转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 36 / 134 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002317 Chr04 NC_080390.1:37477840-37477847promoter 内 1309-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37474034-37475155(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G002535 Chr02 NC_080388.1:44077230-44077237promoter 内 1298-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44073279-44074534(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G001896 Chr04 NC_080390.1:30983830-30983837promoter 内 1298-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30980469-30981134(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14053319-14053326promoter 内 1286-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15453535-15453542promoter 内 1275-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 15449509-15450816(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G004231 Chr03 NC_080389.1:60847706-60847713promoter 内 1258-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 60850449-60852672(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G003546 Chr05 NC_080391.1:47360187-47360194promoter 内 1253-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 47356931-47357446(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001666 Chr04 NC_080390.1:27615641-27615648promoter 内 1244-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 27618398-27618811(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G002038 Chr02 NC_080388.1:36684974-36684981promoter 内 1220-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 36679066-36682200(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75321808-75321815promoter 内 1219-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G000583 Chr03 NC_080389.1:6503691-6503698promoter 内 1219-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 6500139-6500916(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G000742 Chr02 NC_080388.1:11995683-11995690promoter 内 1212-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 11998472-11998578(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G000549 Chr04 NC_080390.1:6132652-6132659promoter 内 1209-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 6135444-6138217(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G002345 Chr04 NC_080390.1:37839445-37839452promoter 内 1209-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37842237-37843321(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr05G000414 Chr05 NC_080391.1:3130906-3130913promoter 内 1206-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3133701-3136439(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G000959 Chr01 NC_080387.1:20310588-20310595promoter 内 1205-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 20307693-20307799(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G003598 Chr05 NC_080391.1:48067457-48067464promoter 内 1205-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 48070253-48070437(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37416917-37416924promoter 内 1199-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001019 Chr04 NC_080390.1:14251451-14251458promoter 内 1189-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 14246309-14248646(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G003550 Chr02 NC_080388.1:56639172-56639179promoter 内 1186-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56631586-56636364(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G003153 Chr05 NC_080391.1:40278153-40278160promoter 内 1183-1190 bp + 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40272717-40275342(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26343925-26343932promoter 内 1176-1183 bp - 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 26346750-26349169(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855228-53855235promoter 内 1172-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G002799 Chr04 NC_080390.1:43895664-43895671promoter 内 1172-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 43898493-43898599(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17179872-17179879promoter 内 1166-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G004004 Chr01 NC_080387.1:58430418-58430425promoter 内 1165-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58433254-58434333(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G001214 Chr02 NC_080388.1:22343653-22343660promoter 内 1162-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 22340715-22340821(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G002532 Chr04 NC_080390.1:40388327-40388334promoter 内 1162-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40391166-40391272(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001988 Chr03 NC_080389.1:29134278-29134285promoter 内 1159-1166 bp - 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 29124350-29131443(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G003445 Chr01 NC_080387.1:53018859-53018866promoter 内 1155-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53021705-53025410(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G001174 Chr01 NC_080387.1:23796052-23796059promoter 内 1148-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23798905-23802993(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G000604 Chr03 NC_080389.1:6691919-6691926promoter 内 1135-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 6687924-6689060(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G000743 Chr03 NC_080389.1:8517460-8517467promoter 内 1126-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8471601-8514592(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G002688 Chr02 NC_080388.1:46553278-46553285promoter 内 1115-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46556164-46557568(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G001719 Chr03 NC_080389.1:23089019-23089026promoter 内 1112-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23091908-23092014(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001721 Chr03 NC_080389.1:23106698-23106705promoter 内 1112-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23103710-23103816(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
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