转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 35 / 141 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002592 Chr07 NC_080393.1:24920325-24920339promoter 内 1133-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24923193-24926301(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTCTCACCGACAACG
SmilChr08G004842 Chr08 NC_080394.1:57691392-57691406promoter 内 1109-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57685720-57688514(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGTTGA
SmilChr07G004244 Chr07 NC_080393.1:54879747-54879761promoter 内 1075-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54871338-54876835(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGGCAA
SmilChr08G004879 Chr08 NC_080394.1:57902893-57902907promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57897608-57899889(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGTTGA
SmilChr01G001717 Chr01 NC_080387.1:31642905-31642919promoter 内 961-975 bp - 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 31645945-31656111(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGAGCACCGACACCT
SmilChr04G003833 Chr04 NC_080390.1:54389298-54389312promoter 内 848-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54383779-54386159(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTAGCACCGACACCA
SmilChr05G002654 Chr05 NC_080391.1:30045663-30045677promoter 内 741-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30039136-30042417(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCCACCGACGCGC
SmilChr08G004844 Chr08 NC_080394.1:57691392-57691406promoter 内 692-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57694701-57695144(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAACACCGACACCA
SmilChr08G004881 Chr08 NC_080394.1:57902893-57902907promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57906216-57906659(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAACACCGACACCA
SmilChr05G000351 Chr05 NC_080391.1:2635708-2635722promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2630799-2632340(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTCTCACCGACAACG
SmilChr05G000352 Chr05 NC_080391.1:2630950-2630964promoter 内 619-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2634332-2635873(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTCTCACCGACAACG
SmilChr05G000359 Chr05 NC_080391.1:2680197-2680211promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2683579-2685331(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGAGAC
SmilChr08G001252 Chr08 NC_080394.1:9942965-9942979promoter 内 559-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9936875-9939537(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCGCCGACAACG
SmilChr01G002431 Chr01 NC_080387.1:41850754-41850768promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 41845480-41847318(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACAGGC
SmilChr02G002765 Chr02 NC_080388.1:47715560-47715574promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47711545-47712111(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGATTG
SmilChr05G001862 Chr05 NC_080391.1:18649753-18649767promoter 内 481-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18653273-18658004(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGTCGGTGCTGC
SmilChr07G003183 Chr07 NC_080393.1:33909377-33909391promoter 内 375-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33903474-33905765(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCCCACCGACGTGT
SmilChr06G000067 Chr06 NC_080392.1:537115-537129promoter 内 293-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 531326-533421(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATCACCGACAGAA
SmilChr08G000307 Chr08 NC_080394.1:2133310-2133324promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2137086-2137706(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGCGTCGA
SmilChr03G004383 Chr03 NC_080389.1:62039857-62039871promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62043674-62046173(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GACCCACCGACAAAC
SmilChr07G003238 Chr07 NC_080393.1:34342864-34342878promoter 内 93-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34338838-34338970(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGAGTCGGTGGCGA
SmilChr01G000236 Chr01 NC_080387.1:4434388-4434402promoter 内 55-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4438334-4440559(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGTCGGTGGCTA
SmilChr07G001630 Chr07 NC_080393.1:13656295-13656309promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13660277-13664255(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTAGGGT
SmilChr01G002794 Chr01 NC_080387.1:46450103-46450117promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 6 46443274-46446295(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGAAGA
SmilChr06G000820 Chr06 NC_080392.1:7727758-7727772promoter 内 1349-1363 bp - 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 7722643-7725120(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGGCTA
SmilChr01G003107 Chr01 NC_080387.1:49885838-49885852promoter 内 860-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 49882048-49882711(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCCTGTCGGTGGAAC
SmilChr03G001184 Chr03 NC_080389.1:13606576-13606590promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 13607421-13609139(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGGCTA
SmilChr08G003309 Chr08 NC_080394.1:34286974-34286988promoter 内 2129-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 34282811-34285116(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGGCGGTGGAGG
SmilChr05G003322 Chr05 NC_080391.1:43524720-43524734promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 43521927-43522733(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGGCTA
SmilChr07G000630 Chr07 NC_080393.1:4256884-4256898promoter 内 1861-1875 bp - 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 4251956-4254758(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGGCTA
SmilChr07G003627 Chr07 NC_080393.1:42794774-42794788promoter 内 1635-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 42789322-42792422(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGGCGGTGGAGG
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216203-39216217promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 39211130-39212815(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGATCC
SmilChr06G002752 Chr06 NC_080392.1:40070750-40070764promoter 内 96-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 40074655-40075776(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCACCGACGGAT
SmilChr07G002982 Chr07 NC_080393.1:30378530-30378544promoter 内 3629-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30378902-30379575(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCACCGACAGCA
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:184665-184679promoter 内 3616-3630 bp + 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 183631-184294(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCACCGACAGCA
SmilChr07G002981 Chr07 NC_080393.1:30367850-30367864promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30368309-30368895(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCACCGACAGCA
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