转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 81 / 138 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004284 Chr05 NC_080391.1:56631403-56631417promoter 内 3541-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56627360-56630957(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G000116 Chr05 NC_080391.1:864474-864488promoter 内 3518-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 860654-864005(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4050530-4050544promoter 内 3515-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4051016-4054345(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001764 Chr07 NC_080393.1:14948616-14948630promoter 内 3492-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14949125-14952346(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000765 Chr03 NC_080389.1:8748290-8748304promoter 内 3485-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8748806-8752097(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G004568 Chr07 NC_080393.1:58477096-58477110promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58473329-58476562(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003385 Chr05 NC_080391.1:44852423-44852437promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44852984-44856191(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001433 Chr07 NC_080393.1:11131146-11131160promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11131721-11132873(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCATCCACGTGGCG
SmilChr02G003051 Chr02 NC_080388.1:51297693-51297707promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51298274-51299990(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000468 Chr03 NC_080389.1:4993521-4993535promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4994102-4997403(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4086131-4086145promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4086732-4089943(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003503 Chr05 NC_080391.1:46705594-46705608promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46706196-46707983(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr01G003113 Chr01 NC_080387.1:49937005-49937019promoter 内 3391-3405 bp - 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49937615-49940773(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G001912 Chr05 NC_080391.1:19404791-19404805promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19400714-19404145(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001515 Chr07 NC_080393.1:12108975-12108989promoter 内 3321-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12101685-12108309(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAGATTT
SmilChr03G002369 Chr03 NC_080389.1:37315272-37315286promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37315970-37317665(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G001296 Chr05 NC_080391.1:11142636-11142650promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11138888-11141952(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr04G002200 Chr04 NC_080390.1:35630854-35630868promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 35627112-35630169(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003143 Chr05 NC_080391.1:40098585-40098599promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40094883-40097896(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000827 Chr03 NC_080389.1:9458989-9459003promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9459703-9460153(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036685-7036699promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001552 Chr07 NC_080393.1:12648781-12648795promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12641435-12648052(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAGATTT
SmilChr05G000514 Chr05 NC_080391.1:3959995-3960009promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3956303-3959242(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72345756-72345770promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72342434-72344997(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTATCTTACGTGGCA
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9390437-9390451promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9386835-9389669(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2453989-2454003promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G001276 Chr06 NC_080392.1:13360428-13360442promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13361296-13364685(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1586125-1586139promoter 内 3081-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1587045-1589941(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G000467 Chr07 NC_080393.1:3279769-3279783promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3280712-3283468(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAATCGACGTGGCG
SmilChr01G005827 Chr01 NC_080387.1:74271144-74271158promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74272105-74275418(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCAGATTT
SmilChr05G004308 Chr05 NC_080391.1:56771454-56771468promoter 内 3017-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56772438-56773515(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTATCGACGTGGCG
SmilChr07G004408 Chr07 NC_080393.1:56711250-56711264promoter 内 3012-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56704514-56710275(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCGGCTCACGTGTCG
SmilChr05G002752 Chr05 NC_080391.1:31792958-31792972promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31786027-31791969(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGACAAG
SmilChr02G002591 Chr02 NC_080388.1:45058158-45058172promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45059177-45060382(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCGGATTA
SmilChr07G003604 Chr07 NC_080393.1:42187710-42187724promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42188836-42195459(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TAAGTTTACGTGGCA
SmilChr07G001553 Chr07 NC_080393.1:12648781-12648795promoter 内 2818-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12649964-12653272(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAATCTGACGTGGCT
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