转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 45 / 135 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002037 Chr01 NC_080387.1:36002898-36002907promoter 内 1515-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36005384-36007005(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4292077-4292086promoter 内 1514-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr04G002728 Chr04 NC_080390.1:42892405-42892414promoter 内 1436-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42885677-42889849(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51983872-51983881promoter 内 1403-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 51979530-51981283(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr01G001081 Chr01 NC_080387.1:22232581-22232590promoter 内 1304-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22235278-22236773(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr02G000629 Chr02 NC_080388.1:9491165-9491174promoter 内 1284-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 9493882-9494572(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24618275-24618284promoter 内 1220-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr04G003881 Chr04 NC_080390.1:54660346-54660355promoter 内 1190-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54663157-54665405(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr01G005606 Chr01 NC_080387.1:72603576-72603585promoter 内 1146-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72606431-72607348(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr04G003309 Chr04 NC_080390.1:49824500-49824509promoter 内 920-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49819436-49821428(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr04G001965 Chr04 NC_080390.1:31875952-31875961promoter 内 856-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31879097-31880597(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr02G004940 Chr02 NC_080388.1:71369349-71369358promoter 内 550-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71362767-71365907(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24618275-24618284promoter 内 227-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 24613175-24614510(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGGCACGTGA
SmilChr03G004425 Chr03 NC_080389.1:62410668-62410677promoter 内 102-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62400346-62406778(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr01G002612 Chr01 NC_080387.1:44371168-44371177promoter 内 62-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44375107-44380066(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr01G004073 Chr01 NC_080387.1:59138075-59138084promoter 内 57-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59127187-59134140(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCT
SmilChr01G001117 Chr01 NC_080387.1:22807010-22807019promoter 内 3642-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 22804136-22806660(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr01G000517 Chr01 NC_080387.1:10616217-10616226promoter 内 2524-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 10617694-10624408(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGC
SmilChr05G000587 Chr05 NC_080391.1:4439213-4439222promoter 内 718-727 bp + 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 4442496-4444238(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGT
SmilChr02G001011 Chr02 NC_080388.1:17860751-17860760promoter 内 445-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 17864307-17865524(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGC
SmilChr01G002291 Chr01 NC_080387.1:39751338-39751347promoter 内 3958-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 39751381-39754707(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr04G001281 Chr04 NC_080390.1:20409579-20409588promoter 内 3754-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 20408629-20409341(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGC
SmilChr04G001163 Chr04 NC_080390.1:17293287-17293296promoter 内 3678-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 17290385-17292973(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr02G001664 Chr02 NC_080388.1:30858469-30858478promoter 内 3650-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 30858820-30861350(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr01G001115 Chr01 NC_080387.1:22797288-22797297promoter 内 3638-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 22794412-22796934(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr04G002318 Chr04 NC_080390.1:37483885-37483894promoter 内 3632-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 37481009-37483525(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr01G000356 Chr01 NC_080387.1:7385279-7385288promoter 内 3630-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 7382262-7384917(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr04G001269 Chr04 NC_080390.1:20188211-20188220promoter 内 3627-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 20185327-20187846(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22742135-22742144promoter 内 3611-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 22737791-22741754(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGT
SmilChr04G001200 Chr04 NC_080390.1:18340295-18340304promoter 内 3609-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 18340687-18343167(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr04G001164 Chr04 NC_080390.1:17303001-17303010promoter 内 3581-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 17300097-17302590(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr01G000388 Chr01 NC_080387.1:8001796-8001805promoter 内 3513-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 7998958-8001317(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr02G001257 Chr02 NC_080388.1:23077933-23077942promoter 内 3369-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 23074913-23077310(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGC
SmilChr05G000497 Chr05 NC_080391.1:3892113-3892122promoter 内 2607-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 3888529-3890728(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCCCACGTGC
SmilChr01G005761 Chr01 NC_080387.1:73712425-73712434promoter 内 2300-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 73714126-73716841(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGT
SmilChr03G004469 Chr03 NC_080389.1:62796562-62796571promoter 内 2019-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 62793370-62794589(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGT
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