转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 74 / 142 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001581 Chr04 NC_080390.1:26292677-26292691promoter 内 545-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26296133-26297296(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTCGGTAGGTATA
SmilChr08G000284 Chr08 NC_080394.1:1932678-1932692promoter 内 541-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1936138-1938489(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTTCC
SmilChr01G001539 Chr01 NC_080387.1:29404568-29404582promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29399128-29401018(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGTTAGGTGGG
SmilChr01G002702 Chr01 NC_080387.1:45290522-45290536promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45294208-45295405(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCCTT
SmilChr02G003451 Chr02 NC_080388.1:55805555-55805569promoter 内 315-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55800901-55801883(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCCTT
SmilChr08G001150 Chr08 NC_080394.1:9072813-9072827promoter 内 267-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9063831-9069093(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr05G000121 Chr05 NC_080391.1:950771-950785promoter 内 210-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 946289-946994(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr08G003798 Chr08 NC_080394.1:43886811-43886825promoter 内 152-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43890660-43892537(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTAAA
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43370422-43370436promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAAAGGTAGGTAGA
SmilChr01G003306 Chr01 NC_080387.1:51740965-51740979promoter 内 4-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51744962-51753039(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTAAGTAGGTGGG
SmilChr04G002635 Chr04 NC_080390.1:41759328-41759342promoter 内 3810-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 41748520-41759151(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G001200 Chr08 NC_080394.1:9688296-9688310promoter 内 2891-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 9689406-9693683(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTAGT
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58073286-58073300promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 58067179-58072112(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTAAAT
SmilChr06G002099 Chr06 NC_080392.1:27941105-27941119promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27938947-27941104(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr06G002100 Chr06 NC_080392.1:27950681-27950695promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27948523-27950680(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002516 Chr07 NC_080393.1:23845166-23845180promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23845186-23847267(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002517 Chr07 NC_080393.1:23854572-23854586promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23854592-23856695(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr06G000812 Chr06 NC_080392.1:7648761-7648775promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 7648803-7650782(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr03G000219 Chr03 NC_080389.1:2532808-2532822promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 2532888-2534832(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr04G000888 Chr04 NC_080390.1:11392398-11392412promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 11389885-11392290(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr04G000889 Chr04 NC_080390.1:11402864-11402878promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 11400353-11402756(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002598 Chr07 NC_080393.1:24986462-24986476promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 24983924-24986354(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002599 Chr07 NC_080393.1:24996927-24996941promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 24994389-24996819(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002600 Chr07 NC_080393.1:25007388-25007402promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 25004850-25007280(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67794510-67794524promoter 内 3762-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 67793183-67794285(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTGGCC
SmilChr02G001443 Chr02 NC_080388.1:27114128-27114142promoter 内 3625-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27111418-27113766(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr02G001444 Chr02 NC_080388.1:27123647-27123661promoter 内 3625-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27121062-27123285(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr02G002367 Chr02 NC_080388.1:41462789-41462803promoter 内 3308-3322 bp + 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 41463482-41465278(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr01G005008 Chr01 NC_080387.1:68118024-68118038promoter 内 3218-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 68114845-68117255(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTCCACC
SmilChr06G002900 Chr06 NC_080392.1:41821752-41821766promoter 内 3060-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 41817754-41820825(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTCCACC
SmilChr07G002750 Chr07 NC_080393.1:27034972-27034986promoter 内 3057-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27031940-27034042(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCGTGGTAGTTGAA
SmilChr02G002366 Chr02 NC_080388.1:41453475-41453489promoter 内 2756-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 41454720-41456010(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr03G000218 Chr03 NC_080389.1:2532736-2532750promoter 内 2565-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 2530498-2531314(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57477189-57477203promoter 内 2350-2364 bp + 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57478840-57479592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCACTAA
SmilChr05G002231 Chr05 NC_080391.1:23892014-23892028promoter 内 2096-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23889222-23890123(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAATGGTAGGTGAA
SmilChr08G002635 Chr08 NC_080394.1:25778544-25778558promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 25780780-25782411(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACATATT
SmilChr02G000124 Chr02 NC_080388.1:1692634-1692648promoter 内 1297-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 1695338-1700632(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr02G001442 Chr02 NC_080388.1:27114128-27114142promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27109718-27111420(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
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SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57477189-57477203promoter 内 805-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57480385-57485705(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCACTAA
SmilChr01G004340 Chr01 NC_080387.1:61574612-61574626promoter 内 656-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 61577957-61579945(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAAACG
SmilChr02G001295 Chr02 NC_080388.1:23911516-23911530promoter 内 647-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23914870-23914976(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G002601 Chr07 NC_080393.1:25007436-25007450promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 25010972-25020524(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G001747 Chr08 NC_080394.1:14688291-14688305promoter 内 386-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 14691906-14693801(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCCACCACCAC
SmilChr05G003072 Chr05 NC_080391.1:38657128-38657142promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 38651653-38653156(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACCACCACCAC
SmilChr05G002111 Chr05 NC_080391.1:22123878-22123892promoter 内 3979-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22120479-22123870(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G002110 Chr05 NC_080391.1:22114086-22114100promoter 内 3978-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22110876-22114077(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G001501 Chr05 NC_080391.1:13769944-13769958promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13769999-13773178(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G001502 Chr05 NC_080391.1:13779686-13779700promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13779741-13782920(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr03G002614 Chr03 NC_080389.1:41544655-41544669promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41542478-41544597(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC