转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 98 / 134 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001592 Chr02 NC_080388.1:29694131-29694143promoter 内 1753-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 29688601-29691895(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G000451 Chr02 NC_080388.1:5939175-5939187promoter 内 1529-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 5941647-5944590(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr01G006118 Chr01 NC_080387.1:76702155-76702167promoter 内 153-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 76706003-76715706(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTATCC
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76965585-76965597promoter 内 97-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 76960132-76961693(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTATCC
SmilChr02G001457 Chr02 NC_080388.1:27267682-27267694promoter 内 3876-3888 bp - 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 27267807-27269888(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGATAAGTCAAAT
SmilChr03G001347 Chr03 NC_080389.1:15716351-15716363promoter 内 3240-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15714463-15715602(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTGGAT
SmilChr01G000882 Chr01 NC_080387.1:18766639-18766651promoter 内 3066-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 18762721-18765716(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTCTTT
SmilChr01G001683 Chr01 NC_080387.1:31043768-31043780promoter 内 2632-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 31038720-31042411(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCCAAGTCAAAG
SmilChr02G004593 Chr02 NC_080388.1:68443375-68443387promoter 内 2421-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 68441736-68441807(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATATT
SmilChr03G000628 Chr03 NC_080389.1:6951795-6951807promoter 内 2229-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 6953567-6954401(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTAAAGTCAAGC
SmilChr02G002794 Chr02 NC_080388.1:48019364-48019376promoter 内 2084-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 48016542-48017459(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAAGAAGTCAATC
SmilChr03G000141 Chr03 NC_080389.1:1547875-1547887promoter 内 2022-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 1537730-1545908(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTATCC
SmilChr02G001580 Chr02 NC_080388.1:29522334-29522346promoter 内 1955-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 29518751-29520300(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGGGC
SmilChr02G000337 Chr02 NC_080388.1:4307808-4307820promoter 内 1894-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 4304631-4305713(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGGGC
SmilChr01G002145 Chr01 NC_080387.1:37436136-37436148promoter 内 1812-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37438325-37445361(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G000820 Chr02 NC_080388.1:13811553-13811565promoter 内 1786-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 13795514-13809350(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G000540 Chr02 NC_080388.1:7434200-7434212promoter 内 1702-1714 bp - 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 7436499-7439737(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr01G000901 Chr01 NC_080387.1:19075217-19075229promoter 内 1638-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 19069717-19072866(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr01G000457 Chr01 NC_080387.1:9339551-9339563promoter 内 1620-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 9341932-9345111(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001033 Chr02 NC_080388.1:18273643-18273655promoter 内 1549-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 18276095-18279205(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001315 Chr02 NC_080388.1:24465315-24465327promoter 内 1549-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 24459765-24462875(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001721 Chr02 NC_080388.1:31659835-31659847promoter 内 1506-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 31662330-31665400(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr01G000472 Chr01 NC_080387.1:9646078-9646090promoter 内 1480-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 9640587-9643569(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001372 Chr02 NC_080388.1:25967197-25967209promoter 内 1464-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 25961839-25964672(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22310539-22310551promoter 内 1443-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 22305039-22307993(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAGAAGTCAAGT
SmilChr02G001862 Chr02 NC_080388.1:33857283-33857295promoter 内 1431-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 33859853-33861067(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGGGC
SmilChr02G000556 Chr02 NC_080388.1:7841949-7841961promoter 内 1403-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 7833404-7839363(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGGGC
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76481474-76481486promoter 内 1321-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 76484154-76486020(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTGAC
SmilChr02G004180 Chr02 NC_080388.1:64103589-64103601promoter 内 1043-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 64095297-64100643(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTGCC
SmilChr02G001160 Chr02 NC_080388.1:21164669-21164681promoter 内 1036-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 21160679-21161716(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTCCAG
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070232-77070244promoter 内 810-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 77064432-77067053(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTATCC
SmilChr02G002984 Chr02 NC_080388.1:50438925-50438937promoter 内 767-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 50433648-50435703(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTGGGC
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53845029-53845041promoter 内 444-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 53836245-53841484(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACAACAGTCAAAG
SmilChr01G004562 Chr01 NC_080387.1:63698274-63698286promoter 内 387-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 63701888-63703925(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAAGAGTCAAAC
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55770329-55770341promoter 内 313-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 55759079-55766653(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATCAAGTCAACG
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