转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 19 / 123 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64781274-64781288promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64783147-64783219(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAAAATG
SmilChr01G001793 Chr01 NC_080387.1:32786867-32786881promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32788789-32792051(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCTTCG
SmilChr07G001781 Chr07 NC_080393.1:15127826-15127840promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15092622-15125913(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGTCGGTGAG
SmilChr08G004527 Chr08 NC_080394.1:54817498-54817512promoter 内 2063-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54819436-54821809(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGTTGTCGGTGCT
SmilChr05G003030 Chr05 NC_080391.1:37914063-37914077promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37916026-37918649(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGTTGTCGGTGAA
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76051320-76051334promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGGATGTCGGTGGA
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67178057-67178071promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 67180111-67184533(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCTTTGTCGGTGGA
SmilChr08G004614 Chr08 NC_080394.1:55693949-55693963promoter 内 1869-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55689100-55691831(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCTGCG
SmilChr05G001856 Chr05 NC_080391.1:18580708-18580722promoter 内 1860-1874 bp + 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18582849-18584213(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGTGTGTCGGTGCC
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22545508-22545522promoter 内 1739-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22542391-22543260(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGCCGCC
SmilChr08G004412 Chr08 NC_080394.1:53809672-53809686promoter 内 1705-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53801091-53807390(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCTGCG
SmilChr05G003970 Chr05 NC_080391.1:53468030-53468044promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53462133-53465688(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCTGCG
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76051320-76051334promoter 内 1315-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGGATGTCGGTGGA
SmilChr05G000614 Chr05 NC_080391.1:4610948-4610962promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4613686-4616997(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCTCTGTCGGTGAC
SmilChr08G003272 Chr08 NC_080394.1:33780968-33780982promoter 内 1054-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 33783915-33785724(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCGTC
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76051320-76051334promoter 内 1012-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATCCAC
SmilChr03G001044 Chr03 NC_080389.1:12158095-12158109promoter 内 682-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12161414-12166396(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATCCGTCGGTGGC
SmilChr05G001207 Chr05 NC_080391.1:10147446-10147460promoter 内 518-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10150929-10152754(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTTATGTCGGTGGA
SmilChr06G002812 Chr06 NC_080392.1:40824709-40824723promoter 内 488-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40819244-40821210(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGTGTGTCGGTGAA
SmilChr04G003754 Chr04 NC_080390.1:53816516-53816530promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53810593-53812917(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATATTTGTCGGTGGT
SmilChr08G001860 Chr08 NC_080394.1:15969577-15969591promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15973451-15976484(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCAAAC
SmilChr06G002525 Chr06 NC_080392.1:36236713-36236727promoter 内 106-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 36240608-36242132(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCTTCG
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74970339-74970353promoter 内 2222-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 7 74972118-74974885(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGAAATC
SmilChr07G000795 Chr07 NC_080393.1:5619368-5619382promoter 内 2130-2144 bp - 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 5616209-5617511(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGGCGTCGGTGAC
SmilChr03G000836 Chr03 NC_080389.1:9577778-9577792promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 9578562-9582344(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGTGTCGGTGTC
SmilChr05G003248 Chr05 NC_080391.1:41850142-41850156promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 41850946-41854642(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACACAGGG
SmilChr02G005280 Chr02 NC_080388.1:73844764-73844778promoter 内 2946-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 73845819-73847714(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTGGTGTCGGTGAA
SmilChr08G003605 Chr08 NC_080394.1:39125185-39125199promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 39120458-39124058(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCATCGTCGGTGGC
SmilChr05G002764 Chr05 NC_080391.1:32028148-32028162promoter 内 2394-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 32029755-32033678(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAAATTT
SmilChr02G004550 Chr02 NC_080388.1:68038428-68038442promoter 内 671-685 bp - 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68034096-68035112(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCTCTGTCGGTGGA
SmilChr03G003272 Chr03 NC_080389.1:50685554-50685568promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 50681887-50685409(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAACTCC
SmilChr04G000797 Chr04 NC_080390.1:9849946-9849960promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9846531-9849682(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGATGAC
SmilChr08G002249 Chr08 NC_080394.1:20716283-20716297promoter 内 3374-3388 bp + 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 20716910-20721967(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGTTGGCGGTGGT
SmilChr07G003441 Chr07 NC_080393.1:38150143-38150157promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38142847-38149325(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGTCGTCGGTGGC
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63812522-63812536promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63806068-63811698(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAAATTT
SmilChr03G000213 Chr03 NC_080389.1:2476863-2476877promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2477975-2485676(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGTCGTCGGTGGC
SmilChr01G003005 Chr01 NC_080387.1:49052874-49052888promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 49054033-49059620(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGTCGTCGGTGGC
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SmilChr07G003414 Chr07 NC_080393.1:37205689-37205703promoter 内 2348-2362 bp - 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37207342-37210785(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAGGTGC
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SmilChr08G000780 Chr08 NC_080394.1:5740785-5740799promoter 内 1493-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5743293-5745794(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGCTGTCGGTGGT
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SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54466842-54466856promoter 内 1080-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54458988-54463935(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGTTGGCGGTGGT
SmilChr08G002026 Chr08 NC_080394.1:18072356-18072370promoter 内 818-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 18075539-18079658(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATTTTGTCGGTGAT