转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 27 / 152 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002011 Chr05 NC_080391.1:20822518-20822532promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 20814832-20820058(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTGCGTCGGTGATG
SmilChr03G002453 Chr03 NC_080389.1:38903608-38903622promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 38894974-38901084(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTGTGGCGGTGGAG
SmilChr04G003724 Chr04 NC_080390.1:53579703-53579717promoter 内 1422-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 53574876-53577138(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTATGTCGGTGGTA
SmilChr04G003888 Chr04 NC_080390.1:54706261-54706275promoter 内 1158-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 54692658-54703432(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCTGCCGACAACAC
SmilChr04G002128 Chr04 NC_080390.1:34262442-34262456promoter 内 1097-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 34265346-34266165(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGGCGGTGGAG
SmilChr07G004244 Chr07 NC_080393.1:54879748-54879762promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 54871338-54876835(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCA
SmilChr01G003415 Chr01 NC_080387.1:52793391-52793405promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 52787901-52790202(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCCACCGACAATTT
SmilChr01G002836 Chr01 NC_080387.1:46951098-46951112promoter 内 761-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46954338-46957760(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTATTGGCGGTGGAG
SmilChr03G000413 Chr03 NC_080389.1:4458297-4458311promoter 内 710-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4454107-4455020(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGGTGGCGGTGGAG
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32625598-32625612promoter 内 676-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 32628923-32634187(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTCGCCGACAAAAG
SmilChr01G003480 Chr01 NC_080387.1:53361844-53361858promoter 内 658-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 53356289-53358515(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCCACCGACAATTT
SmilChr08G000368 Chr08 NC_080394.1:2533087-2533101promoter 内 499-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2536589-2538992(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGACAATTA
SmilChr08G004061 Chr08 NC_080394.1:49231795-49231809promoter 内 487-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49227633-49228295(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTGCGTCGGTGGCC
SmilChr05G003099 Chr05 NC_080391.1:39404315-39404329promoter 内 298-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 39400258-39400626(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGTTGTCGGCGGTT
SmilChr06G001009 Chr06 NC_080392.1:9984892-9984906promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 5 9980226-9984559(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCATCGTCGGTGGCC
SmilChr05G002275 Chr05 NC_080391.1:24473737-24473751promoter 内 3540-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 24472206-24473290(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TACCACCGACAACTA
SmilChr06G000820 Chr06 NC_080392.1:7727759-7727773promoter 内 1348-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 7722643-7725120(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G001184 Chr03 NC_080389.1:13606575-13606589promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 13607421-13609139(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr06G001758 Chr06 NC_080392.1:20557210-20557224promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 20558078-20564271(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTTCGTCGGTGGAT
SmilChr05G003322 Chr05 NC_080391.1:43524721-43524735promoter 内 1999-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 43521927-43522733(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G000630 Chr07 NC_080393.1:4256885-4256899promoter 内 1860-1874 bp + 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 4251956-4254758(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G004964 Chr08 NC_080394.1:58447125-58447139promoter 内 3786-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 58447340-58448779(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr07G004211 Chr07 NC_080393.1:54312566-54312580promoter 内 3414-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54313153-54315808(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCGCCAC
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4234927-4234941promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4235592-4237346(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr01G003754 Chr01 NC_080387.1:55933789-55933803promoter 内 3223-3237 bp - 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55931377-55933025(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr08G004775 Chr08 NC_080394.1:57066280-57066294promoter 内 3082-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57067199-57069431(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCTGCCGACAAGGC
SmilChr08G002129 Chr08 NC_080394.1:19169288-19169302promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 19170230-19175271(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTTTGTCGGTGAGG
SmilChr04G001886 Chr04 NC_080390.1:30800675-30800689promoter 内 2766-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 30801910-30802015(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr04G001878 Chr04 NC_080390.1:30681763-30681777promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 30683000-30683105(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3638184-3638198promoter 内 2577-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3635326-3636774(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G004128 Chr07 NC_080393.1:52961422-52961436promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 52962849-52963940(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G003663 Chr08 NC_080394.1:40409630-40409644promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 40406508-40408204(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr01G000491 Chr01 NC_080387.1:9973049-9973063promoter 内 2477-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 9968021-9971539(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G002865 Chr07 NC_080393.1:28827775-28827789promoter 内 2410-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 28825578-28826198(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr05G002764 Chr05 NC_080391.1:32028147-32028161promoter 内 2393-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 32029755-32033678(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCCCACCGACAAATT
SmilChr01G005091 Chr01 NC_080387.1:68766054-68766068promoter 内 2303-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 68767752-68768843(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
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