转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 36 / 149 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58800802-58800809promoter 内 1352-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G004550 Chr02 NC_080388.1:68037756-68037763promoter 内 1350-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 68034096-68035112(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001336 Chr04 NC_080390.1:21580627-21580634promoter 内 1350-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 21583278-21586202(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001215 Chr01 NC_080387.1:24406592-24406599promoter 内 1349-1356 bp - 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 24409244-24415649(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001923 Chr03 NC_080389.1:26995238-26995245promoter 内 1349-1356 bp - 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 26997890-27000023(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002926 Chr03 NC_080389.1:46013758-46013765promoter 内 1346-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 46016413-46019380(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000310 Chr02 NC_080388.1:3901004-3901011promoter 内 1344-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 3903661-3915671(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G000185 Chr03 NC_080389.1:1966527-1966534promoter 内 1344-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 1969184-1972162(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002075 Chr03 NC_080389.1:31723520-31723527promoter 内 1344-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 31726177-31727992(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000787 Chr02 NC_080388.1:12942895-12942902promoter 内 1343-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 12945553-12950874(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G003899 Chr04 NC_080390.1:54765429-54765436promoter 内 1340-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 54768090-54768240(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000720 Chr04 NC_080390.1:8445601-8445608promoter 内 1338-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 8440758-8442945(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G002410 Chr01 NC_080387.1:41467190-41467197promoter 内 1335-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 41469856-41472909(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001423 Chr02 NC_080388.1:26827303-26827310promoter 内 1334-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 26829970-26830536(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G002244 Chr02 NC_080388.1:39860501-39860508promoter 内 1333-1340 bp - 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 39856971-39857840(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001410 Chr01 NC_080387.1:27687173-27687180promoter 内 1331-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 27689843-27692777(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003298 Chr02 NC_080388.1:54253178-54253185promoter 内 1330-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 54248813-54250514(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G000235 Chr03 NC_080389.1:2806388-2806395promoter 内 1329-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 2800734-2803723(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G001380 Chr04 NC_080390.1:22395745-22395752promoter 内 1328-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 22398418-22401324(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G002240 Chr02 NC_080388.1:39753611-39753618promoter 内 1326-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 39749766-39750943(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001217 Chr03 NC_080389.1:13983204-13983211promoter 内 1326-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 13977631-13980536(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G001820 Chr04 NC_080390.1:29696651-29696658promoter 内 1325-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 29699327-29702229(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001543 Chr03 NC_080389.1:19358450-19358457promoter 内 1323-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 19361128-19363921(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003764 Chr02 NC_080388.1:59316996-59317003promoter 内 1322-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 59319675-59322528(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G000567 Chr03 NC_080389.1:6188868-6188875promoter 内 1317-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 6191552-6194439(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001525 Chr03 NC_080389.1:18927081-18927088promoter 内 1316-1323 bp + 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 18922089-18924403(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10868269-10868276promoter 内 1311-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 10870959-10873841(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5828161-5828168promoter 内 1307-1314 bp - 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 5830855-5833154(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G001159 Chr04 NC_080390.1:17157448-17157455promoter 内 1303-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 17151835-17154757(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000101 Chr04 NC_080390.1:914556-914563promoter 内 1302-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 911003-911864(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21844569-21844576promoter 内 1299-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G001924 Chr04 NC_080390.1:31346546-31346553promoter 内 1299-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 31343198-31343851(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003200 Chr02 NC_080388.1:53163603-53163610promoter 内 1297-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 53158001-53160906(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48264800-48264807promoter 内 1295-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 48267506-48270483(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G003300 Chr01 NC_080387.1:51688671-51688678promoter 内 1294-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 51683701-51685971(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001384 Chr01 NC_080387.1:27246970-27246977promoter 内 1289-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 27249682-27252555(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
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