转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 81 / 167 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002267 Chr01 NC_080387.1:39457728-39457748promoter 内 2832-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39454608-39456579(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr03G003042 Chr03 NC_080389.1:47321732-47321752promoter 内 2777-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47322956-47324529(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACTTCTTTATCCAAATTGTA
SmilChr05G002191 Chr05 NC_080391.1:23401744-23401764promoter 内 2759-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23402986-23409109(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCCTCATCTTCTAACTC
SmilChr05G003389 Chr05 NC_080391.1:44923057-44923077promoter 内 2752-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44924306-44925993(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr08G001185 Chr08 NC_080394.1:9498345-9498365promoter 内 2725-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9496325-9497089(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTTTTTATCTAATTTTTC
SmilChr08G000059 Chr08 NC_080394.1:346492-346512promoter 内 2721-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 347772-350009(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTTGCTTATCCAATTTAAT
SmilChr05G002379 Chr05 NC_080391.1:26209675-26209695promoter 内 2675-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26205829-26208369(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr07G002469 Chr07 NC_080393.1:23225783-23225803promoter 内 2671-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23222842-23224473(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTGGTGAGGATAAGTGGCGT
SmilChr07G004480 Chr07 NC_080393.1:57355260-57355280promoter 内 2649-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57352811-57353928(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGGGATCGGATAAGCTAAAA
SmilChr07G001263 Chr07 NC_080393.1:9706957-9706977promoter 内 2633-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9708325-9708938(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAATCTAGATAAGGTCATG
SmilChr06G001858 Chr06 NC_080392.1:22018524-22018544promoter 内 2629-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22019896-22025604(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCTACATTATCCATATTTTT
SmilChr08G000206 Chr08 NC_080394.1:1405589-1405609promoter 内 2609-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1400831-1404217(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCATGATCCAATTTTTA
SmilChr05G003295 Chr05 NC_080391.1:43109762-43109782promoter 内 2565-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43111198-43119348(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGGTAACGGATAAGTTGGGT
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14493341-14493361promoter 内 2523-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14494819-14495241(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAGTTGAGGATAAGATAATT
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64082471-64082491promoter 内 2519-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64076344-64081009(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAATTTGGATAAGATAATG
SmilChr02G005185 Chr02 NC_080388.1:73166405-73166425promoter 内 2515-2535 bp + 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73167891-73170879(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACGAATTGGATGAGTGTAGG
SmilChr02G002298 Chr02 NC_080388.1:40558317-40558337promoter 内 2509-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40559809-40561749(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCATTCCTTATCTTGTTTTGT
SmilChr03G003489 Chr03 NC_080389.1:53460711-53460731promoter 内 2505-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53462207-53466707(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAGTATGGATAAGAACGTA
SmilChr04G002836 Chr04 NC_080390.1:44511763-44511783promoter 内 2481-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44506699-44510263(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr03G003392 Chr03 NC_080389.1:52339298-52339318promoter 内 2470-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52340829-52342427(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTATGGATAAATAAAAA
SmilChr02G002480 Chr02 NC_080388.1:43183009-43183029promoter 内 2435-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43184575-43187347(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr05G001704 Chr05 NC_080391.1:16269350-16269370promoter 内 2433-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16270918-16272794(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGTTTTTGGATAAGGCTATA
SmilChr06G001852 Chr06 NC_080392.1:21904243-21904263promoter 内 2429-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21905815-21911713(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCTACATTATCCATATTTTT
SmilChr05G003430 Chr05 NC_080391.1:45543202-45543222promoter 内 2423-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45538514-45541644(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTTTCTTATCCATATTACT
SmilChr06G001614 Chr06 NC_080392.1:17965430-17965450promoter 内 2423-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17960839-17963872(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr06G001610 Chr06 NC_080392.1:17947326-17947346promoter 内 2422-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17942734-17945767(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr06G001612 Chr06 NC_080392.1:17956378-17956398promoter 内 2422-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17951788-17954819(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr06G001615 Chr06 NC_080392.1:17974495-17974515promoter 内 2420-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17969901-17972934(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75323008-75323028promoter 内 2419-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTATTCTTATCCACGATGGG
SmilChr05G004000 Chr05 NC_080391.1:53888933-53888953promoter 内 2408-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53890526-53893926(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58206475-58206495promoter 内 2402-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58208074-58213277(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTTTAGATAAGGATATT
SmilChr07G003309 Chr07 NC_080393.1:35102581-35102601promoter 内 2398-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35097506-35100998(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr05G001798 Chr05 NC_080391.1:17731576-17731596promoter 内 2395-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17733182-17733709(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCTGTCTTATCCTAAGCCTA
SmilChr05G002644 Chr05 NC_080391.1:29831697-29831717promoter 内 2391-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29827872-29830107(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr05G002920 Chr05 NC_080391.1:35157033-35157053promoter 内 2386-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35158648-35162116(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
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