转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 28 / 149 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001406 Chr05 NC_080391.1:12631975-12631982promoter 内 3479-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 12632497-12639177(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001108 Chr03 NC_080389.1:12759874-12759881promoter 内 3477-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 12760398-12762335(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000936 Chr04 NC_080390.1:12238411-12238418promoter 内 3477-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 12238935-12240247(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr05G000400 Chr05 NC_080391.1:3008381-3008388promoter 内 3474-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 3008908-3013875(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001408 Chr01 NC_080387.1:27676844-27676851promoter 内 3461-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 27673850-27676311(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003199 Chr03 NC_080389.1:49534334-49534341promoter 内 3452-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 49534883-49535998(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G004544 Chr02 NC_080388.1:68002452-68002459promoter 内 3428-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 67993430-68001886(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001294 Chr01 NC_080387.1:25766294-25766301promoter 内 3425-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 25766870-25771005(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G002815 Chr04 NC_080390.1:44162907-44162914promoter 内 3419-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 44163489-44164437(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G003690 Chr04 NC_080390.1:53298380-53298387promoter 内 3416-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 53294673-53297802(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G002535 Chr02 NC_080388.1:44075115-44075122promoter 内 3413-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 44073279-44074534(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001320 Chr02 NC_080388.1:24544188-24544195promoter 内 3405-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 24544784-24546737(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7299432-7299439promoter 内 3402-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001613 Chr03 NC_080389.1:20524418-20524425promoter 内 3402-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 20525017-20526193(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001930 Chr01 NC_080387.1:34473026-34473033promoter 内 3400-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 34471363-34472432(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G003767 Chr04 NC_080390.1:53897969-53897976promoter 内 3394-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 53898576-53900830(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G000508 Chr02 NC_080388.1:6997127-6997134promoter 内 3390-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 6995906-6996523(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G000716 Chr04 NC_080390.1:8399127-8399134promoter 内 3380-3387 bp - 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 8399748-8401451(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G004183 Chr02 NC_080388.1:64151414-64151421promoter 内 3377-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 64148736-64150797(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001718 Chr02 NC_080388.1:31631734-31631741promoter 内 3373-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 31632362-31638322(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002822 Chr01 NC_080387.1:46764838-46764845promoter 内 3368-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 46765471-46765940(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G004386 Chr03 NC_080389.1:62066579-62066586promoter 内 3366-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 62067214-62071808(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003892 Chr02 NC_080388.1:61015154-61015161promoter 内 3365-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 61015790-61018966(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58605378-58605385promoter 内 3365-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G003438 Chr04 NC_080390.1:50921290-50921297promoter 内 3357-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 50921934-50925611(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003466 Chr03 NC_080389.1:53123025-53123032promoter 内 3355-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 53119620-53122386(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001750 Chr03 NC_080389.1:23740147-23740154promoter 内 3353-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 23736896-23739506(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001958 Chr03 NC_080389.1:27993875-27993882promoter 内 3353-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 27992014-27993234(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000424 Chr04 NC_080390.1:4500939-4500946promoter 内 3339-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 4496291-4500284(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002402 Chr03 NC_080389.1:38092951-38092958promoter 内 3328-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 38093624-38098454(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002403 Chr03 NC_080389.1:38098695-38098702promoter 内 3328-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 38099368-38104078(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35221163-35221170promoter 内 3316-3323 bp - 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 35221848-35224928(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3637452-3637459promoter 内 3316-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 3635326-3636774(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001943 Chr03 NC_080389.1:27689049-27689056promoter 内 3316-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 27682189-27688371(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G000815 Chr01 NC_080387.1:17599821-17599828promoter 内 3315-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 17598615-17599142(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G005786 Chr01 NC_080387.1:73945634-73945641promoter 内 3315-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 73946320-73951969(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
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