转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 71 / 130 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001056 Chr01 NC_080387.1:21896695-21896707promoter 内 3751-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 21896945-21899951(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
SmilChr03G002109 Chr03 NC_080389.1:32811334-32811346promoter 内 3749-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32807897-32811094(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G002042 Chr03 NC_080389.1:30901197-30901209promoter 内 3743-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30897992-30900951(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000087 Chr02 NC_080388.1:1134061-1134073promoter 内 3725-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1130713-1133797(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54782999-54783011promoter 内 3722-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATTTG
SmilChr02G003898 Chr02 NC_080388.1:61061249-61061261promoter 内 3720-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61061530-61063572(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAAGATTCTTTA
SmilChr03G001788 Chr03 NC_080389.1:24425163-24425175promoter 内 3713-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24422338-24424887(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATTTG
SmilChr01G000294 Chr01 NC_080387.1:5754745-5754757promoter 内 3685-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5751269-5754441(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000228 Chr01 NC_080387.1:4264244-4264256promoter 内 3683-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4264562-4267628(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22904150-22904162promoter 内 3672-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000487 Chr02 NC_080388.1:6640080-6640092promoter 内 3662-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6636649-6639753(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G004295 Chr01 NC_080387.1:61146920-61146932promoter 内 3658-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61142915-61146589(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTTT
SmilChr02G000450 Chr02 NC_080388.1:5930245-5930257promoter 内 3652-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5930594-5933617(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001576 Chr02 NC_080388.1:29316923-29316935promoter 内 3644-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29317280-29320317(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000920 Chr02 NC_080388.1:15980381-15980393promoter 内 3642-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15980740-15986851(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCACT
SmilChr01G000473 Chr01 NC_080387.1:9654996-9655008promoter 内 3635-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9650730-9654642(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G003804 Chr01 NC_080387.1:56426414-56426426promoter 内 3633-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56422122-56426058(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTTT
SmilChr03G000642 Chr03 NC_080389.1:7077159-7077171promoter 内 3633-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7077527-7080412(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
SmilChr01G000472 Chr01 NC_080387.1:9643929-9643941promoter 内 3629-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9640587-9643569(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G005019 Chr02 NC_080388.1:71961203-71961215promoter 内 3627-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71961577-71965484(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCCCTT
SmilChr03G000643 Chr03 NC_080389.1:7131230-7131242promoter 内 3625-3637 bp - 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7127426-7130866(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAAGAATATTTC
SmilChr01G000288 Chr01 NC_080387.1:5649163-5649175promoter 内 3624-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5649540-5652649(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001072 Chr02 NC_080388.1:19100373-19100385promoter 内 3618-3630 bp + 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19100756-19104184(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G001737 Chr03 NC_080389.1:23389237-23389249promoter 内 3611-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23387307-23388859(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTTGGAATATTTC
SmilChr03G001880 Chr03 NC_080389.1:26110192-26110204promoter 内 3610-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26110583-26113565(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G001881 Chr03 NC_080389.1:26121271-26121283promoter 内 3610-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26121662-26124643(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000427 Chr01 NC_080387.1:8561272-8561284promoter 内 3601-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8561672-8563144(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAATATTCCTCT
SmilChr01G003870 Chr01 NC_080387.1:56951248-56951260promoter 内 3594-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56951655-56955578(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTTT
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40147437-40147449promoter 内 3586-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40147852-40150693(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
SmilChr01G002887 Chr01 NC_080387.1:47489546-47489558promoter 内 3545-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47482471-47489102(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGAAT
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408917-57408929promoter 内 3539-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
SmilChr01G006131 Chr01 NC_080387.1:76828150-76828162promoter 内 3512-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 76828639-76833459(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAAGAATATTTC
SmilChr01G000550 Chr01 NC_080387.1:11419729-11419741promoter 内 3509-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11416291-11419249(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12974618-12974630promoter 内 3509-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G003110 Chr01 NC_080387.1:49911687-49911699promoter 内 3496-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49912192-49949935(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAAGAATATTTC
SmilChr01G006068 Chr01 NC_080387.1:76086728-76086740promoter 内 3474-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 76087255-76090162(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
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