转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 67 / 167 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002384 Chr03 NC_080389.1:37653383-37653394promoter 内 3131-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 37652021-37652524(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGTAA
SmilChr04G001384 Chr04 NC_080390.1:22510021-22510032promoter 内 3034-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22510988-22514581(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCATT
SmilChr02G001264 Chr02 NC_080388.1:23172512-23172523promoter 内 3029-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23173484-23176757(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTTGCGTGTTC
SmilChr02G002422 Chr02 NC_080388.1:42190534-42190545promoter 内 2944-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42191591-42196056(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACACGCCATT
SmilChr05G000217 Chr05 NC_080391.1:1705007-1705018promoter 内 2893-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1699538-1703910(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCATT
SmilChr08G003791 Chr08 NC_080394.1:43755206-43755217promoter 内 2875-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43752043-43754091(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACA
SmilChr04G001522 Chr04 NC_080390.1:25135792-25135803promoter 内 2835-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25133386-25134637(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTACACGCCATA
SmilChr08G000667 Chr08 NC_080394.1:4934613-4934624promoter 内 2783-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4926567-4933406(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGTAC
SmilChr01G005890 Chr01 NC_080387.1:74833547-74833558promoter 内 2684-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74827259-74832241(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTTGCGTGTTG
SmilChr04G000450 Chr04 NC_080390.1:4772968-4772979promoter 内 2670-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4769472-4771648(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACA
SmilChr07G000389 Chr07 NC_080393.1:2603094-2603105promoter 内 2553-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2604542-2605654(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGTA
SmilChr04G002236 Chr04 NC_080390.1:36089493-36089504promoter 内 2456-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36091038-36091898(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGTAA
SmilChr01G005242 Chr01 NC_080387.1:69957718-69957729promoter 内 2364-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69959355-69959968(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGTTT
SmilChr01G001908 Chr01 NC_080387.1:34168904-34168915promoter 内 2330-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34170575-34171755(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACA
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33595889-33595900promoter 内 2321-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33597569-33598788(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACA
SmilChr08G003268 Chr08 NC_080394.1:33695227-33695238promoter 内 2300-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33690699-33693537(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGTA
SmilChr08G003787 Chr08 NC_080394.1:43706935-43706946promoter 内 2169-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43697774-43705114(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCATA
SmilChr03G004595 Chr03 NC_080389.1:63769248-63769259promoter 内 2150-2161 bp - 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 63771099-63773539(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGTTT
SmilChr04G003927 Chr04 NC_080390.1:54940731-54940742promoter 内 2090-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54938105-54938831(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATC
SmilChr05G000112 Chr05 NC_080391.1:792203-792214promoter 内 2057-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 794147-794851(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTACACGCCATC
SmilChr05G000327 Chr05 NC_080391.1:2439497-2439508promoter 内 2017-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2441481-2464606(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTC
SmilChr06G002730 Chr06 NC_080392.1:39393249-39393260promoter 内 2009-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39390266-39391268(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTC
SmilChr05G002896 Chr05 NC_080391.1:34755418-34755429promoter 内 2007-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34757412-34759111(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTC
SmilChr05G003454 Chr05 NC_080391.1:45942193-45942204promoter 内 2004-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45937513-45940207(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTA
SmilChr03G003584 Chr03 NC_080389.1:54480044-54480055promoter 内 1922-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54476504-54477976(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGA
SmilChr04G002787 Chr04 NC_080390.1:43732261-43732272promoter 内 1922-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 43725659-43730193(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTTGCGTGTTG
SmilChr03G001249 Chr03 NC_080389.1:14411808-14411819promoter 内 1914-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14408286-14409732(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACA
SmilChr08G002595 Chr08 NC_080394.1:25283037-25283048promoter 内 1777-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25285261-25289683(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGACACGCCATT
SmilChr05G002895 Chr05 NC_080391.1:34755418-34755429promoter 内 1760-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34750353-34753188(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCATT
SmilChr03G001165 Chr03 NC_080389.1:13420561-13420572promoter 内 1742-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13422820-13425557(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTA
SmilChr05G000286 Chr05 NC_080391.1:2204621-2204632promoter 内 1741-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2206881-2213310(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTTC
SmilChr03G001167 Chr03 NC_080389.1:13434363-13434374promoter 内 1728-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13436636-13439364(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTA
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32889706-32889717promoter 内 1675-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATC
SmilChr07G003780 Chr07 NC_080393.1:46346247-46346258promoter 内 1675-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46348573-46348678(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATC
SmilChr01G000849 Chr01 NC_080387.1:18341671-18341682promoter 内 1667-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18344005-18344110(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATC
SmilChr04G001440 Chr04 NC_080390.1:23616930-23616941promoter 内 1628-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23619303-23621727(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGTTT
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SmilChr07G002177 Chr07 NC_080393.1:19950248-19950259promoter 内 1245-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19944295-19947503(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCATA
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