转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 62 / 128 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000759 Chr03 NC_080389.1:8650298-8650312promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 5 8651085-8654584(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTTGCCACCGCCT
SmilChr02G003424 Chr02 NC_080388.1:55444950-55444964promoter 内 3479-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 55445472-55451947(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCTGG
SmilChr03G001358 Chr03 NC_080389.1:15954996-15955010promoter 内 2714-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 15956283-15958980(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr03G000273 Chr03 NC_080389.1:3120227-3120241promoter 内 2408-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 3115970-3118648(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGACT
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74970304-74970318promoter 内 2187-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 74972118-74974885(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCGACG
SmilChr02G003163 Chr02 NC_080388.1:52671027-52671041promoter 内 2099-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 52666333-52669139(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29809165-29809179promoter 内 1781-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 29805559-29806959(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCATCACCGCCT
SmilChr02G004106 Chr02 NC_080388.1:63363476-63363490promoter 内 1668-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 63365809-63368238(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr04G001429 Chr04 NC_080390.1:23272147-23272161promoter 内 3544-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 23267537-23271704(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGGAG
SmilChr07G002152 Chr07 NC_080393.1:19691420-19691434promoter 内 3400-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 19680598-19690833(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr01G006059 Chr01 NC_080387.1:76042050-76042064promoter 内 3388-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 76042663-76046903(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGTGC
SmilChr08G003858 Chr08 NC_080394.1:45290498-45290512promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 45291158-45291953(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCTGCCACCGCCT
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66240722-66240736promoter 内 3330-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 66241393-66244561(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGATGGCGG
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40836010-40836024promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40836816-40839710(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAGCTCCACCGCCG
SmilChr08G002180 Chr08 NC_080394.1:19700128-19700142promoter 内 3162-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 19700967-19711632(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCTCCACCGCCG
SmilChr06G002752 Chr06 NC_080392.1:40073540-40073554promoter 内 2886-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40074655-40075776(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTCT
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70275295-70275309promoter 内 2332-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 70271070-70273640(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGATCCACCGCCG
SmilChr02G003151 Chr02 NC_080388.1:52540135-52540149promoter 内 2299-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 52541837-52543643(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCCGGCGA
SmilChr07G004644 Chr07 NC_080393.1:59288947-59288961promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 59290861-59292955(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGGCACCGCCG
SmilChr07G001687 Chr07 NC_080393.1:14286217-14286231promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 14288457-14289437(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGATCCACCGCCG
SmilChr01G004207 Chr01 NC_080387.1:60506849-60506863promoter 内 1087-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 60509763-60514700(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCTGG
SmilChr06G001926 Chr06 NC_080392.1:23396243-23396257promoter 内 884-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 23390897-23393140(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCCGCCG
SmilChr05G003078 Chr05 NC_080391.1:38834754-38834768promoter 内 778-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 38837977-38842917(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr06G001525 Chr06 NC_080392.1:16440256-16440270promoter 内 728-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 16435999-16436997(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr04G003717 Chr04 NC_080390.1:53474115-53474129promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53477713-53481957(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCCTCCACCGCCC
SmilChr07G001982 Chr07 NC_080393.1:17461181-17461195promoter 内 99-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17456598-17457293(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGTT
SmilChr05G003645 Chr05 NC_080391.1:48877611-48877625promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48877692-48881740(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCAGCCACCGCCT
SmilChr03G001113 Chr03 NC_080389.1:12832952-12832966promoter 内 3901-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12833052-12834839(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGATGG
SmilChr07G000443 Chr07 NC_080393.1:3099517-3099531promoter 内 3814-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3096888-3099344(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACCGCCACCGCCG
SmilChr07G001601 Chr07 NC_080393.1:13368792-13368806promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13369224-13370279(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACATCCACCGCCG
SmilChr06G002751 Chr06 NC_080392.1:40073540-40073554promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40070259-40073113(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACCGCCACCGCCG
SmilChr01G000993 Chr01 NC_080387.1:20954613-20954627promoter 内 3528-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20955086-20964596(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCTC
SmilChr01G003543 Chr01 NC_080387.1:54018007-54018021promoter 内 3320-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54014397-54017340(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCAGCCACCGCCT
SmilChr04G000997 Chr04 NC_080390.1:13795599-13795613promoter 内 3229-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13796371-13797774(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr01G002680 Chr01 NC_080387.1:44995579-44995593promoter 内 3213-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44996367-44998325(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCCGCCACCGCCG
SmilChr01G002685 Chr01 NC_080387.1:45056188-45056202promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45057035-45058846(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCCGCCACCGCCG
SmilChr06G001560 Chr06 NC_080392.1:17023324-17023338promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17019650-17022464(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTGGCCACCGCCG
SmilChr04G001254 Chr04 NC_080390.1:19805017-19805031promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19801877-19804054(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCAGGAGG
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22548454-22548468promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22549457-22555678(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCTCCACCGCCC
SmilChr08G001639 Chr08 NC_080394.1:13598035-13598049promoter 内 2989-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13595164-13597037(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr03G002563 Chr03 NC_080389.1:40836010-40836024promoter 内 2913-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40832043-40834936(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCTCG
SmilChr04G003800 Chr04 NC_080390.1:54183679-54183693promoter 内 2891-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54180144-54182583(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTCGA
SmilChr06G000949 Chr06 NC_080392.1:9138340-9138354promoter 内 2858-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9136268-9137211(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGTCGGTGGAGGTGG
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