转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 31 / 161 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001551 Chr05 NC_080391.1:14247568-14247581promoter 内 653-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 14241996-14244233(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTAA
SmilChr03G002262 Chr03 NC_080389.1:35611669-35611682promoter 内 51-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 35615619-35619293(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGGTTGACTTTAT
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73556958-73556971promoter 内 3597-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 73557362-73558285(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACTTCTC
SmilChr01G006143 Chr01 NC_080387.1:76925266-76925279promoter 内 3597-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 76923983-76924875(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACTTCTC
SmilChr07G000813 Chr07 NC_080393.1:5735928-5735941promoter 内 3441-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5736488-5741117(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTTTT
SmilChr04G000362 Chr04 NC_080390.1:3601383-3601396promoter 内 3107-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 3602277-3605317(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G000723 Chr04 NC_080390.1:8499561-8499574promoter 内 3038-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8497533-8498611(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGCG
SmilChr06G002318 Chr06 NC_080392.1:33435796-33435809promoter 内 2902-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33436895-33440269(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G001693 Chr04 NC_080390.1:27983429-27983442promoter 内 2896-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 27984534-27987838(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G002426 Chr01 NC_080387.1:41797411-41797424promoter 内 2873-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41792986-41796296(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G001351 Chr02 NC_080388.1:25283001-25283014promoter 内 2867-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 25278593-25281880(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr07G003993 Chr07 NC_080393.1:50992888-50992901promoter 内 2806-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 50988470-50991706(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G002414 Chr01 NC_080387.1:41514210-41514223promoter 内 2772-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41515439-41518688(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G000661 Chr03 NC_080389.1:7401053-7401066promoter 内 2737-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 7396237-7399802(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G002500 Chr04 NC_080390.1:39937384-39937397promoter 内 2714-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 39932962-39936110(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr05G003634 Chr05 NC_080391.1:48725075-48725088promoter 内 2711-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 48726365-48729507(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G001460 Chr04 NC_080390.1:24018426-24018439promoter 内 2643-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 24014094-24017081(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G002118 Chr03 NC_080389.1:32928133-32928146promoter 内 2634-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 32923658-32926779(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G000007 Chr01 NC_080387.1:165795-165808promoter 内 2581-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 161384-164388(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr06G000626 Chr06 NC_080392.1:5510171-5510184promoter 内 2571-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5511601-5514537(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G000126 Chr02 NC_080388.1:1728182-1728195promoter 内 2559-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1723714-1726753(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G000705 Chr04 NC_080390.1:8203875-8203888promoter 内 2547-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8205329-8208329(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr05G003469 Chr05 NC_080391.1:46085676-46085689promoter 内 2531-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 46087146-46090103(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G001819 Chr01 NC_080387.1:33127720-33127733promoter 内 2523-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33123324-33126255(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G000310 Chr02 NC_080388.1:3902175-3902188promoter 内 2515-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 3903661-3915671(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G001100 Chr02 NC_080388.1:19831231-19831244promoter 内 2510-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 19826761-19829753(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G000235 Chr03 NC_080389.1:2805201-2805214promoter 内 2510-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 2800734-2803723(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G003306 Chr03 NC_080389.1:51252814-51252827promoter 内 2507-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51254308-51257295(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G002926 Chr03 NC_080389.1:46014916-46014929promoter 内 2504-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 46016413-46019380(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G000939 Chr02 NC_080388.1:16383412-16383425promoter 内 2503-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16378949-16381927(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr05G003465 Chr05 NC_080391.1:46041060-46041073promoter 内 2494-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 46042567-46045546(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr05G002293 Chr05 NC_080391.1:24767429-24767442promoter 内 2492-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 24768938-24771861(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G002230 Chr02 NC_080388.1:39657086-39657099promoter 内 2491-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 39652687-39655589(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr01G002410 Chr01 NC_080387.1:41468345-41468358promoter 内 2490-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41469856-41472909(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr03G000185 Chr03 NC_080389.1:1967672-1967685promoter 内 2489-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1969184-1972162(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
SmilChr07G002743 Chr07 NC_080393.1:26960128-26960141promoter 内 2488-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 26955723-26958628(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGAG
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