转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 39 / 134 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004365 Chr03 NC_080389.1:61869498-61869512promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61869668-61873317(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGGGCCGACATCT
SmilChr03G004359 Chr03 NC_080389.1:61834006-61834020promoter 内 3827-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61834180-61837884(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGGGCCGACATCT
SmilChr03G001828 Chr03 NC_080389.1:25029605-25029619promoter 内 3772-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25027158-25029390(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTTACCGACATAA
SmilChr02G001973 Chr02 NC_080388.1:35710751-35710765promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35711059-35711140(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCACAAG
SmilChr05G002632 Chr05 NC_080391.1:29673495-29673509promoter 内 3513-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29673983-29675387(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTAGCCGACATTA
SmilChr05G003085 Chr05 NC_080391.1:39029597-39029611promoter 内 3513-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 39030085-39031489(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTAGCCGACATTA
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51771910-51771924promoter 内 3471-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51769788-51771394(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTCGCCG
SmilChr06G001573 Chr06 NC_080392.1:17182826-17182840promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17176565-17182143(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCGAGTG
SmilChr08G003879 Chr08 NC_080394.1:45985793-45985807promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45986506-45989944(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGCTGCCGACGTGG
SmilChr05G000053 Chr05 NC_080391.1:251466-251480promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 252192-253007(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGCCGCCGACAACA
SmilChr04G002544 Chr04 NC_080390.1:40742527-40742541promoter 内 3273-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40741741-40741813(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATTGCCGACATCT
SmilChr08G002850 Chr08 NC_080394.1:28344976-28344990promoter 内 3191-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28342571-28344180(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTGTCGGCGGCGG
SmilChr08G002929 Chr08 NC_080394.1:29338011-29338025promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29338830-29340604(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATCGCCGACAACC
SmilChr07G001983 Chr07 NC_080393.1:17459964-17459978promoter 内 3173-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17460792-17461774(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTGATAC
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51771910-51771924promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51770533-51771081(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTCGCCG
SmilChr08G002680 Chr08 NC_080394.1:26354235-26354249promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26346163-26353377(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACGTCGGCATCGG
SmilChr06G000353 Chr06 NC_080392.1:2680025-2680039promoter 内 3072-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2676633-2679110(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACAGCCGACATGA
SmilChr04G002543 Chr04 NC_080390.1:40742527-40742541promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40739975-40741574(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATTGCCGACATCT
SmilChr05G002224 Chr05 NC_080391.1:23769160-23769174promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23770174-23770802(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCACTGT
SmilChr08G002059 Chr08 NC_080394.1:18460253-18460267promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18454572-18459127(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTCCACCGACATTA
SmilChr02G000184 Chr02 NC_080388.1:2324638-2324652promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2325797-2336714(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTC
SmilChr07G002332 Chr07 NC_080393.1:21624910-21624924promoter 内 2839-2853 bp + 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21626072-21627482(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTC
SmilChr02G001297 Chr02 NC_080388.1:23981715-23981729promoter 内 2737-2751 bp - 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23982979-23983085(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCTTGAG
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34492953-34492967promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGTGTCGGCGAGGG
SmilChr08G000786 Chr08 NC_080394.1:5797341-5797355promoter 内 2711-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5798631-5800246(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTTGCCGACATTT
SmilChr02G005073 Chr02 NC_080388.1:72385306-72385320promoter 内 2684-2698 bp - 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 72382260-72384003(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATTGCCGACATAA
SmilChr04G003816 Chr04 NC_080390.1:54318062-54318076promoter 内 2510-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54319553-54320253(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATTACCGACATGT
SmilChr06G000600 Chr06 NC_080392.1:5178079-5178093promoter 内 2500-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5179580-5180877(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTGTCGGCGGCGG
SmilChr05G002291 Chr05 NC_080391.1:24751810-24751824promoter 内 2454-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24753357-24754151(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTTACCGACATGA
SmilChr08G003933 Chr08 NC_080394.1:46980537-46980551promoter 内 2429-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46982109-46983300(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTGTCGGCGGCGG
SmilChr05G001596 Chr05 NC_080391.1:14667233-14667247promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14668861-14673370(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTC
SmilChr07G003979 Chr07 NC_080393.1:50761740-50761754promoter 内 2360-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50758303-50760113(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCAGCTT
SmilChr05G002062 Chr05 NC_080391.1:21488264-21488278promoter 内 2173-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21484523-21486450(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCTGCCGACCTCC
SmilChr02G003646 Chr02 NC_080388.1:57842425-57842439promoter 内 2156-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57829536-57840594(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCGCGCCGACATTT
SmilChr01G004864 Chr01 NC_080387.1:66779447-66779461promoter 内 1967-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66774740-66777427(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCAAAGT
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