转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 121 / 149 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003764 Chr02 NC_080388.1:59319267-59319275promoter 内 3593-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59319675-59322528(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G002732 Chr03 NC_080389.1:43418230-43418238promoter 内 3593-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43414949-43417830(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G000519 Chr04 NC_080390.1:5733515-5733523promoter 内 3593-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5730233-5733115(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G003200 Chr02 NC_080388.1:53161307-53161315promoter 内 3592-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53158001-53160906(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53171037-53171045promoter 内 3592-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53167782-53170636(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G001159 Chr04 NC_080390.1:17155160-17155168promoter 内 3590-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17151835-17154757(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G001384 Chr01 NC_080387.1:27249269-27249277promoter 内 3588-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27249682-27252555(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G001525 Chr03 NC_080389.1:18924808-18924816promoter 内 3588-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18922089-18924403(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G001096 Chr02 NC_080388.1:19777984-19777992promoter 内 3587-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19778398-19784710(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182403-61182411promoter 内 3583-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G001383 Chr01 NC_080387.1:27239491-27239499promoter 内 3581-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27239911-27242779(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21846850-21846858promoter 内 3580-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G003075 Chr04 NC_080390.1:47351057-47351065promoter 内 3580-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47351478-47354351(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G001370 Chr03 NC_080389.1:16090409-16090417promoter 内 3579-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16086865-16089995(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G002434 Chr02 NC_080388.1:42395280-42395288promoter 内 3578-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42391965-42394865(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42404865-42404873promoter 内 3578-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48267083-48267091promoter 内 3578-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48267506-48270483(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29920266-29920274promoter 内 3574-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G002463 Chr03 NC_080389.1:39079084-39079092promoter 内 3573-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 39079512-39082377(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G001102 Chr02 NC_080388.1:19837123-19837131promoter 内 3572-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19837552-19840447(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36459308-36459316promoter 内 3570-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G000825 Chr02 NC_080388.1:13951318-13951326promoter 内 3565-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13948074-13950890(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G000937 Chr02 NC_080388.1:16351567-16351575promoter 内 3562-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16347731-16351136(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G004294 Chr02 NC_080388.1:65300250-65300258promoter 内 3562-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65300689-65303577(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G004295 Chr02 NC_080388.1:65310001-65310009promoter 内 3562-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65310440-65313328(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10880305-10880313promoter 内 3560-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10880746-10883586(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22809453-22809461promoter 内 3558-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22805990-22809018(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G003611 Chr02 NC_080388.1:57365998-57366006promoter 内 3552-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57365102-57365557(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40147400-40147408promoter 内 3549-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 40147852-40150693(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35887400-35887408promoter 内 3539-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35884281-35886946(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41174172-41174180promoter 内 3529-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G004308 Chr03 NC_080389.1:61426746-61426754promoter 内 3524-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61427223-61428110(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr04G001362 Chr04 NC_080390.1:22103370-22103378promoter 内 3516-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22103855-22107668(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G004384 Chr02 NC_080388.1:66184836-66184844promoter 内 3514-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66185323-66190015(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408880-57408888promoter 内 3502-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G002516 Chr02 NC_080388.1:43659951-43659959promoter 内 3487-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43657037-43659445(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
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