转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 34 / 123 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27903671-27903685promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 27900496-27902140(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTCT
SmilChr01G004227 Chr01 NC_080387.1:60647218-60647232promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 60643350-60645566(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G001031 Chr01 NC_080387.1:21476638-21476652promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 21469046-21474743(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGCAAGTCAAGGGG
SmilChr02G000138 Chr02 NC_080388.1:1867796-1867810promoter 内 1820-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 1864280-1865629(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGATTGACTTTTTC
SmilChr02G004733 Chr02 NC_080388.1:69567645-69567659promoter 内 1554-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 69561938-69565212(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAGAAGTCAAAGCT
SmilChr02G001227 Chr02 NC_080388.1:22551207-22551221promoter 内 1500-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 22547755-22548720(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G001026 Chr01 NC_080387.1:21415044-21415058promoter 内 1432-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 21412190-21412489(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAAAGTCAAAAAT
SmilChr02G000154 Chr02 NC_080388.1:2023194-2023208promoter 内 1428-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 2018728-2020635(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATAAAGTCAAGGCA
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4205459-4205473promoter 内 1198-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 4201138-4202670(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACCGTTGA
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4213447-4213461promoter 内 1198-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 4209441-4210658(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGTTGACCGTTGA
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39142831-39142845promoter 内 1000-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 39136070-39139844(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGAAAAGTCAAACTT
SmilChr01G005148 Chr01 NC_080387.1:69262117-69262131promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 69257401-69259110(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTCTTGACTTTTCT
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58187429-58187443promoter 内 952-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 58181847-58184394(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGACAGTCAACACC
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53009164-53009178promoter 内 697-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 53012468-53016493(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGAAAGTCAACTAC
SmilChr02G001565 Chr02 NC_080388.1:28963959-28963973promoter 内 606-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 28967354-28969139(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTTTTGACTTTTGT
SmilChr02G000001 Chr02 NC_080388.1:8246-8260promoter 内 395-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 3622-4654(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52957169-52957183promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 52952881-52953432(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATACAAGTCAACTGC
SmilChr02G001558 Chr02 NC_080388.1:28870895-28870909promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 28865728-28867091(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCAAAGTCAAAACC
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71617853-71617867promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 71609114-71614037(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGTTTGACTTTTAG
SmilChr01G002528 Chr01 NC_080387.1:43302311-43302325promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43295040-43302272(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACCTAGTCAACACC
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42787060-42787074promoter 内 3923-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42787138-42790359(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGGTTGACTTGCCA
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69530466-69530480promoter 内 3811-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTTTTGACTTTTGT
SmilChr01G003187 Chr01 NC_080387.1:50621068-50621082promoter 内 3645-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50614422-50620726(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATAAAGTCAACCAA
SmilChr02G001173 Chr02 NC_080388.1:21555927-21555941promoter 内 3641-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21549114-21555581(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGACAAGTCAAACGG
SmilChr02G000309 Chr02 NC_080388.1:3893511-3893525promoter 内 3617-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3893895-3896873(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G001641 Chr02 NC_080388.1:30491854-30491868promoter 内 3594-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30492261-30495190(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G002268 Chr02 NC_080388.1:40137879-40137893promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40138317-40141219(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr01G000040 Chr01 NC_080387.1:638751-638765promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 635623-638322(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G001822 Chr02 NC_080388.1:33108022-33108036promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 33104793-33107590(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G000312 Chr02 NC_080388.1:3940461-3940475promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3937146-3940028(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27084773-27084787promoter 内 3545-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr01G002418 Chr01 NC_080387.1:41620931-41620945promoter 内 3535-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41617606-41620479(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182355-61182369promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42404907-42404921promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G000139 Chr02 NC_080388.1:1867796-1867810promoter 内 3470-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1868327-1870030(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAAAGTCAATCGA
SmilChr01G001030 Chr01 NC_080387.1:21476638-21476652promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21462009-21476038(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGCAAGTCAAGGGG
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