转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 84 / 142 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31147688-31147702promoter 内 279-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACTAGGTAGGTAGG
SmilChr04G001665 Chr04 NC_080390.1:27621073-27621087promoter 内 243-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27613201-27617329(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACAACCACCAT
SmilChr01G001438 Chr01 NC_080387.1:28053172-28053186promoter 内 194-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28049219-28049379(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATAGTTAGGTGGA
SmilChr07G001726 Chr07 NC_080393.1:14702350-14702364promoter 内 170-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14692776-14698533(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCTGGTGGT
SmilChr04G000288 Chr04 NC_080390.1:2689082-2689096promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2685038-2685111(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGAGGTAGGTAGT
SmilChr08G001769 Chr08 NC_080394.1:14896823-14896837promoter 内 2463-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 14898361-14904617(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr04G001962 Chr04 NC_080390.1:31817951-31817965promoter 内 1001-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 31810581-31814965(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr05G000921 Chr05 NC_080391.1:7313266-7313280promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 7313376-7316007(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr05G000922 Chr05 NC_080391.1:7320945-7320959promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 7321055-7323686(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr03G002061 Chr03 NC_080389.1:31400078-31400092promoter 内 3856-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31400223-31405967(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr07G001873 Chr07 NC_080393.1:16210732-16210746promoter 内 3730-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16205718-16210475(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr05G002281 Chr05 NC_080391.1:24538574-24538588promoter 内 3724-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24536172-24538311(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr07G000656 Chr07 NC_080393.1:4425259-4425273promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 4425690-4425773(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTATAGGTAGGTGAA
SmilChr07G000522 Chr07 NC_080393.1:3650822-3650836promoter 内 3529-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 3651294-3653090(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr03G003747 Chr03 NC_080389.1:56532024-56532038promoter 内 3086-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56532939-56536077(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr03G004697 Chr03 NC_080389.1:64308093-64308107promoter 内 2941-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64305673-64307047(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G004094 Chr02 NC_080388.1:63259153-63259167promoter 内 2937-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63253781-63258103(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr03G003741 Chr03 NC_080389.1:56465757-56465771promoter 内 2840-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56460675-56464610(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37231558-37231572promoter 内 2643-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 37227166-37230214(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G003983 Chr07 NC_080393.1:50822672-50822686promoter 内 2520-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 50818134-50821205(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G001054 Chr01 NC_080387.1:21883672-21883686promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 21878789-21882003(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr08G003729 Chr08 NC_080394.1:42134862-42134876promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 42124401-42133170(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr04G002836 Chr04 NC_080390.1:44512008-44512022promoter 内 2242-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 44506699-44510263(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr06G001644 Chr06 NC_080392.1:18596340-18596354promoter 内 2047-2061 bp + 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18598294-18601388(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr01G005444 Chr01 NC_080387.1:71538354-71538368promoter 内 1985-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 71530944-71536352(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr07G002037 Chr07 NC_080393.1:18476374-18476388promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18473101-18474273(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr08G001883 Chr08 NC_080394.1:16350772-16350786promoter 内 1830-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16352943-16355408(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G002465 Chr05 NC_080391.1:27166554-27166568promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 27168820-27171929(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr08G004115 Chr08 NC_080394.1:49995511-49995525promoter 内 1690-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 49997822-50005385(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr04G000007 Chr04 NC_080390.1:109319-109333promoter 内 1322-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 111998-116009(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTCTGTTAGGTGGA
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10344709-10344723promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 10332171-10341974(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTATGC
SmilChr03G003742 Chr03 NC_080389.1:56465757-56465771promoter 内 627-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56469131-56472688(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACACT
SmilChr01G005760 Chr01 NC_080387.1:73705310-73705324promoter 内 460-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73700573-73701783(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G004110 Chr07 NC_080393.1:52760076-52760090promoter 内 438-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52752497-52756527(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTATAA
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73362762-73362776promoter 内 422-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73356046-73359197(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTGGGTAGGTGCA
SmilChr07G001206 Chr07 NC_080393.1:9203364-9203378promoter 内 402-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9196812-9199779(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCCCTGA
SmilChr07G001108 Chr07 NC_080393.1:8184964-8184978promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 8179331-8181374(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G003758 Chr01 NC_080387.1:55969005-55969019promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55972631-55975320(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGTGGTAGTTAAT
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32781139-32781153promoter 内 345-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 32774926-32777497(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCA
SmilChr08G003731 Chr08 NC_080394.1:42134862-42134876promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 42138528-42142735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGAGTAGGTGTA
SmilChr01G001226 Chr01 NC_080387.1:24540564-24540578promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24534961-24536853(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr04G003910 Chr04 NC_080390.1:54836658-54836672promoter 内 252-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54840407-54844616(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr04G001165 Chr04 NC_080390.1:17370681-17370695promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17370699-17373631(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr02G002792 Chr02 NC_080388.1:47980217-47980231promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47977069-47980200(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr05G002796 Chr05 NC_080391.1:32709575-32709589promoter 内 3964-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32709612-32712450(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr05G002797 Chr05 NC_080391.1:32718954-32718968promoter 内 3964-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32718991-32721828(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr07G001308 Chr07 NC_080393.1:10077758-10077772promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10074834-10077726(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr08G002277 Chr08 NC_080394.1:21179322-21179336promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21176388-21179288(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC
SmilChr01G001254 Chr01 NC_080387.1:25175238-25175252promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25175313-25176435(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTGCAGA
SmilChr08G001956 Chr08 NC_080394.1:17220726-17220740promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17217883-17220641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCCAC