转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 32 / 142 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000531 Chr08 NC_080394.1:3875062-3875076promoter 内 810-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3862083-3871885(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCATTTC
SmilChr01G001600 Chr01 NC_080387.1:30164626-30164640promoter 内 806-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30158031-30161445(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGAG
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39978574-39978588promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCACACT
SmilChr03G001976 Chr03 NC_080389.1:28600117-28600131promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28603574-28609243(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGTTGAG
SmilChr08G004310 Chr08 NC_080394.1:52827829-52827843promoter 内 345-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 52821226-52824187(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGGTGTA
SmilChr06G001423 Chr06 NC_080392.1:15027421-15027435promoter 内 263-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15031159-15033826(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr06G001424 Chr06 NC_080392.1:15056413-15056427promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15060152-15062818(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr08G001118 Chr08 NC_080394.1:8692758-8692772promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 8688279-8688997(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr05G002368 Chr05 NC_080391.1:25859195-25859209promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 25863007-25865305(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAACAG
SmilChr06G001376 Chr06 NC_080392.1:14440459-14440473promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 14432486-14436534(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCGCACC
SmilChr02G005052 Chr02 NC_080388.1:72227554-72227568promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 72231550-72238294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTAGTTGCG
SmilChr01G001145 Chr01 NC_080387.1:23414033-23414047promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 23414049-23416919(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G002105 Chr06 NC_080392.1:28131418-28131432promoter 内 3983-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 28128535-28131414(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr03G004422 Chr03 NC_080389.1:62392610-62392624promoter 内 2314-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 62394297-62394380(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGAG
SmilChr03G004421 Chr03 NC_080389.1:62392610-62392624promoter 内 2300-2314 bp - 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 62388024-62390923(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCAACTACCACCTT
SmilChr01G001890 Chr01 NC_080387.1:34021446-34021460promoter 内 3971-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 34019078-34021430(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr03G000190 Chr03 NC_080389.1:2118045-2118059promoter 内 3971-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 2115677-2118029(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G001498 Chr06 NC_080392.1:16034138-16034152promoter 内 3965-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 16031727-16034116(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001978 Chr04 NC_080390.1:32055287-32055301promoter 内 3951-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 32052541-32055251(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001980 Chr04 NC_080390.1:32064725-32064739promoter 内 3951-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 32062028-32064689(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001979 Chr04 NC_080390.1:32060531-32060545promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 32056113-32060490(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr08G004398 Chr08 NC_080394.1:53691786-53691800promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 53688843-53691713(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G004292 Chr02 NC_080388.1:65272383-65272397promoter 内 2435-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 65269765-65270831(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G002633 Chr06 NC_080392.1:37894737-37894751promoter 内 1977-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 37891791-37892727(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr06G002632 Chr06 NC_080392.1:37885192-37885206promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 37882245-37883181(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr08G004909 Chr08 NC_080394.1:58076698-58076712promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 58069086-58073426(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGGAGTAGGTGGG
SmilChr05G000103 Chr05 NC_080391.1:635661-635675promoter 内 3969-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 635693-638412(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr08G002845 Chr08 NC_080394.1:28307465-28307479promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 28304800-28307423(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001180 Chr04 NC_080390.1:17877401-17877415promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 17874392-17877358(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr08G004555 Chr08 NC_080394.1:55131705-55131719promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55131215-55131634(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTACCT
SmilChr02G002571 Chr02 NC_080388.1:44725854-44725868promoter 内 3843-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 44725036-44725710(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGAGGTAGGTGGA
SmilChr02G004374 Chr02 NC_080388.1:66099161-66099175promoter 内 3698-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 66099464-66100314(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G004370 Chr02 NC_080388.1:66025370-66025384promoter 内 3636-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 66025735-66034194(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTTGGTAGGTAGG
SmilChr05G001968 Chr05 NC_080391.1:20280257-20280271promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 20276669-20279892(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G004487 Chr08 NC_080394.1:54462863-54462877promoter 内 2973-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54463891-54463978(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr08G004488 Chr08 NC_080394.1:54462863-54462877promoter 内 2815-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54464049-54464128(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G000735 Chr01 NC_080387.1:16308836-16308850promoter 内 2796-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 16307539-16307645(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGGGGTAGGTAGA
SmilChr08G000304 Chr08 NC_080394.1:2152114-2152128promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 2128083-2150870(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G003265 Chr08 NC_080394.1:33668586-33668600promoter 内 2625-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 33665674-33667224(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr08G003266 Chr08 NC_080394.1:33678134-33678148promoter 内 2625-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 33675222-33676772(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr07G001053 Chr07 NC_080393.1:7688371-7688385promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 7689849-7689933(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G001313 Chr07 NC_080393.1:10111431-10111445promoter 内 1773-1787 bp - 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 10106138-10109217(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G000809 Chr01 NC_080387.1:17477725-17477739promoter 内 1095-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 17474079-17474833(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30120638-30120652promoter 内 995-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 30116256-30117646(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr07G000363 Chr07 NC_080393.1:2493675-2493689promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 2483848-2490414(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCTAA
SmilChr07G000411 Chr07 NC_080393.1:2833803-2833817promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 2837210-2848285(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACTTT
SmilChr05G000085 Chr05 NC_080391.1:473349-473363promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 468215-469400(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGGAGTAGGTGGG
SmilChr07G003383 Chr07 NC_080393.1:36646385-36646399promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 36641208-36642418(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000086 Chr05 NC_080391.1:473349-473363promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 473364-476083(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC
SmilChr04G001179 Chr04 NC_080390.1:17867839-17867853promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17864832-17867837(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCCTC