转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 134 / 147 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G001715 Chr02 NC_080388.1:31587671-31587684promoter 内 692-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31590980-31592222(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTTAAGTCAACTA
SmilChr04G001695 Chr04 NC_080390.1:27998100-27998113promoter 内 551-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28001550-28003153(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAGATT
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36981446-36981459promoter 内 542-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTAAGCT
SmilChr03G003247 Chr03 NC_080389.1:50354301-50354314promoter 内 510-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50357792-50360236(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTGAAGTCAACCA
SmilChr03G000301 Chr03 NC_080389.1:3432530-3432543promoter 内 497-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3436034-3437409(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAGAGTCAACTT
SmilChr01G000758 Chr01 NC_080387.1:16645960-16645973promoter 内 461-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16649500-16652729(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50967896-50967909promoter 内 432-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCAGAGTCAACAA
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43885707-43885720promoter 内 428-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTCAGTCAACCA
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8256935-8256948promoter 内 415-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8260521-8264195(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTGACTC
SmilChr04G001015 Chr04 NC_080390.1:14133075-14133088promoter 内 257-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14136819-14138438(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAGATT
SmilChr04G001259 Chr04 NC_080390.1:19859412-19859425promoter 内 238-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19863175-19864535(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr03G001220 Chr03 NC_080389.1:14020266-14020279promoter 内 233-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14024034-14027838(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTGCT
SmilChr04G001319 Chr04 NC_080390.1:21257127-21257140promoter 内 221-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21252185-21253360(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTCGGTT
SmilChr01G002806 Chr01 NC_080387.1:46608851-46608864promoter 内 149-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46601773-46605012(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTTAAGTCAACTA
SmilChr01G000811 Chr01 NC_080387.1:17490888-17490901promoter 内 140-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17485733-17487040(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9321903-9321916promoter 内 127-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9315101-9318042(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGTTTGACTTTGCG
SmilChr03G002667 Chr03 NC_080389.1:42371963-42371976promoter 内 108-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42363952-42368083(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTCTTGA
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8114130-8114143promoter 内 100-113 bp - 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8118031-8119196(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr01G000549 Chr01 NC_080387.1:11410507-11410520promoter 内 98-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11405391-11406617(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr01G005857 Chr01 NC_080387.1:74510629-74510642promoter 内 83-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74497938-74506724(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTTGACTTTTCC
SmilChr03G002289 Chr03 NC_080389.1:36080621-36080634promoter 内 59-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36072782-36076692(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GACAGAGTCAACTT
SmilChr04G000750 Chr04 NC_080390.1:9187076-9187089promoter 内 59-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9191018-9192135(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCAAAGTCAAAAA
SmilChr04G000200 Chr04 NC_080390.1:1796124-1796137promoter 内 31-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1790354-1792167(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGAAAGTCAAATC
SmilChr04G002908 Chr04 NC_080390.1:45340430-45340443promoter 内 30-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45331954-45336472(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGCAAGTCAAAGA
SmilChr02G000796 Chr02 NC_080388.1:13194471-13194484promoter 内 12-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13189369-13190495(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACCAAAGTCAAAAA
SmilChr04G000819 Chr04 NC_080390.1:10278833-10278846promoter 内 3974-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 10278860-10282884(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCATAGTCAACTT
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30506223-30506236promoter 内 3792-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 30503466-30506027(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTGATCA
SmilChr04G000081 Chr04 NC_080390.1:727520-727533promoter 内 3428-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 728093-728637(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTGTAGTCAACCA
SmilChr04G002681 Chr04 NC_080390.1:42231457-42231470promoter 内 3103-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 42228901-42230572(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTCAAGTCAAAGG
SmilChr03G000248 Chr03 NC_080389.1:2937635-2937648promoter 内 2986-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 2933852-2936633(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGGAAGTCAACTT
SmilChr01G004654 Chr01 NC_080387.1:64650749-64650762promoter 内 2636-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 64648470-64649397(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTAACGG
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76717328-76717341promoter 内 2417-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 76718912-76777689(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTAAGTCAAAGT
SmilChr02G000503 Chr02 NC_080388.1:6909771-6909784promoter 内 2305-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 6906871-6908088(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTTTTGACTTTTAA
SmilChr01G002429 Chr01 NC_080387.1:41831544-41831557promoter 内 2040-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 41833505-41837531(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTAACGG
SmilChr01G003691 Chr01 NC_080387.1:55282284-55282297promoter 内 1601-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 55276083-55279897(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATTGACTTCCTT
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