转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 110 / 134 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002270 Chr02 NC_080388.1:40156321-40156333promoter 内 2239-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40158083-40158189(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G004110 Chr02 NC_080388.1:63400288-63400300promoter 内 2239-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63402050-63402156(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G000575 Chr03 NC_080389.1:6270573-6270585promoter 内 2239-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6272335-6272441(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G001565 Chr03 NC_080389.1:19789070-19789082promoter 内 2239-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19787214-19787320(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G001627 Chr03 NC_080389.1:20926146-20926158promoter 内 2236-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20927911-20928017(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr01G000784 Chr01 NC_080387.1:17054420-17054432promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 17056188-17056294(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr01G005863 Chr01 NC_080387.1:74575479-74575491promoter 内 2233-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74573617-74573723(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr01G005864 Chr01 NC_080387.1:74581335-74581347promoter 内 2233-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74579473-74579579(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G000827 Chr02 NC_080388.1:13971799-13971811promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13973567-13973673(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G003115 Chr02 NC_080388.1:52141630-52141642promoter 内 2233-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52139768-52139874(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G003592 Chr02 NC_080388.1:57129512-57129524promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57131280-57131386(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G003593 Chr02 NC_080388.1:57135326-57135338promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57137094-57137200(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G005114 Chr02 NC_080388.1:72649987-72649999promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72651755-72651861(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G000564 Chr03 NC_080389.1:6146135-6146147promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6147903-6148009(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G001604 Chr03 NC_080389.1:20371524-20371536promoter 内 2233-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20369662-20369768(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G004448 Chr02 NC_080388.1:66827787-66827799promoter 内 2230-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66829558-66829664(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr03G000715 Chr03 NC_080389.1:7936646-7936658promoter 内 2224-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7934775-7934881(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr01G005834 Chr01 NC_080387.1:74356392-74356404promoter 内 2221-2233 bp - 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74354518-74354624(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G002696 Chr02 NC_080388.1:46732934-46732946promoter 内 2212-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46731051-46731157(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42196470-42196482promoter 内 2210-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTGGGC
SmilChr02G001038 Chr02 NC_080388.1:18476914-18476926promoter 内 2205-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18475024-18475130(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCTCA
SmilChr02G001940 Chr02 NC_080388.1:34949868-34949880promoter 内 2173-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34945845-34948052(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTCTGTG
SmilChr01G000571 Chr01 NC_080387.1:11846703-11846715promoter 内 2126-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11848578-11851497(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGGAAGTCAATG
SmilChr02G001611 Chr02 NC_080388.1:29978305-29978317promoter 内 2047-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29980259-29983080(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGGAAGTCAATG
SmilChr03G001597 Chr03 NC_080389.1:20282190-20282202promoter 内 2033-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20284158-20287446(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGGAAGTCAATG
SmilChr02G004339 Chr02 NC_080388.1:65636269-65636281promoter 内 1990-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65638280-65639667(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCATAAGTCAAGA
SmilChr03G001633 Chr03 NC_080389.1:21025319-21025331promoter 内 1930-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21022167-21023260(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAATA
SmilChr02G001166 Chr02 NC_080388.1:21306428-21306440promoter 内 1911-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21301558-21304350(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTCTTCG
SmilChr01G000026 Chr01 NC_080387.1:484884-484896promoter 内 1905-1917 bp + 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 480225-482800(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGGAAGTCAATG
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2041709-2041721promoter 内 1811-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2037174-2039531(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTCCTC
SmilChr01G003215 Chr01 NC_080387.1:50928130-50928142promoter 内 1574-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50930557-50932704(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGATGACTTTTTT
SmilChr01G001461 Chr01 NC_080387.1:28385203-28385215promoter 内 1494-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28387710-28392665(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGAGAAGTCAAGC
SmilChr02G002749 Chr02 NC_080388.1:47525376-47525388promoter 内 1452-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 47527925-47531991(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTATAG
SmilChr02G004012 Chr02 NC_080388.1:62441029-62441041promoter 内 1405-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62438104-62438445(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCATTTC
SmilChr02G000587 Chr02 NC_080388.1:8441498-8441510promoter 内 1368-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8444131-8445285(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGGAAGTCAAAT
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