转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 106 / 119 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004010 Chr01 NC_080387.1:58509689-58509698promoter 内 20-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58513670-58514897(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGTTGATTGG
SmilChr02G001359 Chr02 NC_080388.1:25420393-25420402promoter 内 13-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25413893-25416414(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAA
SmilChr02G000831 Chr02 NC_080388.1:14090905-14090914promoter 内 3249-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 14087237-14090162(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTTTGATTGG
SmilChr01G002722 Chr01 NC_080387.1:45560898-45560907promoter 内 1657-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 45563242-45575353(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14090998-14091007promoter 内 1131-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 14093868-14096579(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAG
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51610588-51610597promoter 内 3978-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 51610611-51610717(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr02G001303 Chr02 NC_080388.1:24174342-24174351promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 24174222-24174328(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr02G004135 Chr02 NC_080388.1:63600289-63600298promoter 内 3787-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 63600503-63600976(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56753167-56753176promoter 内 3753-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 56751999-56752928(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr02G002814 Chr02 NC_080388.1:48195908-48195917promoter 内 3683-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 48196226-48197047(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7046169-7046178promoter 内 2925-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 7047245-7048232(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAG
SmilChr02G002324 Chr02 NC_080388.1:40922875-40922884promoter 内 2759-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 40920720-40921642(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAG
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30156583-30156592promoter 内 2489-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 30158095-30162904(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr02G000424 Chr02 NC_080388.1:5422850-5422859promoter 内 2385-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 5420456-5421243(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr02G002381 Chr02 NC_080388.1:41716570-41716579promoter 内 2226-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 41718345-41719333(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAG
SmilChr02G003702 Chr02 NC_080388.1:58497117-58497126promoter 内 1542-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 58486939-58494667(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAAAG
SmilChr01G004721 Chr01 NC_080387.1:65403079-65403088promoter 内 1528-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 65405552-65406580(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr02G003829 Chr02 NC_080388.1:59943807-59943816promoter 内 1495-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 59946313-59947037(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr01G004227 Chr01 NC_080387.1:60648300-60648309promoter 内 1258-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 60643350-60645566(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr01G003291 Chr01 NC_080387.1:51610588-51610597promoter 内 737-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 51604540-51607333(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr01G000188 Chr01 NC_080387.1:3233708-3233717promoter 内 591-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3223441-3230307(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58588401-58588410promoter 内 356-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 58578309-58584765(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAAATCATTC
SmilChr01G004885 Chr01 NC_080387.1:66911873-66911882promoter 内 42-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 66915832-66919325(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTTTGATTGG
SmilChr01G006200 Chr01 NC_080387.1:77698149-77698158promoter 内 3987-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 77690583-77698144(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTTTGATTGG
SmilChr01G000102 Chr01 NC_080387.1:1821505-1821514promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1821385-1821491(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000103 Chr01 NC_080387.1:1827382-1827391promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1827262-1827368(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000251 Chr01 NC_080387.1:4751214-4751223promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4751094-4751200(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000278 Chr01 NC_080387.1:5490343-5490352promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5490223-5490329(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000363 Chr01 NC_080387.1:7495941-7495950promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7495821-7495927(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000370 Chr01 NC_080387.1:7635163-7635172promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7635043-7635149(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12736950-12736959promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G000605 Chr01 NC_080387.1:13320117-13320126promoter 内 3978-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13320140-13320246(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G001732 Chr01 NC_080387.1:31914581-31914590promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31914461-31914567(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G001733 Chr01 NC_080387.1:31923088-31923097promoter 内 3978-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31922968-31923074(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G002461 Chr01 NC_080387.1:42288871-42288880promoter 内 3978-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42288894-42289000(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42434817-42434826promoter 内 3978-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42434840-42434946(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTTG
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