靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 28 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G001406 |
Chr05 | NC_080391.1:12631975-12631982promoter 内 3479-3486 bp |
- | 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 12632497-12639177(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G001108 |
Chr03 | NC_080389.1:12759874-12759881promoter 内 3477-3484 bp |
- | 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 12760398-12762335(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G000936 |
Chr04 | NC_080390.1:12238411-12238418promoter 内 3477-3484 bp |
+ | 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 12238935-12240247(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr05G000400 |
Chr05 | NC_080391.1:3008381-3008388promoter 内 3474-3481 bp |
+ | 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 3008908-3013875(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G001408 |
Chr01 | NC_080387.1:27676844-27676851promoter 内 3461-3468 bp |
- | 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 27673850-27676311(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G003199 |
Chr03 | NC_080389.1:49534334-49534341promoter 内 3452-3459 bp |
+ | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 49534883-49535998(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G004544 |
Chr02 | NC_080388.1:68002452-68002459promoter 内 3428-3435 bp |
+ | 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 67993430-68001886(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G001294 |
Chr01 | NC_080387.1:25766294-25766301promoter 内 3425-3432 bp |
- | 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 25766870-25771005(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G002815 |
Chr04 | NC_080390.1:44162907-44162914promoter 内 3419-3426 bp |
+ | 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 44163489-44164437(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G003690 |
Chr04 | NC_080390.1:53298380-53298387promoter 内 3416-3423 bp |
- | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 53294673-53297802(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G002535 |
Chr02 | NC_080388.1:44075115-44075122promoter 内 3413-3420 bp |
+ | 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 44073279-44074534(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G001320 |
Chr02 | NC_080388.1:24544188-24544195promoter 内 3405-3412 bp |
+ | 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 24544784-24546737(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G000350 |
Chr01 | NC_080387.1:7299432-7299439promoter 内 3402-3409 bp |
- | 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 7300031-7302750(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G001613 |
Chr03 | NC_080389.1:20524418-20524425promoter 内 3402-3409 bp |
- | 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 20525017-20526193(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G001930 |
Chr01 | NC_080387.1:34473026-34473033promoter 内 3400-3407 bp |
+ | 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 34471363-34472432(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G003767 |
Chr04 | NC_080390.1:53897969-53897976promoter 内 3394-3401 bp |
+ | 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 53898576-53900830(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G000508 |
Chr02 | NC_080388.1:6997127-6997134promoter 内 3390-3397 bp |
- | 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 6995906-6996523(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G000716 |
Chr04 | NC_080390.1:8399127-8399134promoter 内 3380-3387 bp |
- | 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 8399748-8401451(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G004183 |
Chr02 | NC_080388.1:64151414-64151421promoter 内 3377-3384 bp |
- | 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 64148736-64150797(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G001718 |
Chr02 | NC_080388.1:31631734-31631741promoter 内 3373-3380 bp |
+ | 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 31632362-31638322(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G002822 |
Chr01 | NC_080387.1:46764838-46764845promoter 内 3368-3375 bp |
+ | 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 46765471-46765940(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G004386 |
Chr03 | NC_080389.1:62066579-62066586promoter 内 3366-3373 bp |
- | 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 62067214-62071808(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G003892 |
Chr02 | NC_080388.1:61015154-61015161promoter 内 3365-3372 bp |
+ | 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 61015790-61018966(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G003956 |
Chr03 | NC_080389.1:58605378-58605385promoter 内 3365-3372 bp |
+ | 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 58598636-58604749(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G003438 |
Chr04 | NC_080390.1:50921290-50921297promoter 内 3357-3364 bp |
- | 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 50921934-50925611(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G003466 |
Chr03 | NC_080389.1:53123025-53123032promoter 内 3355-3362 bp |
- | 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 53119620-53122386(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G001750 |
Chr03 | NC_080389.1:23740147-23740154promoter 内 3353-3360 bp |
+ | 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 23736896-23739506(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G001958 |
Chr03 | NC_080389.1:27993875-27993882promoter 内 3353-3360 bp |
+ | 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 27992014-27993234(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G000424 |
Chr04 | NC_080390.1:4500939-4500946promoter 内 3339-3346 bp |
- | 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 4496291-4500284(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G002402 |
Chr03 | NC_080389.1:38092951-38092958promoter 内 3328-3335 bp |
- | 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 38093624-38098454(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G002403 |
Chr03 | NC_080389.1:38098695-38098702promoter 内 3328-3335 bp |
- | 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 38099368-38104078(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G001984 |
Chr01 | NC_080387.1:35221163-35221170promoter 内 3316-3323 bp |
- | 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 35221848-35224928(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G000284 |
Chr02 | NC_080388.1:3637452-3637459promoter 内 3316-3323 bp |
+ | 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 3635326-3636774(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:27689049-27689056promoter 内 3316-3323 bp |
+ | 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 27682189-27688371(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr01G000815 |
Chr01 | NC_080387.1:17599821-17599828promoter 内 3315-3322 bp |
- | 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 17598615-17599142(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G005786 |
Chr01 | NC_080387.1:73945634-73945641promoter 内 3315-3322 bp |
- | 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 73946320-73951969(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr02G001009 |
Chr02 | NC_080388.1:17843390-17843397promoter 内 3310-3317 bp |
+ | 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 17841831-17842706(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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SmilChr04G001059 |
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+ | 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 15157081-15157611(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 6293026-6293592(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G000321 |
Chr01 | NC_080387.1:6297416-6297423promoter 内 3307-3314 bp |
- | 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 6298110-6298676(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 7953867-7954616(-) |
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+ | 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 56962970-56964876(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 21476350-21477208(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 43186950-43188398(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 9688500-9689591(-) |
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Chr04 | NC_080390.1:34076162-34076169promoter 内 3293-3300 bp |
+ | 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 34074013-34075461(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 8805790-8806808(-) |
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MP00071 |
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+ | 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 10752536-10754032(+) |
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- | 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 41307473-41308564(+) |
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SmilChr04G003244 |
Chr04 | NC_080390.1:49221814-49221821promoter 内 3285-3292 bp |
- | 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 1 | 49215126-49221105(-) |
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MP00071 |
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