转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 82 / 128 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005005 Chr02 NC_080388.1:71853165-71853176promoter 内 2641-2652 bp + 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71842290-71851816(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr01G001542 Chr01 NC_080387.1:29439807-29439818promoter 内 2637-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29435888-29438454(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATT
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53279204-53279215promoter 内 2548-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53280657-53285286(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTCTGTTTTA
SmilChr03G000867 Chr03 NC_080389.1:9863039-9863050promoter 内 2526-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9864514-9867937(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTATTA
SmilChr01G003002 Chr01 NC_080387.1:48999138-48999149promoter 内 2518-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48996429-48997666(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAATACAGAGCT
SmilChr01G003349 Chr01 NC_080387.1:52243475-52243486promoter 内 2474-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52241483-52241959(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTATCT
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68110066-68110077promoter 内 2419-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr02G003514 Chr02 NC_080388.1:56336461-56336472promoter 内 2396-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56329508-56334867(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTATTT
SmilChr02G002042 Chr02 NC_080388.1:36779894-36779905promoter 内 2354-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36773289-36778258(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTT
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35220196-35220207promoter 内 2349-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35221848-35224928(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17844353-17844364promoter 内 2343-2354 bp + 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G003740 Chr01 NC_080387.1:55718701-55718712promoter 内 2342-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55715353-55717053(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATT
SmilChr01G001104 Chr01 NC_080387.1:22612113-22612124promoter 内 2330-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22613784-22615277(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G003047 Chr01 NC_080387.1:49452162-49452173promoter 内 2329-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49448957-49450501(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAATC
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21478872-21478883promoter 内 2326-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G002522 Chr01 NC_080387.1:43185275-43185286promoter 内 2326-2337 bp - 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43186950-43188398(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr03G000850 Chr03 NC_080389.1:9691256-9691267promoter 内 2325-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9688500-9689591(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G005323 Chr01 NC_080387.1:70443905-70443916promoter 内 2320-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70445586-70457056(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCCTTC
SmilChr02G003681 Chr02 NC_080388.1:58176341-58176352promoter 内 2320-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58178022-58180943(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATT
SmilChr01G000716 Chr01 NC_080387.1:16039332-16039343promoter 内 2299-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16041034-16043508(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28354237-28354248promoter 内 2249-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28350071-28352496(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr03G001473 Chr03 NC_080389.1:17670486-17670497promoter 内 2179-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17666529-17668675(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G003337 Chr01 NC_080387.1:52112427-52112438promoter 内 2141-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52114287-52114425(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGATACAGAGCT
SmilChr01G005091 Chr01 NC_080387.1:68765822-68765833promoter 内 2071-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68767752-68768843(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
SmilChr01G003856 Chr01 NC_080387.1:56843804-56843815promoter 内 2061-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56839181-56841875(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCA
SmilChr02G003515 Chr02 NC_080388.1:56336461-56336472promoter 内 1825-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56338637-56340457(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAATACAGAGCT
SmilChr02G000686 Chr02 NC_080388.1:10826715-10826726promoter 内 1728-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10828988-10829543(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTTT
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39208247-39208258promoter 内 1704-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39210544-39212004(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGATACAGAGCT
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39194638-39194649promoter 内 1701-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGATACAGAGCT
SmilChr01G001834 Chr01 NC_080387.1:33278840-33278851promoter 内 1663-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33281178-33283356(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTTT
SmilChr01G003537 Chr01 NC_080387.1:53997728-53997739promoter 内 1644-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53991101-53995382(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATA
SmilChr01G001706 Chr01 NC_080387.1:31490126-31490137promoter 内 1628-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31487645-31487764(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCA
SmilChr01G004717 Chr01 NC_080387.1:65374638-65374649promoter 内 1623-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 65377016-65378790(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAAAC
SmilChr01G006136 Chr01 NC_080387.1:76879977-76879988promoter 内 1623-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 76873730-76877610(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAGGACAGAGCA
SmilChr02G000834 Chr02 NC_080388.1:14102317-14102328promoter 内 1620-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14104698-14107272(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTTTAA
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