转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 136 / 139 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000810 Chr06 NC_080392.1:7596277-7596290promoter 内 1356-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7598922-7610826(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCT
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57918377-57918390promoter 内 1353-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57921025-57976435(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGAGCCGTCCAC
SmilChr05G000818 Chr05 NC_080391.1:6419101-6419114promoter 内 1220-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6408083-6416333(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGAGGCGGTGGAGG
SmilChr06G000474 Chr06 NC_080392.1:3861568-3861581promoter 内 1202-1215 bp - 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3854849-3858782(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CACGACGGTGGCGA
SmilChr02G002637 Chr02 NC_080388.1:45760702-45760715promoter 内 1120-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45763583-45764729(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGACTTT
SmilChr03G004581 Chr03 NC_080389.1:63673922-63673935promoter 内 1060-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63676863-63680716(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCTCTCCGTCCAG
SmilChr01G005362 Chr01 NC_080387.1:70864200-70864213promoter 内 1057-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70858342-70861269(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGACGGTTGAAG
SmilChr03G001924 Chr03 NC_080389.1:27005419-27005432promoter 内 1042-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27001881-27002473(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AATGACGGTGATGA
SmilChr04G003049 Chr04 NC_080390.1:47035734-47035747promoter 内 908-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47038827-47043832(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGACGGTGGTGC
SmilChr01G003931 Chr01 NC_080387.1:57600745-57600758promoter 内 886-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57594909-57597643(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATACCTCCGTCCAT
SmilChr05G002953 Chr05 NC_080391.1:35685007-35685020promoter 内 849-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35680942-35681868(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGCACCGTCCTG
SmilChr06G001166 Chr06 NC_080392.1:11882667-11882680promoter 内 815-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11885853-11890169(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGACTTT
SmilChr05G001145 Chr05 NC_080391.1:9583083-9583096promoter 内 801-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9586283-9593541(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACATCACCGTCTAC
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38943792-38943805promoter 内 799-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38946994-38947416(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGGACGGTGCCAC
SmilChr04G003166 Chr04 NC_080390.1:48275495-48275508promoter 内 775-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48267411-48272282(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGACGGTGGTGC
SmilChr01G001060 Chr01 NC_080387.1:21914151-21914164promoter 内 769-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21917383-21919024(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGAGGCGGTGGAGG
SmilChr05G003328 Chr05 NC_080391.1:43638250-43638263promoter 内 725-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43633233-43634987(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGCCACCGTCAGC
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72383538-72383551promoter 内 556-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72377029-72380106(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G000880 Chr01 NC_080387.1:18696783-18696796promoter 内 544-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18700240-18701786(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGCCACCGTCATA
SmilChr05G000293 Chr05 NC_080391.1:2231628-2231641promoter 内 539-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2235090-2237980(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTACACCGTCAAA
SmilChr04G002039 Chr04 NC_080390.1:33111323-33111336promoter 内 524-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33105602-33107859(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATCCACCGCCACC
SmilChr01G003027 Chr01 NC_080387.1:49315779-49315792promoter 内 492-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49319288-49320826(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTGCACCGTCATC
SmilChr06G001098 Chr06 NC_080392.1:10992999-10993012promoter 内 443-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10988677-10989454(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGCACCGTCCTG
SmilChr04G003951 Chr04 NC_080390.1:55080842-55080855promoter 内 404-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55075070-55077258(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGACGGTGGTGC
SmilChr05G002913 Chr05 NC_080391.1:35082302-35082315promoter 内 275-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35086028-35088092(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCT
SmilChr02G002081 Chr02 NC_080388.1:37386154-37386167promoter 内 221-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37389934-37392438(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGATG
SmilChr06G003052 Chr06 NC_080392.1:43416123-43416136promoter 内 188-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43410461-43412323(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCGCG
SmilChr03G004744 Chr03 NC_080389.1:64547854-64547867promoter 内 184-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64551671-64552520(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGAGGCGGTGGAGG
SmilChr04G000456 Chr04 NC_080390.1:4834238-4834251promoter 内 148-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4824923-4830398(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCATA
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30350603-30350616promoter 内 129-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30341174-30346744(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTGACGGTGGCAA
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62791513-62791526promoter 内 105-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATCGACGGTGGAAA
SmilChr04G003420 Chr04 NC_080390.1:50792339-50792352promoter 内 65-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50796275-50800491(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGACTTT
SmilChr02G002968 Chr02 NC_080388.1:50205437-50205450promoter 内 51-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50199317-50201500(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGCTCCGTCCAC
SmilChr06G002511 Chr06 NC_080392.1:36006931-36006944promoter 内 44-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35998837-36002987(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCT
SmilChr03G003521 Chr03 NC_080389.1:53807214-53807227promoter 内 5-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53811210-53814400(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTCCACCGCCAAT
SmilChr02G003317 Chr02 NC_080388.1:54447164-54447177promoter 内 3534-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 54442745-54446710(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCACAGA
SmilChr03G004634 Chr03 NC_080389.1:63969283-63969296promoter 内 3978-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63967629-63969273(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGCCACCGTCTAT
SmilChr03G001830 Chr03 NC_080389.1:25069211-25069224promoter 内 3915-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25064286-25069138(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTTCTCCGTCCAC
SmilChr03G002086 Chr03 NC_080389.1:32138318-32138331promoter 内 3908-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32138411-32140303(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAACCTCCGTCCAT
SmilChr06G001040 Chr06 NC_080392.1:10297550-10297563promoter 内 3840-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10297711-10300817(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTCGACGGTGGTCG
SmilChr01G004766 Chr01 NC_080387.1:65853877-65853890promoter 内 3805-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65849300-65853694(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGCCACCGTCTAT
SmilChr02G002028 Chr02 NC_080388.1:36517078-36517091promoter 内 3623-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36517456-36518394(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGGCACG
SmilChr02G002336 Chr02 NC_080388.1:41063548-41063561promoter 内 3548-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41064001-41065238(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTCTCTCCGTCCAC
SmilChr06G001111 Chr06 NC_080392.1:11220270-11220283promoter 内 3521-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11220750-11221893(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAA
SmilChr01G002601 Chr01 NC_080387.1:44195633-44195646promoter 内 3484-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44194342-44195129(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAAGCCGGTGGAGG
SmilChr02G002335 Chr02 NC_080388.1:41063548-41063561promoter 内 3477-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41061442-41063037(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGAGAA
SmilChr06G000898 Chr06 NC_080392.1:8482435-8482448promoter 内 3464-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8482972-8488027(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGCCGA
SmilChr05G003839 Chr05 NC_080391.1:51840653-51840666promoter 内 3455-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51841199-51845766(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAACCACCGTCAAA
SmilChr01G002724 Chr01 NC_080387.1:45583464-45583477promoter 内 3425-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45581067-45582901(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTCCACCGACGAC
SmilChr06G001127 Chr06 NC_080392.1:11331690-11331703promoter 内 3368-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11332323-11334211(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCTCCGTCCAA