转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 57 / 142 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001317 Chr06 NC_080392.1:13684203-13684217promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13688152-13689550(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGATGGTAGGTAAG
SmilChr02G000940 Chr02 NC_080388.1:16395999-16396013promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16388761-16392027(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACTACCACACC
SmilChr07G003680 Chr07 NC_080393.1:44274241-44274255promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44267831-44270269(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCGGATC
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73210647-73210661promoter 内 2786-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 73211862-73215804(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTATTT
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73210647-73210661promoter 内 58-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 73203421-73206718(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATAGGTAGGTGGA
SmilChr01G001228 Chr01 NC_080387.1:24565275-24565289promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 24565295-24568092(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTCTC
SmilChr01G001227 Chr01 NC_080387.1:24555959-24555973promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 24556025-24558788(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTCTC
SmilChr02G000122 Chr02 NC_080388.1:1666239-1666253promoter 内 3845-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 1663208-1666097(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr08G001217 Chr08 NC_080394.1:9825151-9825165promoter 内 3596-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9822022-9824760(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCAAAAA
SmilChr04G003632 Chr04 NC_080390.1:52830270-52830284promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52826978-52829790(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACATT
SmilChr05G004108 Chr05 NC_080391.1:54930330-54930344promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54931175-54933983(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGAAAA
SmilChr05G001534 Chr05 NC_080391.1:14032504-14032518promoter 内 2922-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14033583-14035647(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAATGGTAGGTAGG
SmilChr08G004268 Chr08 NC_080394.1:52144900-52144914promoter 内 2444-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52146457-52148648(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATTGGGTAGGTGCA
SmilChr03G003557 Chr03 NC_080389.1:54221436-54221450promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54218619-54219765(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTCTC
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237741-54237755promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54234924-54236070(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTCTC
SmilChr03G003326 Chr03 NC_080389.1:51518295-51518309promoter 内 2202-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 51520094-51523937(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr02G002525 Chr02 NC_080388.1:43928992-43929006promoter 内 1780-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 43931213-43934713(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr03G003934 Chr03 NC_080389.1:58397188-58397202promoter 内 1581-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58399608-58400327(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTTGGTAGGTAAG
SmilChr05G000116 Chr05 NC_080391.1:866538-866552promoter 内 1454-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 860654-864005(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr03G003933 Chr03 NC_080389.1:58397188-58397202promoter 内 1345-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58393342-58394546(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCAAACA
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14108324-14108338promoter 内 1195-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14111130-14114061(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38470370-38470384promoter 内 1125-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38473246-38475937(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2451925-2451939promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 2454851-2457037(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr07G003093 Chr07 NC_080393.1:32704328-32704342promoter 内 1053-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 32707276-32709301(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAACCC
SmilChr04G004076 Chr04 NC_080390.1:55833905-55833919promoter 内 815-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 55837091-55840948(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGTCGTTAGGTGGC
SmilChr07G001678 Chr07 NC_080393.1:14225174-14225188promoter 内 579-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14221145-14221766(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAATAA
SmilChr08G000736 Chr08 NC_080394.1:5461583-5461597promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5450491-5457913(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCAAATA
SmilChr08G000019 Chr08 NC_080394.1:148806-148820promoter 内 42-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 143549-144861(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCTATT
SmilChr02G004498 Chr02 NC_080388.1:67485849-67485863promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67482937-67485836(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr02G004499 Chr02 NC_080388.1:67494657-67494671promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67491753-67494644(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67180077-67180091promoter 内 3967-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67180111-67184533(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCGCCT
SmilChr08G000108 Chr08 NC_080394.1:665359-665373promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 665394-677267(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr03G001165 Chr03 NC_080389.1:13422773-13422787promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13422820-13425557(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr05G003111 Chr05 NC_080391.1:39640273-39640287promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 39637920-39640229(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGGTAGTAGGTGAA
SmilChr03G001164 Chr03 NC_080389.1:13414072-13414086promoter 内 3941-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13414132-13416298(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr03G001166 Chr03 NC_080389.1:13427863-13427877promoter 内 3941-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13427923-13430668(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr03G001167 Chr03 NC_080389.1:13436576-13436590promoter 内 3941-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13436636-13439364(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13515951-13515965promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCTACTT
SmilChr06G001261 Chr06 NC_080392.1:13140363-13140377promoter 内 3902-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13140462-13142095(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCTACTT
SmilChr07G002143 Chr07 NC_080393.1:19597824-19597838promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19597928-19599830(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTGGT
SmilChr01G000396 Chr01 NC_080387.1:8138494-8138508promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8138661-8141454(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCACCA
SmilChr02G004785 Chr02 NC_080388.1:70018433-70018447promoter 内 3829-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70018605-70021442(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTAACAC
SmilChr01G000721 Chr01 NC_080387.1:16141764-16141778promoter 内 3793-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16135175-16141570(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCACAA
SmilChr08G001813 Chr08 NC_080394.1:15292535-15292549promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15291077-15292144(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr08G001218 Chr08 NC_080394.1:9825151-9825165promoter 内 3577-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9825575-9826623(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTAGA
SmilChr08G001076 Chr08 NC_080394.1:8285497-8285511promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8279572-8285061(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCACTAA
SmilChr05G002757 Chr05 NC_080391.1:31864833-31864847promoter 内 3493-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31865341-31870591(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr05G003147 Chr05 NC_080391.1:40224380-40224394promoter 内 3398-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40224983-40225652(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCAGGC
SmilChr03G001898 Chr03 NC_080389.1:26524669-26524683promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26518850-26523945(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr03G003150 Chr03 NC_080389.1:48859175-48859189promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48857319-48858416(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCGTGGTAGTTGCC