转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 114 / 139 下载 TSV

上一页 114 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001974 Chr05 NC_080391.1:20384885-20384898promoter 内 96-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20380018-20380993(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGACGGTGGCTG
SmilChr03G001437 Chr03 NC_080389.1:17058470-17058483promoter 内 92-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17050990-17054574(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTTC
SmilChr02G001477 Chr02 NC_080388.1:27628608-27628621promoter 内 75-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27620996-27624695(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTCGCCGGTGGAGT
SmilChr03G003295 Chr03 NC_080389.1:51073535-51073548promoter 内 65-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51077471-51078844(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGAAGA
SmilChr01G000432 Chr01 NC_080387.1:8654177-8654190promoter 内 47-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8643226-8650236(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGGCGGTGGAGC
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46154665-46154678promoter 内 2131-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 46156535-46157296(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGATGT
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45466863-45466876promoter 内 1725-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 45469139-45471381(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGGCGA
SmilChr03G002876 Chr03 NC_080389.1:45443602-45443615promoter 内 66-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 45447537-45449473(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGCGACGGTGGCGG
SmilChr04G000073 Chr04 NC_080390.1:683410-683423promoter 内 3968-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 683443-684725(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCACTACCGTCCAT
SmilChr01G000679 Chr01 NC_080387.1:14999014-14999027promoter 内 3910-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14999105-15003423(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTCCACCGTCCGT
SmilChr04G000040 Chr04 NC_080390.1:388297-388310promoter 内 3841-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 388457-389775(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGTTCACCGTCCAT
SmilChr02G000395 Chr02 NC_080388.1:4920420-4920433promoter 内 3706-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4888513-4920138(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACATCACCGTCCCA
SmilChr03G001649 Chr03 NC_080389.1:21444987-21445000promoter 内 3659-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21427909-21444658(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCGTGCCGTCCAC
SmilChr03G003370 Chr03 NC_080389.1:52054276-52054289promoter 内 3625-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52052166-52053913(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGATTG
SmilChr05G000453 Chr05 NC_080391.1:3436327-3436340promoter 内 3619-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3436709-3439457(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGCCGG
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22303737-22303750promoter 内 3503-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TACCCACCGTCCCG
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22286844-22286857promoter 内 3501-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TACCCACCGTCCCG
SmilChr02G000398 Chr02 NC_080388.1:4920420-4920433promoter 内 3484-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4917253-4919916(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACATCACCGTCCCA
SmilChr01G002951 Chr01 NC_080387.1:48395470-48395483promoter 内 3326-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48389141-48394808(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTAGCTCCGTCCAC
SmilChr07G000363 Chr07 NC_080393.1:2491148-2491161promoter 内 3254-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2483848-2490414(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCACGGG
SmilChr03G003063 Chr03 NC_080389.1:47581016-47581029promoter 内 3179-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47581838-47583674(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCGTCTC
SmilChr02G000583 Chr02 NC_080388.1:8394596-8394609promoter 内 3173-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8384758-8393781(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCGTGCCGTCCAC
SmilChr05G003879 Chr05 NC_080391.1:52440785-52440798promoter 内 3133-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52441653-52446039(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCACGGG
SmilChr03G004370 Chr03 NC_080389.1:61905451-61905464promoter 内 3127-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61906325-61910753(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTCGGCGGTGGAGC
SmilChr04G000740 Chr04 NC_080390.1:9001349-9001362promoter 内 3122-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9002228-9002334(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19087313-19087326promoter 内 3075-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19085731-19086400(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGCCA
SmilChr02G002518 Chr02 NC_080388.1:43701617-43701630promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43700583-43700688(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr03G000322 Chr03 NC_080389.1:3690132-3690145promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3689097-3689203(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr03G000323 Chr03 NC_080389.1:3698905-3698918promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3697870-3697976(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr03G001567 Chr03 NC_080389.1:19801037-19801050promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19800002-19800108(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr04G003274 Chr04 NC_080390.1:49435429-49435442promoter 内 3059-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49436371-49436477(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr06G001054 Chr06 NC_080392.1:10396770-10396783promoter 内 3059-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10395735-10395841(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr01G002461 Chr01 NC_080387.1:42287950-42287963promoter 内 3057-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42288894-42289000(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr01G000521 Chr01 NC_080387.1:10652090-10652103promoter 内 3041-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10653050-10653156(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr03G001393 Chr03 NC_080389.1:16526916-16526929promoter 内 3041-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16525863-16525969(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
SmilChr03G001569 Chr03 NC_080389.1:19815191-19815204promoter 内 3041-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19816151-19816257(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGACTC
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