转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 132 / 161 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003263 Chr07 NC_080393.1:34418445-34418458promoter 内 3101-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34417426-34417558(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003233 Chr07 NC_080393.1:34304345-34304358promoter 内 3100-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34303325-34303457(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr06G000465 Chr06 NC_080392.1:3801962-3801975promoter 内 3099-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3802864-3804811(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAATTTGACTTTGT
SmilChr07G003201 Chr07 NC_080393.1:34217306-34217319promoter 内 3098-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34216284-34216416(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr04G001036 Chr04 NC_080390.1:14717090-14717103promoter 内 3027-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14718064-14734539(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACGTTGACTCTGA
SmilChr01G001167 Chr01 NC_080387.1:23703908-23703921promoter 内 3012-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23704897-23715789(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTATT
SmilChr05G001062 Chr05 NC_080391.1:8782025-8782038promoter 内 3000-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8783026-8794472(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAATAT
SmilChr05G002666 Chr05 NC_080391.1:30158857-30158870promoter 内 2953-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30154774-30157822(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACCTATC
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68851788-68851801promoter 内 2932-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68852857-68853840(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAAAGAA
SmilChr06G003264 Chr06 NC_080392.1:45279642-45279655promoter 内 2867-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45277574-45278521(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGAAGTCAACTTC
SmilChr07G003236 Chr07 NC_080393.1:34338156-34338169promoter 内 2864-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34336899-34337032(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003242 Chr07 NC_080393.1:34370756-34370769promoter 内 2863-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34369498-34369631(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003257 Chr07 NC_080393.1:34413313-34413326promoter 内 2863-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34412055-34412188(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003262 Chr07 NC_080393.1:34418445-34418458promoter 内 2863-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34417186-34417320(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003232 Chr07 NC_080393.1:34304345-34304358promoter 内 2862-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34303086-34303219(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003200 Chr07 NC_080393.1:34217306-34217319promoter 内 2860-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34216045-34216178(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47703863-47703876promoter 内 2845-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47705019-47707728(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACTTG
SmilChr01G002691 Chr01 NC_080387.1:45145469-45145482promoter 内 2842-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45146628-45150823(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTGTTGACTTAGT
SmilChr02G001927 Chr02 NC_080388.1:34681956-34681969promoter 内 2790-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34683167-34686374(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAACGT
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45145469-45145482promoter 内 2784-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACAGT
SmilChr04G000346 Chr04 NC_080390.1:3207575-3207588promoter 内 2770-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3202920-3206357(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAATTGACTTTTG
SmilChr04G002195 Chr04 NC_080390.1:35513156-35513169promoter 内 2757-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35509471-35511925(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAACTG
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5367293-5367306promoter 内 2733-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5365559-5366038(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAAAGTCAAATAT
SmilChr07G002131 Chr07 NC_080393.1:19477783-19477796promoter 内 2687-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19479097-19485668(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAATTC
SmilChr06G000851 Chr06 NC_080392.1:8063333-8063346promoter 内 2676-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8064658-8065899(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTCGA
SmilChr07G003207 Chr07 NC_080393.1:34231433-34231446promoter 内 2661-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34229974-34230106(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003210 Chr07 NC_080393.1:34263343-34263356promoter 内 2661-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34261884-34262016(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003215 Chr07 NC_080393.1:34268925-34268938promoter 内 2661-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34267466-34267598(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003222 Chr07 NC_080393.1:34293620-34293633promoter 内 2661-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34292161-34292293(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003227 Chr07 NC_080393.1:34299202-34299215promoter 内 2661-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34297743-34297875(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr08G000330 Chr08 NC_080394.1:2309450-2309463promoter 内 2593-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2306826-2308055(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAATTGACTTTTG
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36936405-36936418promoter 内 2578-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTCAA
SmilChr04G000155 Chr04 NC_080390.1:1351627-1351640promoter 内 2578-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1353050-1359412(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACTTC
SmilChr04G002137 Chr04 NC_080390.1:34375974-34375987promoter 内 2546-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34377429-34381494(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAATAGTCAACTTA
SmilChr01G003714 Chr01 NC_080387.1:55480346-55480359promoter 内 2544-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55481803-55486554(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGATAGTCAACCTC
SmilChr05G002164 Chr05 NC_080391.1:22899736-22899749promoter 内 2526-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22901211-22902727(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTGACTCCTT
SmilChr02G002331 Chr02 NC_080388.1:41006636-41006649promoter 内 2515-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41008122-41013262(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTCTA
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63501653-63501666promoter 内 2513-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63495354-63500178(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACTAT
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36931421-36931434promoter 内 2483-2496 bp - 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36932939-36935810(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAAAGCT
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57026083-57026096promoter 内 2439-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTATCA
SmilChr07G003206 Chr07 NC_080393.1:34231433-34231446promoter 内 2423-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34229735-34229868(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003209 Chr07 NC_080393.1:34263343-34263356promoter 内 2423-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34261645-34261778(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003214 Chr07 NC_080393.1:34268925-34268938promoter 内 2423-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34267227-34267360(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr07G003226 Chr07 NC_080393.1:34299202-34299215promoter 内 2423-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34297504-34297637(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACTAA
SmilChr03G001554 Chr03 NC_080389.1:19582612-19582625promoter 内 2418-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19584195-19587310(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAAAGCT
SmilChr05G000590 Chr05 NC_080391.1:4453538-4453551promoter 内 2413-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4455126-4457191(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTTTTGACTTTTC
SmilChr04G002452 Chr04 NC_080390.1:39248196-39248209promoter 内 2361-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39249836-39252066(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGGTTGACTTCAA
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75074240-75074253promoter 内 2337-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75075904-75082376(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTATG
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31610119-31610132promoter 内 2316-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31605432-31608447(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAACTT
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38387829-38387842promoter 内 2298-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38389532-38392060(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAAAGCT