转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 41 / 143 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000299 Chr03 NC_080389.1:3414072-3414083promoter 内 1931-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3410844-3412013(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
SmilChr03G002256 Chr03 NC_080389.1:35505012-35505023promoter 内 1862-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 35498895-35502884(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
SmilChr05G000849 Chr05 NC_080391.1:6698587-6698598promoter 内 1798-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6693085-6696395(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTACAGCTGGT
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:51001040-51001051promoter 内 1479-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50997014-50998529(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACCAGCTGTAAA
SmilChr04G001420 Chr04 NC_080390.1:23070146-23070157promoter 内 1208-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 23072939-23074810(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr05G002856 Chr05 NC_080391.1:34048600-34048611promoter 内 1203-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 34051398-34051890(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr03G000298 Chr03 NC_080389.1:3414072-3414083promoter 内 652-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3409304-3410734(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
SmilChr07G000658 Chr07 NC_080393.1:4435441-4435452promoter 内 340-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 4439102-4444012(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CAGACAGCTGGG
SmilChr05G001169 Chr05 NC_080391.1:9794808-9794819promoter 内 244-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 9798565-9802629(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr05G003112 Chr05 NC_080391.1:39649110-39649121promoter 内 209-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 39652902-39655262(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGGACAGCTGTA
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48048865-48048876promoter 内 5-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 48052861-48056753(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTACAGCTGTG
SmilChr01G004068 Chr01 NC_080387.1:59107091-59107102promoter 内 3969-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 59107123-59109816(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CAGACAGCTGGG
SmilChr05G003854 Chr05 NC_080391.1:52090857-52090868promoter 内 3883-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 52090975-52095282(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr05G003883 Chr05 NC_080391.1:52593394-52593405promoter 内 3883-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 52593512-52597822(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr01G002404 Chr01 NC_080387.1:41395710-41395721promoter 内 3804-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 41395907-41396679(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr02G005366 Chr02 NC_080388.1:74356876-74356887promoter 内 3709-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74352580-74356595(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTAGT
SmilChr08G000423 Chr08 NC_080394.1:3013018-3013029promoter 内 3702-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3013317-3017662(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr03G003714 Chr03 NC_080389.1:56084251-56084262promoter 内 3611-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 56083801-56083872(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTCTC
SmilChr01G000533 Chr01 NC_080387.1:10861843-10861854promoter 内 3339-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10857613-10861192(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr03G004545 Chr03 NC_080389.1:63444253-63444264promoter 内 3301-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 63444953-63447788(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTCGG
SmilChr05G002855 Chr05 NC_080391.1:34048600-34048611promoter 内 3299-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34049302-34051225(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73925018-73925029promoter 内 3141-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 73922742-73924169(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTCGG
SmilChr03G003634 Chr03 NC_080389.1:55025130-55025141promoter 内 3107-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55022605-55024247(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CAGACAGCTGGG
SmilChr04G002471 Chr04 NC_080390.1:39525146-39525157promoter 内 3095-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 39523722-39524251(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr05G000903 Chr05 NC_080391.1:7154005-7154016promoter 内 3076-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 7154930-7157290(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
SmilChr01G001759 Chr01 NC_080387.1:32296284-32296295promoter 内 2966-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32297319-32298592(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
SmilChr03G004453 Chr03 NC_080389.1:62648136-62648147promoter 内 2901-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 62649236-62651273(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr04G003901 Chr04 NC_080390.1:54778514-54778525promoter 内 2856-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54776041-54777380(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr04G002078 Chr04 NC_080390.1:33536535-33536546promoter 内 2768-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 33537768-33538851(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14129118-14129129promoter 内 2763-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 14127820-14127891(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAAA
SmilChr05G003350 Chr05 NC_080391.1:44220163-44220174promoter 内 2740-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44221424-44224741(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTACAGCTGTG
SmilChr07G001594 Chr07 NC_080393.1:13221910-13221921promoter 内 2554-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 13217975-13220474(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr03G000424 Chr03 NC_080389.1:4604790-4604801promoter 内 2473-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4606318-4613616(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTCGG
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385781-9385792promoter 内 2441-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9387341-9389181(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CAGACAGCTGGG
SmilChr01G001758 Chr01 NC_080387.1:32296284-32296295promoter 内 2263-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32292214-32294557(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr07G000837 Chr07 NC_080393.1:5966575-5966586promoter 内 2236-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5961133-5964821(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGAGCTGTCAC
SmilChr04G002472 Chr04 NC_080390.1:39525146-39525157promoter 内 2140-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 39527007-39527561(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr01G001048 Chr01 NC_080387.1:21770596-21770607promoter 内 2075-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 21772522-21840439(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGAGCTGTCGA
SmilChr03G000423 Chr03 NC_080389.1:4604790-4604801promoter 内 2066-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4600185-4602866(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
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SmilChr06G003120 Chr06 NC_080392.1:44027808-44027819promoter 内 2048-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44019043-44025866(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTGAA
SmilChr01G004253 Chr01 NC_080387.1:60821719-60821730promoter 内 1951-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60823769-60824749(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGACAGCTCGA
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SmilChr03G003042 Chr03 NC_080389.1:47320795-47320806promoter 内 1840-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47322956-47324529(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGAGCTGTCAG
SmilChr04G003359 Chr04 NC_080390.1:50188223-50188234promoter 内 1780-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50190444-50193928(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGACAGCTCGA
SmilChr08G001538 Chr08 NC_080394.1:12520605-12520616promoter 内 1771-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12522835-12522905(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATG
SmilChr05G002517 Chr05 NC_080391.1:27951493-27951504promoter 内 1770-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 27953724-27955181(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCCAGCTGTAAT
SmilChr03G000146 Chr03 NC_080389.1:1610286-1610297promoter 内 1485-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1602765-1607781(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CATAGCTGTCAA
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SmilChr05G002890 Chr05 NC_080391.1:34669510-34669521promoter 内 1422-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34672089-34681025(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTGACAGCTCAA