转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 134 / 143 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000805 Chr01 NC_080387.1:17420940-17420951promoter 内 199-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17424742-17427727(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATA
SmilChr02G002785 Chr02 NC_080388.1:47922337-47922348promoter 内 134-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47926204-47929556(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TATAACTGTCAA
SmilChr07G003918 Chr07 NC_080393.1:49467399-49467410promoter 内 91-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49460715-49463500(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGACAGCTGCG
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4489282-4489293promoter 内 3786-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 4489497-4492600(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr03G004139 Chr03 NC_080389.1:60238060-60238071promoter 内 3300-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 60235348-60237370(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGCT
SmilChr07G000449 Chr07 NC_080393.1:3170521-3170532promoter 内 3169-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 3164387-3169700(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGTAGCTGTCAC
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71517464-71517475promoter 内 453-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 71509433-71513927(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr04G003463 Chr04 NC_080390.1:51107097-51107108promoter 内 254-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 51110844-51121902(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517464-71517475promoter 内 35-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 71521430-71523973(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGTCT
SmilChr07G002392 Chr07 NC_080393.1:22298058-22298069promoter 内 3972-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22298087-22301851(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGACCAGCTGTT
SmilChr07G004336 Chr07 NC_080393.1:55917974-55917985promoter 内 3971-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55915666-55917955(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr07G004352 Chr07 NC_080393.1:56067967-56067978promoter 内 3971-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56067997-56070217(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr05G001243 Chr05 NC_080391.1:10550845-10550856promoter 内 3910-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10550936-10553861(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCCA
SmilChr01G001240 Chr01 NC_080387.1:24798586-24798597promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24798692-24798797(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr02G003382 Chr02 NC_080388.1:54934287-54934298promoter 内 3895-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54934086-54934192(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr03G001883 Chr03 NC_080389.1:26219455-26219466promoter 内 3895-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26219255-26219360(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr03G002034 Chr03 NC_080389.1:30599207-30599218promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30599313-30599418(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr04G000791 Chr04 NC_080390.1:9773143-9773154promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9773249-9773354(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr05G001333 Chr05 NC_080391.1:11627992-11628003promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11628098-11628203(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr06G002160 Chr06 NC_080392.1:29626166-29626177promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29626272-29626377(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr06G002355 Chr06 NC_080392.1:34286968-34286979promoter 内 3895-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34286768-34286873(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr08G003279 Chr08 NC_080394.1:33913168-33913179promoter 内 3895-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33912968-33913073(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr04G001664 Chr04 NC_080390.1:27601386-27601397promoter 内 3855-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27600546-27601251(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr01G001085 Chr01 NC_080387.1:22290075-22290086promoter 内 3739-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22287740-22289824(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGTCT
SmilChr06G001595 Chr06 NC_080392.1:17653152-17653163promoter 内 3670-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17650383-17652832(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCCAGCTGTTTC
SmilChr01G001469 Chr01 NC_080387.1:28477490-28477501promoter 内 3561-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28471739-28477061(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCTAACTGTCAA
SmilChr01G000788 Chr01 NC_080387.1:17144093-17144104promoter 内 3482-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17141217-17143585(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46911720-46911731promoter 内 3428-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGGG
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42689938-42689949promoter 内 3382-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCTAACTGTCAA
SmilChr04G003535 Chr04 NC_080390.1:51717737-51717748promoter 内 3373-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51714983-51717120(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr05G003287 Chr05 NC_080391.1:42974650-42974661promoter 内 3368-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42975283-42977055(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr03G001663 Chr03 NC_080389.1:21566503-21566514promoter 内 3334-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21564855-21565847(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32108380-32108391promoter 内 3297-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32109084-32110010(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr07G001165 Chr07 NC_080393.1:8724831-8724842promoter 内 3288-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8719011-8724129(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr07G004379 Chr07 NC_080393.1:56336457-56336468promoter 内 3217-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56337241-56338762(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCAACAGCTGTG
SmilChr07G003645 Chr07 NC_080393.1:43224360-43224371promoter 内 3032-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43225329-43226439(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTC
SmilChr01G003673 Chr01 NC_080387.1:55169191-55169202promoter 内 2993-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55170199-55171722(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTACAGCTGCC
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50312425-50312436promoter 内 2725-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGGG
SmilChr08G000453 Chr08 NC_080394.1:3223402-3223413promoter 内 2717-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3216236-3222129(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAC
SmilChr08G000833 Chr08 NC_080394.1:6166746-6166757promoter 内 2638-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6168109-6171817(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr08G001946 Chr08 NC_080394.1:17122015-17122026promoter 内 2479-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17123537-17129853(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGCAGCTGTAAC
SmilChr07G001221 Chr07 NC_080393.1:9348259-9348270promoter 内 2404-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9349856-9352848(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGC
SmilChr01G001447 Chr01 NC_080387.1:28178373-28178384promoter 内 2365-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28172135-28176748(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr03G003021 Chr03 NC_080389.1:47110587-47110598promoter 内 2284-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47112304-47113024(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAA
SmilChr01G001470 Chr01 NC_080387.1:28477490-28477501promoter 内 2256-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28479235-28480794(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGG
SmilChr05G002037 Chr05 NC_080391.1:21197810-21197821promoter 内 2224-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21199587-21199659(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGCA
SmilChr08G002430 Chr08 NC_080394.1:23109109-23109120promoter 内 2197-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23110913-23120419(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr07G000033 Chr07 NC_080393.1:154099-154110promoter 内 2147-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 150049-152256(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTC
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34127277-34127288promoter 内 1992-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34129286-34130890(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT
SmilChr04G001338 Chr04 NC_080390.1:21598674-21598685promoter 内 1960-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21600715-21605879(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCTT