转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 119 / 167 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003031 Chr04 NC_080390.1:46738609-46738618promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46739010-46739116(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr04G003274 Chr04 NC_080390.1:49435970-49435979promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49436371-49436477(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr05G002996 Chr05 NC_080391.1:37009304-37009313promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37009705-37009811(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr05G003239 Chr05 NC_080391.1:41628013-41628022promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41627515-41627621(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G000616 Chr06 NC_080392.1:5336105-5336114promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5335607-5335713(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001054 Chr06 NC_080392.1:10396233-10396242promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10395735-10395841(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001516 Chr06 NC_080392.1:16288370-16288379promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16288771-16288877(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001599 Chr06 NC_080392.1:17750518-17750527promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17750020-17750126(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001608 Chr06 NC_080392.1:17930928-17930937promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17931329-17931435(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001655 Chr06 NC_080392.1:18796392-18796401promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18796793-18796899(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001700 Chr06 NC_080392.1:19517717-19517726promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19518118-19518224(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001819 Chr06 NC_080392.1:21350748-21350757promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21351149-21351255(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G001850 Chr06 NC_080392.1:21817411-21817420promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21816913-21817019(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002137 Chr06 NC_080392.1:28941592-28941601promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28941993-28942099(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002159 Chr06 NC_080392.1:29494866-29494875promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29494368-29494474(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002287 Chr06 NC_080392.1:32898093-32898102promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32898494-32898600(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002404 Chr06 NC_080392.1:34809900-34809909promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34810301-34810407(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002992 Chr06 NC_080392.1:42764292-42764301promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42764693-42764799(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G002331 Chr07 NC_080393.1:21611728-21611737promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21612129-21612235(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G002473 Chr07 NC_080393.1:23260920-23260929promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 23261321-23261427(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G002839 Chr07 NC_080393.1:28488331-28488340promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28488732-28488838(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G002854 Chr07 NC_080393.1:28684660-28684669promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28684162-28684268(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003001 Chr07 NC_080393.1:30791551-30791560promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30791053-30791159(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003436 Chr07 NC_080393.1:37851904-37851913promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37852305-37852411(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003549 Chr07 NC_080393.1:41213071-41213080promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41212573-41212679(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003703 Chr07 NC_080393.1:44693083-44693092promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44692585-44692691(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003726 Chr07 NC_080393.1:45269043-45269052promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45269444-45269550(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003727 Chr07 NC_080393.1:45274750-45274759promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45275151-45275257(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003744 Chr07 NC_080393.1:45644451-45644460promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45644852-45644958(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003765 Chr07 NC_080393.1:46046541-46046550promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46046043-46046149(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003859 Chr07 NC_080393.1:47976086-47976095promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47975588-47975694(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003963 Chr07 NC_080393.1:50404380-50404389promoter 内 3600-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50404781-50404887(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G004082 Chr07 NC_080393.1:52322356-52322365promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52321858-52321964(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr08G003073 Chr08 NC_080394.1:30925025-30925034promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30924527-30924633(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr08G003281 Chr08 NC_080394.1:33948894-33948903promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33948396-33948502(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr08G003589 Chr08 NC_080394.1:38691724-38691733promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38691226-38691332(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr02G001297 Chr02 NC_080388.1:23982577-23982586promoter 内 3599-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 23982979-23983085(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr07G003705 Chr07 NC_080393.1:44709100-44709109promoter 内 3599-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44708601-44708707(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG
SmilChr06G002201 Chr06 NC_080392.1:30546635-30546644promoter 内 3555-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30547081-30548538(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr08G003011 Chr08 NC_080394.1:30226844-30226853promoter 内 3555-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30227290-30228918(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr05G003879 Chr05 NC_080391.1:52441181-52441190promoter 内 3529-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52441653-52446039(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr07G001879 Chr07 NC_080393.1:16262238-16262247promoter 内 3524-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16259449-16261770(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr02G001247 Chr02 NC_080388.1:22923384-22923393promoter 内 3513-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22919554-22922905(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr05G003848 Chr05 NC_080391.1:51960145-51960154promoter 内 3511-3520 bp - 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51960635-51963407(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr01G000908 Chr01 NC_080387.1:19145939-19145948promoter 内 3496-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19146444-19155447(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr04G000532 Chr04 NC_080390.1:5883895-5883904promoter 内 3486-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5880920-5883389(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr07G002977 Chr07 NC_080393.1:30362050-30362059promoter 内 3486-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30354380-30361544(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr06G002069 Chr06 NC_080392.1:27275048-27275057promoter 内 3474-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27275575-27278988(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AGAGATACGA
SmilChr02G004499 Chr02 NC_080388.1:67495168-67495177promoter 内 3468-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 67491753-67494644(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTCT
SmilChr02G002566 Chr02 NC_080388.1:44652668-44652677promoter 内 3448-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44648304-44652124(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GATGATACGG