转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 107 / 135 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4289079-4289093promoter 内 754-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4292326-4293199(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGACTTA
SmilChr02G004975 Chr02 NC_080388.1:71641607-71641621promoter 内 709-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 71632567-71638329(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr01G000943 Chr01 NC_080387.1:19962946-19962960promoter 内 692-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 19966255-19970581(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTCTCTTATCCAT
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48145420-48145434promoter 内 652-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACGCTCTTATCCGC
SmilChr01G003338 Chr01 NC_080387.1:52118834-52118848promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52122220-52124536(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATTAGGTTAAT
SmilChr02G001350 Chr02 NC_080388.1:25273761-25273775promoter 内 582-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25269118-25270356(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGAACTTTATCCTC
SmilChr01G002592 Chr01 NC_080387.1:44040838-44040852promoter 内 566-580 bp + 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44036941-44037417(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGCTTG
SmilChr02G000929 Chr02 NC_080388.1:16153243-16153257promoter 内 508-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16149692-16149764(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTAATCATC
SmilChr01G002520 Chr01 NC_080387.1:43152433-43152447promoter 内 504-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43155930-43159761(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATTAGGTTAAT
SmilChr03G001231 Chr03 NC_080389.1:14230557-14230571promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14220513-14227063(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880555-16880569promoter 内 445-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTGCCTTATCCCG
SmilChr03G000788 Chr03 NC_080389.1:8975191-8975205promoter 内 435-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8978757-8979959(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT
SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36658601-36658615promoter 内 434-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36662168-36662685(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATCTTATCCCA
SmilChr01G005660 Chr01 NC_080387.1:72937863-72937877promoter 内 433-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72941431-72945167(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGCGTTT
SmilChr03G000405 Chr03 NC_080389.1:4416584-4416598promoter 内 429-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4411547-4413026(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGTTTCTTATCCGT
SmilChr02G001039 Chr02 NC_080388.1:18479702-18479716promoter 内 412-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18483291-18489780(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT
SmilChr03G000529 Chr03 NC_080389.1:5657544-5657558promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5653067-5653928(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGACTTA
SmilChr03G000237 Chr03 NC_080389.1:2828944-2828958promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2823443-2825281(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGTTTCTTATCCGT
SmilChr02G000539 Chr02 NC_080388.1:7422386-7422400promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7426070-7429307(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT
SmilChr03G001073 Chr03 NC_080389.1:12430564-12430578promoter 内 254-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12434311-12436577(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGTTTCTTATCCGT
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12437463-12437477promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTGCCTTATCCCG
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20178507-20178521promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT
SmilChr01G004953 Chr01 NC_080387.1:67602744-67602758promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67606556-67615522(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATAATT
SmilChr02G000707 Chr02 NC_080388.1:11394622-11394636promoter 内 186-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11389817-11390821(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGGGAATTC
SmilChr03G000191 Chr03 NC_080389.1:2119738-2119752promoter 内 182-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2123557-2124753(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATTAGGTTAAT
SmilChr02G001500 Chr02 NC_080388.1:28047797-28047811promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28041638-28043989(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATTAGGTTAAT
SmilChr02G002685 Chr02 NC_080388.1:46489096-46489110promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46492953-46495890(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGATCCTTATCAGA
SmilChr03G002202 Chr03 NC_080389.1:34653214-34653228promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34657096-34658631(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATTAGGTTAAT
SmilChr03G000334 Chr03 NC_080389.1:3783240-3783254promoter 内 79-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3787162-3788672(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTAATCATC
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10806159-10806173promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGACTTA
SmilChr03G000293 Chr03 NC_080389.1:3363007-3363021promoter 内 36-50 bp - 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3357796-3359056(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATGATTATCCTC
SmilChr03G001891 Chr03 NC_080389.1:26421518-26421532promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 26421585-26424779(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr02G001511 Chr02 NC_080388.1:28118106-28118120promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 28118160-28120912(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGGATC
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50997060-50997074promoter 内 3882-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 50997179-51002895(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAGATAAGGTTTCT
SmilChr03G001576 Chr03 NC_080389.1:19926782-19926796promoter 内 3523-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 19925517-19926318(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGACATTC
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SmilChr02G002774 Chr02 NC_080388.1:47809477-47809491promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 47811022-47814544(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGGATTT
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SmilChr02G005121 Chr02 NC_080388.1:72702335-72702349promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 72698374-72698868(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTTGTTATCCTT
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SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21891178-21891192promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21887929-21891150(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3889457-3889471promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3889500-3892927(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTATGCCTTATCTCT