转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 11 / 162 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002591 Chr03 NC_080389.1:41219786-41219800promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41221674-41221780(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr05G001626 Chr05 NC_080391.1:15196358-15196372promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15194378-15194484(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr06G002463 Chr06 NC_080392.1:35465158-35465172promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35463178-35463284(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G002557 Chr07 NC_080393.1:24318872-24318886promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24316892-24316998(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G002606 Chr07 NC_080393.1:25043438-25043452promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25041458-25041564(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G004420 Chr07 NC_080393.1:56789726-56789740promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56787746-56787852(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G004458 Chr07 NC_080393.1:57164101-57164115promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57165989-57166095(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G004727 Chr07 NC_080393.1:60151474-60151488promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60153362-60153468(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr06G003045 Chr06 NC_080392.1:43307531-43307545promoter 内 2110-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 43305548-43305654(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr03G003658 Chr03 NC_080389.1:55411143-55411157promoter 内 2104-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55413040-55413146(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr04G003026 Chr04 NC_080390.1:46688423-46688437promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46686434-46686540(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr05G002402 Chr05 NC_080391.1:26517014-26517028promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26515025-26515131(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr07G004467 Chr07 NC_080393.1:57249956-57249970promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57247967-57248073(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr02G000532 Chr02 NC_080388.1:7315416-7315430promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 7317325-7317431(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr02G002696 Chr02 NC_080388.1:46733052-46733066promoter 内 2092-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46731051-46731157(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr03G002913 Chr03 NC_080389.1:45875011-45875025promoter 内 2092-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45873010-45873116(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr04G002086 Chr04 NC_080390.1:33621004-33621018promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33622913-33623019(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr08G001175 Chr08 NC_080394.1:9427012-9427026promoter 内 2092-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9425011-9425117(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr02G001038 Chr02 NC_080388.1:18477032-18477046promoter 内 2085-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18475024-18475130(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr05G001134 Chr05 NC_080391.1:9470449-9470463promoter 内 2034-2048 bp + 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9472416-9475494(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCGAT
SmilChr06G001492 Chr06 NC_080392.1:15943717-15943731promoter 内 2027-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15941651-15941757(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCCGG
SmilChr06G000183 Chr06 NC_080392.1:1268712-1268726promoter 内 1981-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1270732-1272241(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTGGCA
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36935736-36935750promoter 内 1909-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCCAAAAGCCATTA
SmilChr02G000172 Chr02 NC_080388.1:2212923-2212937promoter 内 1812-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2198951-2210748(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCGTGGCTTTTGGGT
SmilChr03G004118 Chr03 NC_080389.1:60064679-60064693promoter 内 1786-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60061823-60062478(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGGGC
SmilChr04G001122 Chr04 NC_080390.1:16265277-16265291promoter 内 1579-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16267699-16268094(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACGAAAAGCCACAC
SmilChr07G003794 Chr07 NC_080393.1:46701030-46701044promoter 内 1470-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46703561-46707329(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGGGC
SmilChr01G001854 Chr01 NC_080387.1:33477072-33477086promoter 内 1395-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33471818-33474480(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCGAAAAGCCGAGT
SmilChr08G004239 Chr08 NC_080394.1:51858780-51858794promoter 内 1348-1362 bp - 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51851233-51856141(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGGGC
SmilChr03G003169 Chr03 NC_080389.1:49050055-49050069promoter 内 1341-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49044591-49047409(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAAAT
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53225706-53225720promoter 内 1314-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 53228393-53230198(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACGTGCCTTTTCGGC
SmilChr02G001884 Chr02 NC_080388.1:34161240-34161254promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34163940-34164729(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCGAAAAGGCACAA
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71258113-71258127promoter 内 1216-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 71260898-71273264(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTGGTG
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50733047-50733061promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCCAAAAGCCATTA
SmilChr08G003743 Chr08 NC_080394.1:42417785-42417799promoter 内 1031-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 42420755-42423920(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTGAAAAGCCAAAG
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