转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 53 / 147 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5440852-5440865promoter 内 1795-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5443058-5444817(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGGTGGTCAACGG
SmilChr04G001394 Chr04 NC_080390.1:22670583-22670596promoter 内 1599-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22666725-22668194(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACGAAGTCAACCG
SmilChr04G003210 Chr04 NC_080390.1:48943877-48943890promoter 内 1564-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48946314-48950345(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATGCAGTCAACGC
SmilChr01G003540 Chr01 NC_080387.1:53999766-53999779promoter 内 1521-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53997176-53997299(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTTTGAG
SmilChr04G001934 Chr04 NC_080390.1:31437938-31437951promoter 内 1519-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31440420-31444948(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTTATAC
SmilChr04G003006 Chr04 NC_080390.1:46445755-46445768promoter 内 1483-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46439302-46443250(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATGCAGTCAACGC
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60044024-60044037promoter 内 1462-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60033926-60041498(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCAAGCA
SmilChr01G000762 Chr01 NC_080387.1:16680592-16680605promoter 内 1353-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16676500-16677957(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCCGTGGTCAACGG
SmilChr03G004238 Chr03 NC_080389.1:60907302-60907315promoter 内 1332-1345 bp - 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60909971-60911719(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTGTAGTCAACGA
SmilChr03G002500 Chr03 NC_080389.1:39828356-39828369promoter 内 1307-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39831050-39831934(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTTAT
SmilChr01G003539 Chr01 NC_080387.1:53999766-53999779promoter 内 1298-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53996979-53997076(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTTTGAG
SmilChr01G002876 Chr01 NC_080387.1:47343579-47343592promoter 内 1276-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47346304-47347005(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTCGTC
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17215817-17215830promoter 内 1197-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17210660-17213026(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTAAAGTCAAAGA
SmilChr01G004075 Chr01 NC_080387.1:59193090-59193103promoter 内 1182-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59195909-59201102(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTTAT
SmilChr02G004620 Chr02 NC_080388.1:68727250-68727263promoter 内 1165-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68730086-68732756(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTAAAAGTCAAAGT
SmilChr01G003538 Chr01 NC_080387.1:53999766-53999779promoter 内 1146-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53996803-53996924(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTTTGAG
SmilChr03G000831 Chr03 NC_080389.1:9527351-9527364promoter 内 1129-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9523425-9524492(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTGTTGT
SmilChr03G003004 Chr03 NC_080389.1:46889482-46889495promoter 内 1128-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46886538-46886622(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTTAC
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50580575-50580588promoter 内 1078-1091 bp - 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50583498-50586790(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATAAAAGTCAAAGT
SmilChr02G000273 Chr02 NC_080388.1:3518769-3518782promoter 内 1036-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3515075-3515817(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTTCA
SmilChr03G001456 Chr03 NC_080389.1:17389010-17389023promoter 内 957-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17392054-17392160(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGGTGGTCAACGG
SmilChr03G003675 Chr03 NC_080389.1:55581029-55581042promoter 内 864-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55584166-55587978(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTTCCA
SmilChr02G000565 Chr02 NC_080388.1:7959291-7959304promoter 内 789-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7962503-7964742(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAACTT
SmilChr03G000512 Chr03 NC_080389.1:5508488-5508501promoter 内 691-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5511798-5516423(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTTCCA
SmilChr04G001537 Chr04 NC_080390.1:25290517-25290530promoter 内 675-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25284434-25287204(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAAAAGTCAAAGT
SmilChr02G005418 Chr02 NC_080388.1:74643463-74643476promoter 内 674-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74637606-74640149(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTATAAGTCAACCC
SmilChr04G002507 Chr04 NC_080390.1:40056079-40056092promoter 内 616-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40059464-40064097(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGGTCAACGC
SmilChr02G002957 Chr02 NC_080388.1:50098066-50098079promoter 内 486-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50101581-50105146(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAACAGTCAACCA
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228170-10228183promoter 内 382-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGGTGGTCAACGG
SmilChr04G000853 Chr04 NC_080390.1:10793790-10793803promoter 内 378-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10797413-10801269(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCACCGC
SmilChr01G004731 Chr01 NC_080387.1:65489102-65489115promoter 内 357-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 65492746-65494127(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTTTCA
SmilChr03G002806 Chr03 NC_080389.1:44528912-44528925promoter 内 105-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44519219-44525029(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTAATT
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58604948-58604961promoter 内 2773-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 58606176-58610147(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAATGAGTCAACGT
SmilChr01G004931 Chr01 NC_080387.1:67364898-67364911promoter 内 2247-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 67366652-67368209(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTTGTG
SmilChr02G001608 Chr02 NC_080388.1:29950154-29950167promoter 内 345-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 29944973-29946511(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTTGAG
SmilChr01G003788 Chr01 NC_080387.1:56266670-56266683promoter 内 3953-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 56263367-56266635(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCATTGACTTTTCA
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