAG 0.997 10.69 TGTAGTAG 来源
SMil_00012149-RA_Salv SmilChr05G000765 ERF MP00623 843 850 + CGCCGCCA 0.995 16.90 CGCCGCCA 来源
SMil_00011217-RA_Salv SmilChr02G004107 SBP MP00664 2666 2672 - CCGTACG 0.993 12.68 GGTACGG 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 2477 2485 - AAGTATCTG 0.988 9.61 AAGATATTT 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 3239 3247 + CAGATACTT 0.988 9.61 AAGATATTT 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 2463 2471 + GAGATACTC 0.987 9.60 AAGATATTT 来源
SMil_00012147-RA_Salv SmilChr05G000767 ERF MP00645 843 850 + CGCCGCCA 0.986 18.08 CGCCGCCA 来源
SMil_00013510-RA_Salv SmilChr05G002244 G2-like MP00378 1099 1106 - AAGATTCC 0.985 11.09 AGAATCTG 来源
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP MP00169 1386 1397 + GGGGGGACCACA 0.984 20.36 GTTGGGACCACA 来源
SMil_00017002-RA_Salv SmilChr04G000851 G2-like MP00297 3319 3329 + AATAGAATGTT 0.983 12.87 AAAAGAATGTT 来源
SMil_00015103-RA_Salv SmilChr04G002730 CAMTA MP00042 1751 1759 + CCGCGTCGT 0.983 13.86 CCGCGTTAC 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 3414 3421 + ATTAGTAG 0.982 9.59 TGTAGTAG 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 1175 1182 + GTTAGTAG 0.982 9.57 TGTAGTAG 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 980 987 - TTACTACT 0.982 9.56 TGTAGTAG 来源
SMil_00013510-RA_Salv SmilChr05G002244 G2-like MP00378 1682 1689 - CATATTCC 0.981 10.76 AGAATCTG 来源
SMil_00020641-RA_Salv SmilChr01G005665 ERF MP00411 839 849 + CCACCGCCGCC 0.981 21.86 CCGCCACCGCC 来源
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP MP00307 2664 2674 - GTCCGTACGTC 0.980 12.57 ATTGTACGGAT 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 1495 1502 - TTACTTCA 0.979 9.35 TGTAGTAG 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 2576 2583 + GGAAGTAA 0.978 9.31 TGTAGTAG 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 3293 3301 + TAGATATTT 0.978 9.20 AAGATATTT 来源
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP MP00307 1091 1101 - TGCCGTACAAG 0.978 12.45 ATTGTACGGAT 来源
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH MP00082 1393 1400 + CCACATGG 0.977 13.38 TCACGTGG 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 3696 3703 + TGAAGTGG 0.976 9.15 TGTAGTAG 来源
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY MP00071 3028 3035 + CGGTCAAA 0.975 12.62 CGGTCAAC 来源
SMil_00018386-RA_Salv SmilChr04G002065 MYB_related MP00631 2509 2516 + CGGATAGC 0.975 11.16 TGGATAAC 来源
SMil_00018386-RA_Salv SmilChr04G002065 MYB_related MP00631 3473 3480 - GCTATCCG 0.975 11.16 TGGATAAC 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 2307 2315 - GAGTATCCC 0.975 9.06 AAGATATTT 来源
SMil_00015434-RA_Salv SmilChr06G001183 TCP MP00326 1386 1398 + GGGGGGACCACAT 0.974 21.17 GTGGGGACCACAA 来源
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF MP00574 1972 1981 - TTTGTCGCCA 0.974 12.30 ATCCGACAAA 来源
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP MP00555 2664 2674 - GTCCGTACGTC 0.973 13.77 ATTGTACGGAT 来源
SMil_00002627-RA_Salv SmilChr04G003980 MYB_related MP00654 2582 2590 - AAGTATCTT 0.972 8.94 AAGATATTT 来源
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 MP00416 2030 2037 + ACAAGTAG 0.972 8.85 TGTAGTAG 来源
SMil_00019324-RA_Salv SmilChr01G002985 TCP MP00006 1389 1396 + GGGACCAC 0.972 16.47 GGGCCCAC 来源
SMil_00027050-RA_Salv SmilChr01G002558 MIKC_MADS MP00076 2894 2914 - GAAAGAAAAAAGAAGAAAAGG 0.971 15.98 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 来源
SMil_00011019-RA_Salv SmilChr08G002130 WOX MP00669 1169 1176 - TTGATTGT 0.971 9.58 TCAATCAA 来源
SMil_00005206-RA_Salv SmilChr04G002625 bZIP MP00642 2517 2523 - CGACGTG 0.970 9.73 TACGTCA 来源
SMil_00011019-RA_Salv SmilChr08G002130 WOX MP00669 3958 3965 + TCAATTAA 0.970 9.53 TCAATCAA 来源
SMil_00027050-RA_Salv SmilChr01G002558 MIKC_MADS MP00076 2917 2937 - TGAAGGAGGAAGAAGAAGGAG 0.970 15.70 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 来源
SMil_00005206-RA_Salv SmilChr04G002625 bZIP MP00642 2669 2675 + TACGTCG 0.968 9.51 TACGTCA 来源
SMil_00024858-RA_Salv SmilChr05G003291 G2-like MP00160 1096 1106 - TACAAGATTCC 0.968 13.30 GGAATCTTCTA 来源
SMil_00017633-RA_Salv SmilChr08G003064 MYB_related MP00338 3294 3305 + AGATATTTGTAT 0.968 12.07 AGATATTTTTTT 来源
SMil_00018448-RA_Salv SmilChr08G002344 AP2 MP00610 2894 2913 + GAAAGAAAAAAGAAGAAAAG 0.967 16.15 AAAAAAAAAAAAAAGAGAAA 来源