转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 118 / 162 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002117 Chr02 NC_080388.1:37917524-37917538promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37914969-37916168(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15920733-15920747promoter 内 2619-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15917647-15919365(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCATTGGTA
SmilChr07G002917 Chr07 NC_080393.1:29564327-29564341promoter 内 2611-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29559938-29562951(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14818794-14818808promoter 内 2597-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14814848-14817404(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATTAGCTTTTCGTG
SmilChr08G002758 Chr08 NC_080394.1:27227705-27227719promoter 内 2580-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27229126-27229245(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACTGGCTTTTCTTG
SmilChr06G001666 Chr06 NC_080392.1:18928218-18928232promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18929649-18933339(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G005742 Chr01 NC_080387.1:73522241-73522255promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73523681-73524864(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr03G000894 Chr03 NC_080389.1:10247092-10247106promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10242286-10245659(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr05G003363 Chr05 NC_080391.1:44440752-44440766promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44433085-44439251(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTAGAAAAGCCATCC
SmilChr05G003402 Chr05 NC_080391.1:45113062-45113076promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45108643-45111561(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr02G001108 Chr02 NC_080388.1:19969475-19969489promoter 内 2457-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19964701-19967945(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr02G001109 Chr02 NC_080388.1:19975496-19975510promoter 内 2457-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19970724-19973966(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr03G001080 Chr03 NC_080389.1:12503719-12503733promoter 内 2456-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12498885-12502188(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr07G001861 Chr07 NC_080393.1:16130964-16130978promoter 内 2456-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16132509-16133353(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTCTTC
SmilChr01G000158 Chr01 NC_080387.1:2674908-2674922promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2676462-2677486(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTATAGCTTTTCGGA
SmilChr01G002376 Chr01 NC_080387.1:40978727-40978741promoter 内 2413-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40975636-40977153(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G003751 Chr01 NC_080387.1:55876733-55876747promoter 内 2413-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55878321-55881539(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr08G003421 Chr08 NC_080394.1:36422503-36422517promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36417882-36420898(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G005222 Chr01 NC_080387.1:69774145-69774159promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69769582-69772527(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G001290 Chr01 NC_080387.1:25690271-25690285promoter 内 2363-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 25685523-25688647(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr07G004304 Chr07 NC_080393.1:55627992-55628006promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55629648-55632562(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr03G000935 Chr03 NC_080389.1:10660207-10660221promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10655483-10658549(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr05G001139 Chr05 NC_080391.1:9513625-9513639promoter 内 2328-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9506583-9511966(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGCGAAAAGACGCGA
SmilChr01G006154 Chr01 NC_080387.1:76979446-76979460promoter 内 2324-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 76974631-76977783(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr07G004021 Chr07 NC_080393.1:51294344-51294358promoter 内 2303-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51296042-51300006(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATTAAAAGCCATGT
SmilChr02G001023 Chr02 NC_080388.1:18132529-18132543promoter 内 2299-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18128186-18130841(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTCTTT
SmilChr03G002854 Chr03 NC_080389.1:45124255-45124269promoter 内 2298-2312 bp + 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45119757-45122566(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72598645-72598659promoter 内 2296-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72596794-72596954(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCACCTTTTCGGG
SmilChr08G004238 Chr08 NC_080394.1:51841547-51841561promoter 内 2290-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51843258-51851330(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGGGAGGAGCCAAAA
SmilChr04G004139 Chr04 NC_080390.1:56182384-56182398promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56177962-56180648(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGCAAACGCCAAAT
SmilChr04G001442 Chr04 NC_080390.1:23681045-23681059promoter 内 2245-2259 bp - 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23682801-23685784(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr01G000724 Chr01 NC_080387.1:16174410-16174424promoter 内 2195-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16169824-16172618(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr04G000793 Chr04 NC_080390.1:9798243-9798257promoter 内 2141-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9800103-9803925(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCCGGCTTTTCCCC
SmilChr02G001780 Chr02 NC_080388.1:32580384-32580398promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32582247-32585220(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTATAG
SmilChr02G002710 Chr02 NC_080388.1:46959734-46959748promoter 内 2117-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46957781-46957864(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCAGAAGCCAATC
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SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44960383-44960397promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTCAAAAGCCGTTG
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