转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 98 / 135 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005521 Chr02 NC_080388.1:75308779-75308793promoter 内 1314-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75302402-75306106(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTGTTATCCTT
SmilChr03G000785 Chr03 NC_080389.1:8947654-8947668promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 8941038-8944930(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGATGCA
SmilChr03G002011 Chr03 NC_080389.1:30050234-30050248promoter 内 1135-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 30046483-30047382(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGTCCAA
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30696504-30696518promoter 内 962-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 30689682-30693479(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTAAAA
SmilChr01G000626 Chr01 NC_080387.1:14046306-14046320promoter 内 668-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 14042541-14042987(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTAGCCTTATCACT
SmilChr02G002247 Chr02 NC_080388.1:39905511-39905525promoter 内 659-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 39908853-39912236(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAAAAT
SmilChr03G000188 Chr03 NC_080389.1:2098607-2098621promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2091044-2095249(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCCTAAA
SmilChr02G000194 Chr02 NC_080388.1:2411456-2411470promoter 内 499-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2414958-2416379(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGTTTATT
SmilChr01G005691 Chr01 NC_080387.1:73190828-73190842promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 73186048-73187309(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTATATATTATCCTT
SmilChr01G005052 Chr01 NC_080387.1:68466401-68466415promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 68469935-68470707(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATGTTATCCTT
SmilChr01G002030 Chr01 NC_080387.1:35873450-35873464promoter 内 458-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 35869139-35869921(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGAGCTTATCCAA
SmilChr02G000052 Chr02 NC_080388.1:702086-702100promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 694513-698468(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGCTCTAT
SmilChr01G002070 Chr01 NC_080387.1:36575051-36575065promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 36565220-36571342(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTAAAA
SmilChr01G003783 Chr01 NC_080387.1:56212845-56212859promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56216818-56219149(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTACTC
SmilChr01G000671 Chr01 NC_080387.1:14850693-14850707promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14850786-14865235(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTGTTATCCTT
SmilChr02G001633 Chr02 NC_080388.1:30287163-30287177promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30284726-30286991(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAAACTTATCCAA
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69945968-69945982promoter 内 3808-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69943037-69945789(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATGTCTTATCCAA
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60897763-60897777promoter 内 3674-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60898090-60902347(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATTCCTATCCTC
SmilChr01G005042 Chr01 NC_080387.1:68351050-68351064promoter 内 3632-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68343649-68350695(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGCTAAC
SmilChr03G000482 Chr03 NC_080389.1:5131672-5131686promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5127291-5131240(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTGTTATCCTT
SmilChr01G005175 Chr01 NC_080387.1:69491578-69491592promoter 内 3543-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69492036-69501572(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGGTAAT
SmilChr01G002783 Chr01 NC_080387.1:46288440-46288454promoter 内 3464-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46280234-46287917(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAGGGTTAAT
SmilChr01G006140 Chr01 NC_080387.1:76913858-76913872promoter 内 3412-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76909055-76913283(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACAAAAGT
SmilChr03G002654 Chr03 NC_080389.1:42202552-42202566promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 42190409-42201937(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAAAAT
SmilChr03G002827 Chr03 NC_080389.1:44759558-44759572promoter 内 3365-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44751241-44758936(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCTTCTTTATCCTC
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39140582-39140596promoter 内 3249-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAACCCTTATCTCT
SmilChr01G001535 Chr01 NC_080387.1:29380203-29380217promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29378010-29379431(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGAACCTTATCATG
SmilChr02G000676 Chr02 NC_080388.1:10557501-10557515promoter 内 3213-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10554034-10556727(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTACTC
SmilChr01G005484 Chr01 NC_080387.1:71799196-71799210promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71799997-71807006(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCCCCTTATCTCC
SmilChr01G000644 Chr01 NC_080387.1:14439987-14440001promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14438069-14439192(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGACATTT
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13136407-13136421promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13130690-13135602(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTTCCATATCCTC
SmilChr03G002482 Chr03 NC_080389.1:39407650-39407664promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39408489-39409055(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTGGT
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59090684-59090698promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59091554-59091625(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTTACTTTATCCTC
SmilChr02G002805 Chr02 NC_080388.1:48123291-48123305promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48124178-48125580(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCCCCTTATCCCT
SmilChr01G001787 Chr01 NC_080387.1:32745332-32745346promoter 内 3083-3097 bp - 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32743124-32744428(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTACCCTTATCTCA
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