转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 77 / 134 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002028 Chr04 NC_080390.1:32989898-32989905promoter 内 3913-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 32989986-32991479(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G003910 Chr05 NC_080391.1:52831463-52831470promoter 内 3909-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 52825024-52831378(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G005294 Chr01 NC_080387.1:70266900-70266907promoter 内 3906-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 70266995-70270703(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G001713 Chr01 NC_080387.1:31600711-31600718promoter 内 3904-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 31598249-31600621(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G000768 Chr05 NC_080391.1:5984696-5984703promoter 内 3904-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5978121-5984606(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G003398 Chr02 NC_080388.1:55120261-55120268promoter 内 3901-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 55120361-55122165(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G002817 Chr02 NC_080388.1:48266183-48266190promoter 内 3900-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 48266284-48268490(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48981597-48981604promoter 内 3899-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 48980029-48981502(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G002523 Chr05 NC_080391.1:28061552-28061559promoter 内 3898-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 28061655-28066276(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G002202 Chr05 NC_080391.1:23471485-23471492promoter 内 3896-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 23470965-23471387(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr03G003326 Chr03 NC_080389.1:51519988-51519995promoter 内 3895-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 51520094-51523937(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G005269 Chr02 NC_080388.1:73776894-73776901promoter 内 3886-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 73772664-73776786(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36662050-36662057promoter 内 3883-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 36662168-36662685(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G003063 Chr04 NC_080390.1:47184626-47184633promoter 内 3883-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 47182047-47184515(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G002963 Chr05 NC_080391.1:35823545-35823552promoter 内 3882-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 35823664-35826068(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003346 Chr02 NC_080388.1:54676618-54676625promoter 内 3878-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54676741-54680443(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40599203-40599210promoter 内 3868-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 40593257-40599077(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G004043 Chr01 NC_080387.1:58842200-58842207promoter 内 3868-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 58842333-58846746(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr05G002330 Chr05 NC_080391.1:25155070-25155077promoter 内 3867-3874 bp - 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 25150749-25154943(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G001927 Chr01 NC_080387.1:34413666-34413673promoter 内 3866-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 34412044-34413538(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G001895 Chr02 NC_080388.1:34252221-34252228promoter 内 3865-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 34249888-34252092(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G000598 Chr03 NC_080389.1:6626822-6626829promoter 内 3865-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 6623155-6626693(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G001118 Chr05 NC_080391.1:9330979-9330986promoter 内 3862-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 9331118-9331811(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr03G002583 Chr03 NC_080389.1:41092672-41092679promoter 内 3859-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 41092814-41094075(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G004009 Chr01 NC_080387.1:58507803-58507810promoter 内 3857-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 58507947-58510160(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G003008 Chr04 NC_080390.1:46453306-46453313promoter 内 3853-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 46448364-46453165(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G000551 Chr04 NC_080390.1:6156847-6156854promoter 内 3851-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 6156997-6160663(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G003893 Chr04 NC_080390.1:54728650-54728657promoter 内 3850-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54728801-54730380(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G002525 Chr02 NC_080388.1:43931058-43931065promoter 内 3846-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 43931213-43934713(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr04G003150 Chr04 NC_080390.1:48122594-48122601promoter 内 3842-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 48122753-48125214(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G003570 Chr02 NC_080388.1:56866554-56866561promoter 内 3840-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56866715-56870048(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr01G005422 Chr01 NC_080387.1:71413956-71413963promoter 内 3838-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 71407830-71413800(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr02G005081 Chr02 NC_080388.1:72434425-72434432promoter 内 3838-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 72432735-72434269(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G004224 Chr05 NC_080391.1:56080171-56080178promoter 内 3835-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56078659-56080012(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
SmilChr05G004240 Chr05 NC_080391.1:56209392-56209399promoter 内 3834-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56209559-56211841(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr04G001692 Chr04 NC_080390.1:27965433-27965440promoter 内 3829-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 27958312-27965268(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGG
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