Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因，每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 131 / 131 下载 TSV

上一页 131 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004586 Chr02 NC_080388.1:68353508-68353517promoter 内 2680-2689 bp - 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68346493-68352196(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72790229-72790238promoter 内 2645-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72791585-72794428(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G003270 Chr02 NC_080388.1:53960614-53960623promoter 内 2494-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53948160-53959116(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G001388 Chr01 NC_080387.1:27291517-27291526promoter 内 2434-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27283075-27289959(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G004256 Chr02 NC_080388.1:64759013-64759022promoter 内 2414-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64760600-64760672(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4529742-4529751promoter 内 2324-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4526622-4528074(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41266795-41266804promoter 内 2308-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41268488-41273790(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68663410-68663419promoter 内 2289-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68665122-68666594(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr03G000753 Chr03 NC_080389.1:8604887-8604896promoter 内 2249-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8606639-8621644(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G005451 Chr01 NC_080387.1:71571213-71571222promoter 内 2011-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71563624-71569232(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G003115 Chr01 NC_080387.1:49955619-49955628promoter 内 1974-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49957646-49959019(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52219266-52219275promoter 内 1874-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52214949-52217148(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr02G005159 Chr02 NC_080388.1:72941136-72941145promoter 内 1847-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72943290-72944833(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G004182 Chr02 NC_080388.1:64136269-64136278promoter 内 1830-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64130316-64134107(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G001992 Chr02 NC_080388.1:36012224-36012233promoter 内 1737-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36008309-36009969(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G003860 Chr01 NC_080387.1:56880901-56880910promoter 内 1638-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56874432-56878547(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G003238 Chr02 NC_080388.1:53649482-53649491promoter 内 1495-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53651988-53659844(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G004763 Chr02 NC_080388.1:69807536-69807545promoter 内 1334-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69802998-69804878(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr02G002846 Chr02 NC_080388.1:48620080-48620089promoter 内 1333-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48622748-48628263(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G000909 Chr02 NC_080388.1:15722674-15722683promoter 内 1004-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15716668-15719686(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39080852-39080861promoter 内 902-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G003114 Chr01 NC_080387.1:49955619-49955628promoter 内 851-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49951069-49952478(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr02G005134 Chr02 NC_080388.1:72790229-72790238promoter 内 710-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72781753-72786947(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G001877 Chr01 NC_080387.1:33775937-33775946promoter 内 643-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33779295-33780586(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr02G005016 Chr02 NC_080388.1:71938932-71938941promoter 内 602-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71934718-71935542(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34332726-34332735promoter 内 591-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34336136-34337437(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59411736-59411745promoter 内 579-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59415158-59418135(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62237303-62237312promoter 内 338-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62230799-62233649(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43556226-43556235promoter 内 308-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G002770 Chr01 NC_080387.1:46149264-46149273promoter 内 279-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46144436-46145551(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G004433 Chr01 NC_080387.1:62421681-62421690promoter 内 275-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62425407-62433090(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43535460-43535469promoter 内 266-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG
SmilChr01G001854 Chr01 NC_080387.1:33478270-33478279promoter 内 202-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33471818-33474480(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G004094 Chr01 NC_080387.1:59411736-59411745promoter 内 173-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59399844-59407917(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCTAG