转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 28 / 121 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000536 Chr03 NC_080389.1:5777859-5777873promoter 内 1775-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5780085-5827863(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTTTTT
SmilChr04G003331 Chr04 NC_080390.1:50018156-50018170promoter 内 1486-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50020671-50023305(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGCTAGATCTGAA
SmilChr01G005947 Chr01 NC_080387.1:75197741-75197755promoter 内 1311-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75200431-75203186(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGCTCT
SmilChr03G001253 Chr03 NC_080389.1:14459704-14459718promoter 内 1233-1247 bp - 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14450949-14456950(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGCTGGATCTGAC
SmilChr01G000536 Chr01 NC_080387.1:10996277-10996291promoter 内 1022-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10993207-10993312(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGACTT
SmilChr05G000709 Chr05 NC_080391.1:5352836-5352850promoter 内 937-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5348171-5349786(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACGGATCTGAA
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75086127-75086141promoter 内 931-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75089197-75093357(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGCTCT
SmilChr03G004233 Chr03 NC_080389.1:60861424-60861438promoter 内 861-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60855138-60858298(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTAAG
SmilChr05G001365 Chr05 NC_080391.1:12135417-12135431promoter 内 735-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12131198-12132165(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGTTAGATCTGAA
SmilChr03G001607 Chr03 NC_080389.1:20431593-20431607promoter 内 431-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20435163-20436275(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCAATTT
SmilChr04G001534 Chr04 NC_080390.1:25257076-25257090promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25260670-25262782(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGTTTC
SmilChr02G002972 Chr02 NC_080388.1:50261620-50261634promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50265306-50267624(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACGGATCTGAA
SmilChr01G005930 Chr01 NC_080387.1:75086127-75086141promoter 内 206-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75081009-75082346(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGCTAGATCTCAT
SmilChr02G004065 Chr02 NC_080388.1:62946230-62946244promoter 内 1299-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 8 62942366-62943542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCGGGATCTGAA
SmilChr01G004131 Chr01 NC_080387.1:59825166-59825180promoter 内 1786-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 7 59822460-59822965(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTGTC
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31486811-31486825promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 5 31481695-31483396(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAATCAGATCTGAT
SmilChr04G002544 Chr04 NC_080390.1:40742324-40742338promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 40741741-40741813(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAGAAGC
SmilChr04G002543 Chr04 NC_080390.1:40742324-40742338promoter 内 3237-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 40739975-40741574(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAGAAGC
SmilChr01G001059 Chr01 NC_080387.1:21914020-21914034promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 21911660-21912636(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGAAATC
SmilChr01G001060 Chr01 NC_080387.1:21914020-21914034promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 21917383-21919024(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTCAGATCTGTG
SmilChr03G002919 Chr03 NC_080389.1:45949918-45949932promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 45940882-45946556(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGCCGGATCTGAG
SmilChr01G001816 Chr01 NC_080387.1:33094967-33094981promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 33095531-33099603(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAATTCC
SmilChr04G000796 Chr04 NC_080390.1:9836406-9836420promoter 内 3327-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 9833809-9835746(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCACTGGATCTGAA
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69096773-69096787promoter 内 2968-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 69091695-69095754(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G002337 Chr04 NC_080390.1:37703653-37703667promoter 内 2718-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 37704936-37707034(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAGCAGATCTGAT
SmilChr01G001814 Chr01 NC_080387.1:33094967-33094981promoter 内 2210-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 33092414-33093190(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAATTAGATCTAAA
SmilChr01G005161 Chr01 NC_080387.1:69387037-69387051promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 69381428-69385220(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATACTCAGATCTGGG
SmilChr01G003294 Chr01 NC_080387.1:51633129-51633143promoter 内 1554-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 51635576-51642970(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGACCCG
SmilChr01G006188 Chr01 NC_080387.1:77417823-77417837promoter 内 1086-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 77420738-77421968(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGGAGATCTGGG
SmilChr02G005349 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 3175-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74294530-74296103(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr02G000672 Chr02 NC_080388.1:10362320-10362334promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 10363358-10368799(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGATCGGATCTGAG
SmilChr02G005355 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74295801-74295888(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr05G000247 Chr05 NC_080391.1:1892414-1892428promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1893590-1982735(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGTTTT
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 2803-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74295644-74295731(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr05G000796 Chr05 NC_080391.1:6233942-6233956promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 6232570-6232648(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGCAGATCTGGT
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 2665-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74295498-74295593(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 2526-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74295357-74295454(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr03G002258 Chr03 NC_080389.1:35559286-35559300promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 35560831-35561946(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGCGAT
SmilChr02G001606 Chr02 NC_080388.1:29906415-29906429promoter 内 2384-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 29904162-29904812(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGGAAAT
SmilChr01G003984 Chr01 NC_080387.1:58288087-58288101promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58283943-58286482(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAATCG
SmilChr02G005351 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 2349-2363 bp + 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74295157-74295277(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr04G003516 Chr04 NC_080390.1:51542968-51542982promoter 内 2280-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 51539609-51541261(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTAGATCTCAT
SmilChr04G000709 Chr04 NC_080390.1:8269085-8269099promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 8270904-8278229(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTTCCAGATCTGAA
SmilChr03G001484 Chr03 NC_080389.1:17906811-17906825promoter 内 2147-2161 bp + 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17891288-17904971(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGATCTG
SmilChr02G005350 Chr02 NC_080388.1:74296915-74296929promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74294780-74294915(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATAT
SmilChr04G001883 Chr04 NC_080390.1:30780115-30780129promoter 内 1805-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30782311-30793000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGAATT
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SmilChr01G000332 Chr01 NC_080387.1:6768844-6768858promoter 内 1616-1630 bp + 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 6771229-6774681(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTGCAGATCTGGG
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4848301-4848315promoter 内 1590-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4850712-4851596(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAGAAGC
SmilChr04G002384 Chr04 NC_080390.1:38381921-38381935promoter 内 1584-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 38377682-38379518(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGAAAC