转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 138 / 142 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70125126-70125140promoter 内 1341-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70127786-70128712(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCAGGCT
SmilChr05G003165 Chr05 NC_080391.1:40431051-40431065promoter 内 1321-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40425987-40428385(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTTAGAC
SmilChr04G002942 Chr04 NC_080390.1:45715455-45715469promoter 内 1299-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45711964-45712767(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGGATTAGGTGGT
SmilChr03G002991 Chr03 NC_080389.1:46726087-46726101promoter 内 1298-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46728790-46730217(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACATCCAC
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:629326-629340promoter 内 1278-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTAGAGTAGGTGAG
SmilChr05G001228 Chr05 NC_080391.1:10358492-10358506promoter 内 1248-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10361245-10361646(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGTGTAGGTGCG
SmilChr07G003661 Chr07 NC_080393.1:43737065-43737079promoter 内 1248-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43731085-43734326(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCTACCAACCA
SmilChr07G001946 Chr07 NC_080393.1:16880479-16880493promoter 内 1195-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16876687-16877687(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGACAGGTAGGTAAT
SmilChr03G000744 Chr03 NC_080389.1:8485744-8485758promoter 内 1065-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8480356-8482822(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGATAGGTAGGTAAT
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57607173-57607187promoter 内 1012-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57610162-57614313(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGTG
SmilChr03G000354 Chr03 NC_080389.1:3973369-3973383promoter 内 873-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3969357-3970255(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAA
SmilChr02G001327 Chr02 NC_080388.1:24744979-24744993promoter 内 868-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24738717-24741860(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACCTGGTAGGTATA
SmilChr06G002877 Chr06 NC_080392.1:41582224-41582238promoter 内 755-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41585470-41587903(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACTGCTCG
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10474104-10474118promoter 内 731-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGATGTAGGTGAA
SmilChr06G001762 Chr06 NC_080392.1:20589174-20589188promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20592470-20594707(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCCACCACCACCAC
SmilChr01G004635 Chr01 NC_080387.1:64371070-64371084promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64374377-64376174(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTTTGTAGGTGGG
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36636978-36636992promoter 内 651-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36630279-36633642(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGAA
SmilChr03G003347 Chr03 NC_080389.1:51784313-51784327promoter 内 596-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51787718-51798385(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAAAGTTAGGTGGA
SmilChr01G004614 Chr01 NC_080387.1:64097217-64097231promoter 内 543-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64089102-64093773(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGAAGTAGGTGAA
SmilChr03G001676 Chr03 NC_080389.1:22024352-22024366promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22018321-22020842(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTATAAT
SmilChr03G003259 Chr03 NC_080389.1:50489851-50489865promoter 内 476-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50493376-50494987(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATCGAGTAGGTGAA
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71517570-71517584promoter 内 344-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTAACTACCACATA
SmilChr07G000401 Chr07 NC_080393.1:2763395-2763409promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2767185-2773074(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTCAATC
SmilChr07G001082 Chr07 NC_080393.1:7924802-7924816promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7928649-7930748(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTGGGTAGGTGTT
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517570-71517584promoter 内 141-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATGTGGTAGTTACT
SmilChr05G003930 Chr05 NC_080391.1:53064112-53064126promoter 内 122-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53059032-53060247(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACATAGGTAGGTATA
SmilChr06G001812 Chr06 NC_080392.1:21288910-21288924promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21292800-21296245(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAA
SmilChr03G000355 Chr03 NC_080389.1:3973369-3973383promoter 内 94-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3977276-3978322(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTTTATC
SmilChr06G001458 Chr06 NC_080392.1:15431334-15431348promoter 内 3924-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15431411-15434638(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACAAGGTAGGTATG
SmilChr02G001189 Chr02 NC_080388.1:21830979-21830993promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21827397-21830889(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTTTTCC
SmilChr07G001792 Chr07 NC_080393.1:15274090-15274104promoter 内 3866-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15274225-15277455(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTCATTAGGTGGA
SmilChr08G002188 Chr08 NC_080394.1:19766056-19766070promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19766244-19768683(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCTAGTTAGGTGGC
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21551191-21551205promoter 内 3777-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21551415-21557729(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCCAATT
SmilChr08G000329 Chr08 NC_080394.1:2304203-2304217promoter 内 3762-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2302467-2303978(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTATAGTAGGTGAA
SmilChr07G004144 Chr07 NC_080393.1:53258109-53258123promoter 内 3671-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53258439-53268046(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCGGTTGTA
SmilChr06G001485 Chr06 NC_080392.1:15824936-15824950promoter 内 3605-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15818411-15824554(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTCCAGTAGGTGAA
SmilChr04G000161 Chr04 NC_080390.1:1431934-1431948promoter 内 3600-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1431445-1431547(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTTAT
SmilChr06G003150 Chr06 NC_080392.1:44511263-44511277promoter 内 3591-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44511673-44514678(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTTAT
SmilChr06G000766 Chr06 NC_080392.1:7142258-7142272promoter 内 3559-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7135218-7141830(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTCACGA
SmilChr02G001510 Chr02 NC_080388.1:28113176-28113190promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28113657-28117648(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr02G001511 Chr02 NC_080388.1:28117679-28117693promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28118160-28120912(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr07G001740 Chr07 NC_080393.1:14767956-14767970promoter 内 3504-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14768453-14771874(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAATGGTAGGTACT
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77406720-77406734promoter 内 3477-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 77401606-77406210(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACGTGGT
SmilChr07G002492 Chr07 NC_080393.1:23591681-23591695promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23592275-23600386(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATATAGGTAGGTATA
SmilChr01G003012 Chr01 NC_080387.1:49158448-49158462promoter 内 3399-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49159050-49166685(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCGAAAA
SmilChr07G003969 Chr07 NC_080393.1:50519757-50519771promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50515949-50519155(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTCCAGTAGGTGAA
SmilChr08G000583 Chr08 NC_080394.1:4273426-4273440promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4274077-4275366(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTAAGTT
SmilChr01G005115 Chr01 NC_080387.1:68925569-68925583promoter 内 3333-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68919466-68924915(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCGAAAA
SmilChr06G001362 Chr06 NC_080392.1:14190505-14190519promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14189003-14189821(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTGTTTA
SmilChr07G001923 Chr07 NC_080393.1:16660746-16660760promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16658242-16660013(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTTTTG