转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 2 / 128 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004566 Chr02 NC_080388.1:68180793-68180804promoter 内 1568-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 68183226-68185283(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCT
SmilChr03G000285 Chr03 NC_080389.1:3252968-3252979promoter 内 1263-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 3248378-3250241(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48096249-48096260promoter 内 1219-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 48090316-48093478(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGCA
SmilChr03G000472 Chr03 NC_080389.1:5026835-5026846promoter 内 1049-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 5029787-5032748(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr02G001141 Chr02 NC_080388.1:20651670-20651681promoter 内 1037-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20647071-20648717(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr03G000248 Chr03 NC_080389.1:2939626-2939637promoter 内 997-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2933852-2936633(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G005406 Chr01 NC_080387.1:71315596-71315607promoter 内 952-963 bp - 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 71311053-71312558(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGCA
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36619038-36619049promoter 内 825-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 36622214-36622996(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr03G001446 Chr03 NC_080389.1:17264000-17264011promoter 内 765-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 17257797-17260775(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr01G000854 Chr01 NC_080387.1:18412572-18412583promoter 内 657-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 18415916-18419064(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCT
SmilChr01G003717 Chr01 NC_080387.1:55496092-55496103promoter 内 596-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 55499497-55502956(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGCA
SmilChr03G000405 Chr03 NC_080389.1:4416466-4416477promoter 内 550-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4411547-4413026(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G005191 Chr01 NC_080387.1:69609282-69609293promoter 内 512-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 69604796-69605804(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr01G005192 Chr01 NC_080387.1:69618594-69618605promoter 内 512-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 69614113-69615116(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G004457 Chr02 NC_080388.1:66977615-66977626promoter 内 507-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 66981109-66982251(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr03G000237 Chr03 NC_080389.1:2828797-2828808promoter 内 474-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2823443-2825281(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G003745 Chr01 NC_080387.1:55793055-55793066promoter 内 120-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 55786099-55789185(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGCA
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1265422-1265433promoter 内 36-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 1269387-1271849(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr02G002163 Chr02 NC_080388.1:38859794-38859805promoter 内 3850-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38852543-38859654(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54611678-54611689promoter 内 3726-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54610428-54611414(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr02G000668 Chr02 NC_080388.1:10300385-10300396promoter 内 3707-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10300679-10301591(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr01G000418 Chr01 NC_080387.1:8436299-8436310promoter 内 3697-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8436603-8437870(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G004449 Chr02 NC_080388.1:66850083-66850094promoter 内 3227-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66850857-66852409(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCT
SmilChr02G005047 Chr02 NC_080388.1:72213602-72213613promoter 内 3227-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72214376-72218282(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G005045 Chr02 NC_080388.1:72191535-72191546promoter 内 3226-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72192310-72196215(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr03G001644 Chr03 NC_080389.1:21262083-21262094promoter 内 3076-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21263008-21266767(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr03G001646 Chr03 NC_080389.1:21291525-21291536promoter 内 3067-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21292459-21296212(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G001228 Chr02 NC_080388.1:22575217-22575228promoter 内 2748-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22576470-22583545(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr01G000756 Chr01 NC_080387.1:16628027-16628038promoter 内 2633-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16629395-16630636(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr02G003254 Chr02 NC_080388.1:53830296-53830307promoter 内 2521-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53831776-53834508(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTTT
SmilChr01G000684 Chr01 NC_080387.1:15305558-15305569promoter 内 2481-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15300928-15304049(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr01G005927 Chr01 NC_080387.1:75071502-75071513promoter 内 2444-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75064532-75069956(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTCT
SmilChr02G002164 Chr02 NC_080388.1:38859794-38859805promoter 内 2403-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38861392-38862396(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G002166 Chr02 NC_080388.1:38869155-38869166promoter 内 2403-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38870753-38871757(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr03G000595 Chr03 NC_080389.1:6608021-6608032promoter 内 2400-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6603376-6606431(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
SmilChr02G000404 Chr02 NC_080388.1:5006227-5006238promoter 内 2328-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5007900-5010738(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGCA
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