转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 94 / 126 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001242 Chr03 NC_080389.1:14313113-14313127promoter 内 3642-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14309318-14312768(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G001787 Chr06 NC_080392.1:20910955-20910969promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20911335-20912833(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAACAACACGTGTCG
SmilChr01G001152 Chr01 NC_080387.1:23475457-23475471promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23475854-23482002(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G002312 Chr06 NC_080392.1:33397829-33397843promoter 内 3587-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33398243-33401510(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000016 Chr02 NC_080388.1:124177-124191promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 124597-127887(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G004094 Chr05 NC_080391.1:54801644-54801658promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54797948-54801238(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G001669 Chr06 NC_080392.1:18954828-18954842promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18955248-18958538(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001909 Chr07 NC_080393.1:16497508-16497522promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16497928-16501382(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G003067 Chr06 NC_080392.1:43557221-43557235promoter 内 3557-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43553228-43556791(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G001480 Chr03 NC_080389.1:17852776-17852790promoter 内 3541-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17849127-17852330(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G004284 Chr05 NC_080391.1:56631403-56631417promoter 内 3541-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56627360-56630957(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G000116 Chr05 NC_080391.1:864474-864488promoter 内 3518-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 860654-864005(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4050530-4050544promoter 内 3515-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4051016-4054345(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G001764 Chr07 NC_080393.1:14948616-14948630promoter 内 3492-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14949125-14952346(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000765 Chr03 NC_080389.1:8748290-8748304promoter 内 3485-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8748806-8752097(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G004568 Chr07 NC_080393.1:58477096-58477110promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58473329-58476562(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003385 Chr05 NC_080391.1:44852423-44852437promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44852984-44856191(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G003051 Chr02 NC_080388.1:51297693-51297707promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51298274-51299990(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000468 Chr03 NC_080389.1:4993521-4993535promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4994102-4997403(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4086131-4086145promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4086732-4089943(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003503 Chr05 NC_080391.1:46705594-46705608promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46706196-46707983(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr01G003113 Chr01 NC_080387.1:49937005-49937019promoter 内 3391-3405 bp - 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49937615-49940773(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G001912 Chr05 NC_080391.1:19404791-19404805promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19400714-19404145(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G002369 Chr03 NC_080389.1:37315272-37315286promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37315970-37317665(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G000394 Chr05 NC_080391.1:2967048-2967062promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2967746-2970156(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATCTTGT
SmilChr05G001296 Chr05 NC_080391.1:11142636-11142650promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11138888-11141952(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr04G002200 Chr04 NC_080390.1:35630854-35630868promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35627112-35630169(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G003143 Chr05 NC_080391.1:40098585-40098599promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40094883-40097896(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000827 Chr03 NC_080389.1:9458989-9459003promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9459703-9460153(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036685-7036699promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr05G000514 Chr05 NC_080391.1:3959995-3960009promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3956303-3959242(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9390437-9390451promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9386835-9389669(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2453989-2454003promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr06G001276 Chr06 NC_080392.1:13360428-13360442promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13361296-13364685(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1586125-1586139promoter 内 3081-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1587045-1589941(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G000914 Chr07 NC_080393.1:6530368-6530382promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6524960-6529440(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATCATGACGTGGCT
SmilChr01G000888 Chr01 NC_080387.1:18932774-18932788promoter 内 2993-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18933782-18935224(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AACTGTCACGTGGAA
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32559822-32559836promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAAACTCC
SmilChr07G003220 Chr07 NC_080393.1:34274403-34274417promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34273049-34273181(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCTCCCACGTGGCT
SmilChr02G000252 Chr02 NC_080388.1:3249892-3249906promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3246865-3248599(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCATCCACGTGGCA
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SmilChr05G000729 Chr05 NC_080391.1:5562169-5562183promoter 内 2619-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5563551-5565055(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCAAAAAC
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SmilChr01G004167 Chr01 NC_080387.1:60183635-60183649promoter 内 2453-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60180378-60182101(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGTTCAA
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39033495-39033509promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39035100-39037243(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr07G004129 Chr07 NC_080393.1:53008495-53008509promoter 内 1894-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53010602-53013262(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGGAGCT
SmilChr08G001779 Chr08 NC_080394.1:15009232-15009246promoter 内 1888-1902 bp + 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15004612-15007133(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGTCGTC
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SmilChr05G000854 Chr05 NC_080391.1:6737557-6737571promoter 内 1830-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6739728-6749696(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCATGATT