转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 70 / 129 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002355 Chr01 NC_080387.1:40738141-40738151promoter 内 3314-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40738828-40740898(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACTAGTCAACT
SmilChr02G000253 Chr02 NC_080388.1:3271520-3271530promoter 内 3110-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3265843-3270639(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGATG
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:178839-178849promoter 内 2858-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 179982-182569(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTAAGTCAAAG
SmilChr02G003841 Chr02 NC_080388.1:60134240-60134250promoter 内 2769-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60135472-60136046(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATCGTCAACG
SmilChr02G001878 Chr02 NC_080388.1:34086763-34086773promoter 内 2720-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34088044-34090623(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACAAGTCAAAG
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26504183-26504193promoter 内 2703-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCGGA
SmilChr02G004288 Chr02 NC_080388.1:65215712-65215722promoter 内 2668-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65213280-65214389(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATCGTCAACG
SmilChr02G000445 Chr02 NC_080388.1:5833147-5833157promoter 内 2506-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5829772-5831662(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACTAGTCAACT
SmilChr02G005007 Chr02 NC_080388.1:71929096-71929106promoter 内 2505-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71877186-71927610(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTAGTCAACT
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36931422-36931432promoter 内 2484-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 36932939-36935810(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACAAGTCAAAG
SmilChr03G000171 Chr03 NC_080389.1:1881933-1881943promoter 内 2470-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1876652-1880412(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTAGT
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75066186-75066196promoter 内 2456-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACG
SmilChr02G003498 Chr02 NC_080388.1:56204409-56204419promoter 内 2438-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56202295-56202856(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACAAGTCAAAG
SmilChr01G002309 Chr01 NC_080387.1:40064519-40064529promoter 内 2353-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40066167-40066763(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACT
SmilChr01G002255 Chr01 NC_080387.1:39220730-39220740promoter 内 2328-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 39222403-39223861(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACG
SmilChr02G000254 Chr02 NC_080388.1:3271520-3271530promoter 内 2307-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3267611-3269836(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGATG
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38387830-38387840promoter 内 2299-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 38389532-38392060(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACAAGTCAAAG
SmilChr02G005249 Chr02 NC_080388.1:73639540-73639550promoter 内 2248-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 73641293-73644615(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACT
SmilChr03G000513 Chr03 NC_080389.1:5516453-5516463promoter 内 2114-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5518340-5526519(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACTAGTCAACT
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37824118-37824128promoter 内 2069-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37818396-37822196(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACT
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5966650-5966660promoter 内 1853-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5968798-5987336(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTAGTCAACA
SmilChr02G005038 Chr02 NC_080388.1:72075391-72075401promoter 内 1851-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72077541-72081512(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTAAG
SmilChr02G002784 Chr02 NC_080388.1:47918642-47918652promoter 内 1843-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47920800-47924013(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTACT
SmilChr01G001636 Chr01 NC_080387.1:30403846-30403856promoter 内 1842-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30406005-30409798(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGT
SmilChr03G000992 Chr03 NC_080389.1:11293332-11293342promoter 内 1832-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11295501-11299030(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACTAGTCAACT
SmilChr02G001856 Chr02 NC_080388.1:33771062-33771072promoter 内 1770-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33768403-33768841(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGT
SmilChr03G001077 Chr03 NC_080389.1:12466974-12466984promoter 内 1727-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12469248-12470919(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTAG
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5865486-5865496promoter 内 1719-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5867768-5915015(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTAGTCAACA
SmilChr02G002834 Chr02 NC_080388.1:48490921-48490931promoter 内 1673-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48485441-48488603(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGATG
SmilChr02G000015 Chr02 NC_080388.1:111531-111541promoter 内 1583-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 113949-117234(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GAGAGTCAACA
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18505478-18505488promoter 内 1580-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTAAGTCAAAG
SmilChr03G000801 Chr03 NC_080389.1:9178721-9178731promoter 内 1440-1450 bp + 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9176064-9176170(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTAGT
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74419034-74419044promoter 内 1420-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74421615-74424248(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATCGTCAACG
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22305894-22305904promoter 内 1349-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGATG
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22289007-22289017promoter 内 1341-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGATG
SmilChr03G000987 Chr03 NC_080389.1:11178838-11178848promoter 内 1329-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11181510-11189568(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACTAGTCAACT
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