转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 113 / 138 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50216905-50216919promoter 内 3706-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50212510-50216624(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTACAG
SmilChr05G004060 Chr05 NC_080391.1:54549711-54549725promoter 内 3706-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54550006-54553379(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTACAG
SmilChr08G002410 Chr08 NC_080394.1:22893218-22893232promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22893515-22896970(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTACAG
SmilChr05G003256 Chr05 NC_080391.1:42075719-42075733promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42076037-42077085(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr05G003257 Chr05 NC_080391.1:42086748-42086762promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42087066-42088114(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr06G002200 Chr06 NC_080392.1:30544098-30544112promoter 内 3667-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 30542756-30543778(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr01G000969 Chr01 NC_080387.1:20529670-20529684promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20528323-20529318(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr08G004205 Chr08 NC_080394.1:51430476-51430490promoter 内 3626-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51429206-51430115(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr06G001640 Chr06 NC_080392.1:18495173-18495187promoter 内 3567-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18495607-18500657(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACTAAAACCGTTG
SmilChr08G003911 Chr08 NC_080394.1:46523559-46523573promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46522164-46523080(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr08G003912 Chr08 NC_080394.1:46534461-46534475promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46533066-46533982(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr02G000092 Chr02 NC_080388.1:1203680-1203694promoter 内 3505-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1204176-1206430(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGAGTTAG
SmilChr04G002171 Chr04 NC_080390.1:35064138-35064152promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35059452-35063637(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCTGCCTTACCGTTG
SmilChr07G000008 Chr07 NC_080393.1:30788-30802promoter 内 3479-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28082-30280(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGCGACCGTTG
SmilChr02G001692 Chr02 NC_080388.1:31211225-31211239promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31209946-31210709(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr02G001693 Chr02 NC_080388.1:31222198-31222212promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31220803-31221682(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTCAGACCGTTT
SmilChr06G001706 Chr06 NC_080392.1:19610531-19610545promoter 内 3383-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19611149-19612829(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCGGTCA
SmilChr03G001842 Chr03 NC_080389.1:25315122-25315136promoter 内 3382-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25315741-25323625(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTGAAATT
SmilChr02G002909 Chr02 NC_080388.1:49397324-49397338promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49394295-49396602(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTCAAGGC
SmilChr03G001924 Chr03 NC_080389.1:27003198-27003212promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27001881-27002473(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTAGATC
SmilChr08G004473 Chr08 NC_080394.1:54364271-54364285promoter 内 3244-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54361769-54363528(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTGCTGCTACCGTTG
SmilChr08G002375 Chr08 NC_080394.1:22544018-22544032promoter 内 3168-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22541583-22543199(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAACTAAA
SmilChr02G000636 Chr02 NC_080388.1:9618158-9618172promoter 内 3121-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9619038-9620598(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCATCTTTC
SmilChr03G000627 Chr03 NC_080389.1:6948088-6948102promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6945909-6947164(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACATGATA
SmilChr08G004474 Chr08 NC_080394.1:54364271-54364285promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54365220-54367642(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCAGCAC
SmilChr06G000574 Chr06 NC_080392.1:4896179-4896193promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4897130-4899721(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGACCGA
SmilChr07G003542 Chr07 NC_080393.1:40945787-40945801promoter 内 3035-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40946753-40948190(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATAAGTCT
SmilChr05G002416 Chr05 NC_080391.1:26692998-26693012promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26689756-26691939(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCCACGG
SmilChr07G002554 Chr07 NC_080393.1:24240104-24240118promoter 内 2917-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24241188-24242823(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTTCAA
SmilChr05G003757 Chr05 NC_080391.1:50746354-50746368promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50739821-50745132(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCACCGGTACCGTTG
SmilChr02G000347 Chr02 NC_080388.1:4513389-4513403promoter 内 2722-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4514668-4515375(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGCGACCGTTG
SmilChr03G001163 Chr03 NC_080389.1:13404710-13404724promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13406004-13406750(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACATGATA
SmilChr01G004663 Chr01 NC_080387.1:64736202-64736216promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64733668-64734850(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATATAGTT
SmilChr02G000290 Chr02 NC_080388.1:3681396-3681410promoter 内 2628-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3679397-3680037(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCGGCGACCGTTG
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681674-44681688promoter 内 2510-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44676486-44680197(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTAACCGACCGTTT
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