转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 132 / 135 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31011100-31011114promoter 内 2330-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31008781-31009443(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGTGAAA
SmilChr01G000415 Chr01 NC_080387.1:8383479-8383493promoter 内 2285-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8385195-8388526(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGTTTGAA
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42196511-42196525promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATCCCCTTATCTCA
SmilChr01G000822 Chr01 NC_080387.1:17749548-17749562promoter 内 2196-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17751353-17758891(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGGCTGA
SmilChr03G001917 Chr03 NC_080389.1:26869678-26869692promoter 内 2190-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26862241-26867881(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATTCCTTATCTGG
SmilChr03G001126 Chr03 NC_080389.1:12977575-12977589promoter 内 2173-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12973581-12975761(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGATACTTATCCTT
SmilChr01G006167 Chr01 NC_080387.1:77162108-77162122promoter 内 2043-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 77164066-77165735(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTCCCTTATCAAT
SmilChr03G001412 Chr03 NC_080389.1:16780767-16780781promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16782765-16785073(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGAGCTTATCCAG
SmilChr03G001400 Chr03 NC_080389.1:16604628-16604642promoter 内 1932-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16606697-16609108(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGCATGA
SmilChr02G003152 Chr02 NC_080388.1:52551081-52551095promoter 内 1921-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52553161-52553772(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGGCCAC
SmilChr01G000031 Chr01 NC_080387.1:551210-551224promoter 内 1911-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 547791-549134(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATCTTTATCCTA
SmilChr01G001682 Chr01 NC_080387.1:31011100-31011114promoter 内 1810-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31013291-31016406(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCACTTTATCCTT
SmilChr02G001766 Chr02 NC_080388.1:32406961-32406975promoter 内 1759-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32404592-32404733(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGGTTCA
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1575668-1575682promoter 内 1691-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1569688-1573372(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAATCCTTATCGTA
SmilChr03G001094 Chr03 NC_080389.1:12641688-12641702promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12638388-12639366(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGGTTGG
SmilChr03G002959 Chr03 NC_080389.1:46358763-46358777promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46354258-46356427(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGTGTAATG
SmilChr01G001734 Chr01 NC_080387.1:31950317-31950331promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31947087-31947976(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGGAGGA
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31950317-31950331promoter 内 1457-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31952861-31954060(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCTCCCTTATCATA
SmilChr02G002532 Chr02 NC_080388.1:44031398-44031412promoter 内 1223-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44027948-44028634(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAATGT
SmilChr01G002370 Chr01 NC_080387.1:40883587-40883601promoter 内 1173-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40886415-40886816(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTACGTCTTATCCCA
SmilChr01G002988 Chr01 NC_080387.1:48819377-48819391promoter 内 1131-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48814174-48816521(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAACAATATCCTC
SmilChr02G001631 Chr02 NC_080388.1:30265739-30265753promoter 内 978-992 bp - 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30268762-30270844(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCTCCA
SmilChr01G003965 Chr01 NC_080387.1:58092743-58092757promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58095826-58097367(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCGTA
SmilChr01G000178 Chr01 NC_080387.1:2916913-2916927promoter 内 875-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2911640-2913801(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATATTGTC
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56797042-56797056promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56800389-56800970(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGGTCTTATCCAT
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67031329-67031343promoter 内 563-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67034767-67037714(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGTTGTTATCCTA
SmilChr01G001110 Chr01 NC_080387.1:22718566-22718580promoter 内 317-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22722250-22722572(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATCTCTTTATCCTT
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62108583-62108597promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCACCCTTATCTGG
SmilChr01G001972 Chr01 NC_080387.1:35101765-35101779promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35105479-35107663(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATATGCATATCCTC
SmilChr02G004545 Chr02 NC_080388.1:68007592-68007606promoter 内 230-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68011363-68012412(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAAATGTA
SmilChr02G001241 Chr02 NC_080388.1:22807827-22807841promoter 内 216-230 bp - 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22794717-22804056(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGAACTTTATCCTT
SmilChr01G001680 Chr01 NC_080387.1:31011100-31011114promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31005862-31007306(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAAGTGAAA
SmilChr01G005279 Chr01 NC_080387.1:70190714-70190728promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70194642-70199710(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATTTATTATCCTA
SmilChr01G005659 Chr01 NC_080387.1:72932645-72932659promoter 内 16-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72936630-72940415(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCGTTAA
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62278863-62278877promoter 内 2806-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 62259906-62277682(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGGCCTT
SmilChr02G001777 Chr02 NC_080388.1:32544644-32544658promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32538679-32544616(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAACGTT
SmilChr01G003347 Chr01 NC_080387.1:52232649-52232663promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52232706-52233291(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGAGATTATCCTC
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53043821-53043835promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATTGCTTATCCCT
SmilChr02G002472 Chr02 NC_080388.1:43114676-43114690promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43114489-43114575(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGATCTCTTATCCAT
SmilChr03G001088 Chr03 NC_080389.1:12580792-12580806promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12581081-12582292(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTACTTATCCTT
SmilChr03G000107 Chr03 NC_080389.1:1190781-1190795promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1188256-1190415(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAGAGAA
SmilChr02G003759 Chr02 NC_080388.1:59238890-59238904promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59239360-59240873(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGAATTA
SmilChr01G004758 Chr01 NC_080387.1:65784278-65784292promoter 内 3482-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65780273-65783773(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATAAAA
SmilChr01G003373 Chr01 NC_080387.1:52436373-52436387promoter 内 3445-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52436929-52438863(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGATAAGGGTGGG
SmilChr03G001135 Chr03 NC_080389.1:13083506-13083520promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13084182-13087539(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCACCCTTATCATG
SmilChr01G004980 Chr01 NC_080387.1:67852403-67852417promoter 内 3322-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67848459-67851738(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCACCCTTATCATG
SmilChr01G005132 Chr01 NC_080387.1:69113605-69113619promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69112292-69112935(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGCAAGGT
SmilChr01G005197 Chr01 NC_080387.1:69654185-69654199promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69652794-69653504(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTACTCTTTATCCTC
SmilChr01G006114 Chr01 NC_080387.1:76670474-76670488promoter 内 3305-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 76671170-76671983(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTGACTTATCCTC
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50269124-50269138promoter 内 3269-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCACCCTTATCATG