转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 28 / 147 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001706 Chr03 NC_080389.1:22651108-22651121promoter 内 2471-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 22652638-22657573(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTTTTAG
SmilChr04G001820 Chr04 NC_080390.1:29697795-29697808promoter 内 2469-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 29699327-29702229(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G001543 Chr03 NC_080389.1:19359589-19359602promoter 内 2462-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19361128-19363921(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G001159 Chr04 NC_080390.1:17156296-17156309promoter 内 2449-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 17151835-17154757(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G003200 Chr02 NC_080388.1:53162446-53162459promoter 内 2448-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53158001-53160906(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G001096 Chr02 NC_080388.1:19776844-19776857promoter 内 2447-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19778398-19784710(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G001384 Chr01 NC_080387.1:27248120-27248133promoter 内 2439-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 27249682-27252555(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21845708-21845721promoter 内 2438-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 21847271-21850188(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G002434 Chr02 NC_080388.1:42396418-42396431promoter 内 2435-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 42391965-42394865(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G001383 Chr01 NC_080387.1:27238344-27238357promoter 内 2434-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 27239911-27242779(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G004486 Chr02 NC_080388.1:67372856-67372869promoter 内 2431-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 67367725-67371299(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCATGGT
SmilChr04G003075 Chr04 NC_080390.1:47349908-47349921promoter 内 2431-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47351478-47354351(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G004295 Chr02 NC_080388.1:65308862-65308875promoter 内 2423-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 65310440-65313328(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40146264-40146277promoter 内 2413-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 40147852-40150693(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G002525 Chr04 NC_080390.1:40282959-40282972promoter 内 2309-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 40284651-40287196(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G000663 Chr04 NC_080390.1:7494761-7494774promoter 内 2292-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 7490554-7493065(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G003206 Chr02 NC_080388.1:53200788-53200801promoter 内 2283-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53202506-53205087(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G002249 Chr01 NC_080387.1:39103639-39103652promoter 内 2126-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 39105514-39107684(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G000561 Chr03 NC_080389.1:6099888-6099901promoter 内 1993-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 6101896-6104054(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G000302 Chr02 NC_080388.1:3833952-3833965promoter 内 1828-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 3828212-3831792(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACCAGTCAACGG
SmilChr03G002294 Chr03 NC_080389.1:36144904-36144917promoter 内 1411-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 36147494-36149380(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G003745 Chr03 NC_080389.1:56507380-56507393promoter 内 1393-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 56501836-56504785(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr03G003744 Chr03 NC_080389.1:56496089-56496102promoter 内 1392-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 56490544-56493493(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G001143 Chr04 NC_080390.1:16831201-16831214promoter 内 1284-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 16833918-16835681(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr04G000164 Chr04 NC_080390.1:1480200-1480213promoter 内 1094-1107 bp + 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 1483107-1484835(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTCTT
SmilChr02G001097 Chr02 NC_080388.1:19776844-19776857promoter 内 912-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19779933-19782733(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38105865-38105878promoter 内 859-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 38109007-38109480(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACAAAGTCAACCT
SmilChr01G004302 Chr01 NC_080387.1:61193302-61193315promoter 内 762-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 61196541-61197712(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55348302-55348315promoter 内 630-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 55351673-55352897(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGAAAGTCAACCT
SmilChr01G006072 Chr01 NC_080387.1:76162161-76162174promoter 内 536-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 76157690-76158709(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G003311 Chr02 NC_080388.1:54356842-54356855promoter 内 393-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54360450-54361312(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G002914 Chr02 NC_080388.1:49446287-49446300promoter 内 384-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 49449904-49450771(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAAAGA
SmilChr02G002294 Chr02 NC_080388.1:40460747-40460760promoter 内 115-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 40464633-40465469(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTGTC
SmilChr01G003172 Chr01 NC_080387.1:50527991-50528004promoter 内 3977-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50522332-50527980(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAACTA
SmilChr02G001533 Chr02 NC_080388.1:28599061-28599074promoter 内 3952-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 28598548-28599025(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTCTT
SmilChr03G000457 Chr03 NC_080389.1:4869679-4869692promoter 内 3855-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 4865793-4869546(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAATAAGTCAACAC
SmilChr02G002091 Chr02 NC_080388.1:37539564-37539577promoter 内 3773-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37538642-37539349(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAGTAGTCAACGT
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SmilChr04G000512 Chr04 NC_080390.1:5619666-5619679promoter 内 3542-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5615271-5619220(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
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SmilChr03G002521 Chr03 NC_080389.1:40187585-40187598promoter 内 3003-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 40188583-40191944(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAAGA
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SmilChr02G001534 Chr02 NC_080388.1:28599061-28599074promoter 内 2986-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 28600076-28600906(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGAAAGTCAAAGG