转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 129 / 149 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G002654 Chr05 NC_080391.1:30045664-30045673promoter 内 745-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30039136-30042417(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr04G002682 Chr04 NC_080390.1:42246044-42246053promoter 内 736-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42237902-42242788(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCGTCGGTG
SmilChr03G002898 Chr03 NC_080389.1:45708073-45708082promoter 内 733-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45700987-45704814(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTT
SmilChr05G000273 Chr05 NC_080391.1:2114640-2114649promoter 内 715-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2117926-2122041(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCGTCGGTG
SmilChr06G000283 Chr06 NC_080392.1:1946139-1946148promoter 内 715-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1949425-1949498(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr01G002960 Chr01 NC_080387.1:48486916-48486925promoter 内 705-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48490212-48491331(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45690629-45690638promoter 内 701-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45693929-45694047(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTGT
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22311336-22311345promoter 内 649-658 bp - 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22305039-22307993(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr05G002169 Chr05 NC_080391.1:23014227-23014236promoter 内 645-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23017583-23023623(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr02G002046 Chr02 NC_080388.1:36862288-36862297promoter 内 642-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36865647-36866610(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr03G004517 Chr03 NC_080389.1:63207522-63207531promoter 内 640-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63210883-63215270(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTT
SmilChr01G005070 Chr01 NC_080387.1:68588722-68588731promoter 内 639-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68583423-68585369(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10147954-10147963promoter 内 592-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70393232-70393241promoter 内 588-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTT
SmilChr02G003895 Chr02 NC_080388.1:61042651-61042660promoter 内 581-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61046071-61049536(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr03G003783 Chr03 NC_080389.1:56951603-56951612promoter 内 573-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56944762-56948184(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr04G001755 Chr04 NC_080390.1:28884695-28884704promoter 内 565-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28876530-28881268(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACGTCGGTG
SmilChr06G001163 Chr06 NC_080392.1:11810735-11810744promoter 内 549-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11814187-11815193(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr05G001698 Chr05 NC_080391.1:16190599-16190608promoter 内 540-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16194060-16196659(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCGTCGGTG
SmilChr05G001275 Chr05 NC_080391.1:10902089-10902098promoter 内 505-514 bp + 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10895001-10898602(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACGTCGGTG
SmilChr05G000700 Chr05 NC_080391.1:5283784-5283793promoter 内 488-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5275291-5280280(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr04G002047 Chr04 NC_080390.1:33204403-33204412promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33207941-33210377(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TCGGTCGGTA
SmilChr05G000072 Chr05 NC_080391.1:367065-367074promoter 内 441-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 362702-363514(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr03G003034 Chr03 NC_080389.1:47251250-47251259promoter 内 413-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47244691-47247671(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACGTCGGTG
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33549559-33549568promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33553175-33557522(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CAGGTCGGTA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71912088-71912097promoter 内 378-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr05G001366 Chr05 NC_080391.1:12133488-12133497promoter 内 368-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12137121-12139180(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr01G000483 Chr01 NC_080387.1:9894701-9894710promoter 内 354-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9898348-9899628(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr03G004694 Chr03 NC_080389.1:64300330-64300339promoter 内 347-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64295450-64296685(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr02G002068 Chr02 NC_080388.1:37222994-37223003promoter 内 333-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37226662-37228325(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr02G001665 Chr02 NC_080388.1:30923800-30923809promoter 内 286-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30916630-30920094(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCGA
SmilChr05G004062 Chr05 NC_080391.1:54569065-54569074promoter 内 282-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54572784-54573864(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACGTCGGTG
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1631811-1631820promoter 内 264-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr02G002450 Chr02 NC_080388.1:42759620-42759629promoter 内 261-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42755311-42755889(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTT
SmilChr03G002588 Chr03 NC_080389.1:41184886-41184895promoter 内 261-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41188626-41191816(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
SmilChr04G002221 Chr04 NC_080390.1:35901363-35901372promoter 内 231-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35894991-35897602(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr06G000663 Chr06 NC_080392.1:5838694-5838703promoter 内 211-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5832993-5834913(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
SmilChr02G003232 Chr02 NC_080388.1:53602539-53602548promoter 内 179-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53597857-53598726(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCGA
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35890760-35890769promoter 内 178-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35884281-35886946(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCTT
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29324355-29324364promoter 内 162-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29328194-29331231(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGTC
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SmilChr02G002412 Chr02 NC_080388.1:42092740-42092749promoter 内 63-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42088118-42088811(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGCG
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