转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 11 / 167 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004363 Chr07 NC_080393.1:56176754-56176774promoter 内 2961-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56177794-56181590(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64549635-64549655promoter 内 2529-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 64542658-64548183(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGGAAGAGGATAAGGCGCGA
SmilChr01G003200 Chr01 NC_080387.1:50790090-50790110promoter 内 2494-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 50786783-50788603(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G003724 Chr05 NC_080391.1:50343361-50343381promoter 内 2051-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 50345311-50346372(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATACTTATCCAATATTTC
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64549635-64549655promoter 内 1965-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 64551671-64552520(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGCGCCTTATCCTCTTCCTG
SmilChr05G001776 Chr05 NC_080391.1:17469493-17469513promoter 内 1687-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 17471807-17476271(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCCTCTTATCCAAAACTTT
SmilChr03G000541 Chr03 NC_080389.1:5871705-5871725promoter 内 1651-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 5874055-5878153(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTTCTTATCCATTCTTTT
SmilChr03G000516 Chr03 NC_080389.1:5566657-5566677promoter 内 1436-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 5569222-5570204(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTTCTTATCCATTCTTTT
SmilChr03G002163 Chr03 NC_080389.1:33668740-33668760promoter 内 1251-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 33663530-33666010(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCCAAACCTCA
SmilChr03G003233 Chr03 NC_080389.1:50139139-50139159promoter 内 1201-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 50133213-50136359(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCCAAACCTCA
SmilChr03G000990 Chr03 NC_080389.1:11229973-11229993promoter 内 906-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 11233068-11237833(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTTCTTATCCATTCTTTT
SmilChr03G002331 Chr03 NC_080389.1:36774941-36774961promoter 内 844-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 36770655-36771804(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCCAAACCTCA
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27669573-27669593promoter 内 808-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 27664212-27666400(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAAGCTTATCCAGAATCTG
SmilChr02G001357 Chr02 NC_080388.1:25349932-25349952promoter 内 730-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 25353203-25354734(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCCAAACCTCA
SmilChr03G001944 Chr03 NC_080389.1:27694217-27694237promoter 内 394-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 27697824-27700724(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G001403 Chr04 NC_080390.1:22836099-22836119promoter 内 234-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 22839866-22841266(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATGTTTATCCATTCTTTC
SmilChr02G002724 Chr02 NC_080388.1:47136971-47136991promoter 内 3923-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47137049-47139241(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCCGGTGTGGATAAGGACGTA
SmilChr01G006028 Chr01 NC_080387.1:75838642-75838662promoter 内 3804-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75837700-75838465(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTTATCCAAATTGAA
SmilChr06G002210 Chr06 NC_080392.1:30856725-30856745promoter 内 3791-3811 bp + 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30856935-30857470(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G004307 Chr05 NC_080391.1:56773623-56773643promoter 内 3490-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56768788-56773132(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCAATCTTATCCGTTTCATC
SmilChr06G002094 Chr06 NC_080392.1:27864862-27864882promoter 内 3451-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27862462-27864332(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATTGGAGAAGTATGGG
SmilChr07G001253 Chr07 NC_080393.1:9667600-9667620promoter 内 3218-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9666760-9666837(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAGAATGGATAAGAAAATG
SmilChr06G002245 Chr06 NC_080392.1:31884838-31884858promoter 内 2904-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31880225-31883761(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G001841 Chr02 NC_080388.1:33559031-33559051promoter 内 2872-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33560160-33563864(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G001139 Chr01 NC_080387.1:23187186-23187206promoter 内 2835-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23188352-23191802(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr06G001711 Chr06 NC_080392.1:19686996-19687016promoter 内 2826-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19688171-19691702(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G002263 Chr07 NC_080393.1:20831371-20831391promoter 内 2826-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 20826844-20830216(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr06G000325 Chr06 NC_080392.1:2389239-2389259promoter 内 2816-2836 bp - 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2387056-2388074(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000610 Chr01 NC_080387.1:13494233-13494253promoter 内 2811-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13489710-13493063(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G000812 Chr07 NC_080393.1:5728400-5728420promoter 内 2797-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5729604-5733345(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000932 Chr01 NC_080387.1:19760791-19760811promoter 内 2787-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19762005-19765392(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G000996 Chr03 NC_080389.1:11311104-11311124promoter 内 2754-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11308867-11309877(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G003777 Chr07 NC_080393.1:46298528-46298548promoter 内 2659-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46285952-46297206(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr08G000399 Chr08 NC_080394.1:2802391-2802411promoter 内 2648-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2799442-2801058(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000704 Chr01 NC_080387.1:15825987-15826007promoter 内 2645-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15823747-15824651(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000301 Chr01 NC_080387.1:5911228-5911248promoter 内 2638-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5906524-5909885(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTATGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G001417 Chr04 NC_080390.1:23028235-23028255promoter 内 2610-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23029626-23032927(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G003105 Chr05 NC_080391.1:39520868-39520888promoter 内 2594-2614 bp - 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39516735-39519481(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G001889 Chr01 NC_080387.1:34000688-34000708promoter 内 2554-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33996150-33999261(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G000461 Chr02 NC_080388.1:6201102-6201122promoter 内 2546-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6202557-6203829(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G003453 Chr07 NC_080393.1:38584289-38584309promoter 内 2545-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38585745-38588736(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAAGCTTATCCAGAATCTG
SmilChr06G001626 Chr06 NC_080392.1:18118350-18118370promoter 内 2544-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18119807-18123232(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G003927 Chr02 NC_080388.1:61344627-61344647promoter 内 2523-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61346105-61348946(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G001011 Chr03 NC_080389.1:11623290-11623310promoter 内 2507-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11618468-11621816(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G002607 Chr04 NC_080390.1:41466366-41466386promoter 内 2497-2517 bp + 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41467870-41471207(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G000498 Chr02 NC_080388.1:6862730-6862750promoter 内 2493-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6864238-6867223(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTATGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000709 Chr01 NC_080387.1:15855633-15855653promoter 内 2463-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15857171-15857893(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G006029 Chr01 NC_080387.1:75838642-75838662promoter 内 2279-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75840364-75843979(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCAATTTGGATAAGGATAAA
SmilChr03G001966 Chr03 NC_080389.1:28244257-28244277promoter 内 2242-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28246016-28249148(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G005087 Chr01 NC_080387.1:68731856-68731876promoter 内 2196-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 68733661-68735754(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATGACTAGATAAGGATCTG