转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 57 / 133 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000498 Chr03 NC_080389.1:5317020-5317034promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5320350-5320955(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAAGATAAGGAAAG
SmilChr03G000792 Chr03 NC_080389.1:9012647-9012661promoter 内 667-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 9008719-9009327(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAAGATAAGGAAAG
SmilChr02G002173 Chr02 NC_080388.1:38959902-38959916promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38956013-38956561(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGTATGA
SmilChr01G001875 Chr01 NC_080387.1:33774362-33774376promoter 内 503-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 33767560-33770878(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATATCTTATCCATC
SmilChr01G001919 Chr01 NC_080387.1:34331128-34331142promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 34324330-34327608(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATATCTTATCCATC
SmilChr01G001546 Chr01 NC_080387.1:29451601-29451615promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 29455233-29455428(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCGGATAAGACCAT
SmilChr02G004861 Chr02 NC_080388.1:70741665-70741679promoter 内 362-376 bp + 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70745304-70746864(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACGGATAAGGTGGT
SmilChr02G000415 Chr02 NC_080388.1:5299589-5299603promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5294334-5295726(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGAGATAAGGAGAT
SmilChr02G002163 Chr02 NC_080388.1:38863530-38863544promoter 内 111-125 bp + 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38852543-38859654(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCTCTG
SmilChr02G003724 Chr02 NC_080388.1:58860535-58860549promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58858677-58860474(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTCCTTATCTCTT
SmilChr02G003322 Chr02 NC_080388.1:54480386-54480400promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54473930-54480194(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAAGGATAAGATAAA
SmilChr02G003760 Chr02 NC_080388.1:59290219-59290233promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59263956-59289989(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAACCGTTATCCATT
SmilChr01G002716 Chr01 NC_080387.1:45429843-45429857promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45428824-45429611(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49373829-49373843promoter 内 3641-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49374189-49376325(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCGGATAAGAGGTG
SmilChr01G001168 Chr01 NC_080387.1:23722431-23722445promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23722938-23723570(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAACCTTATCAACT
SmilChr02G002065 Chr02 NC_080388.1:37208623-37208637promoter 内 3333-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37203806-37207969(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr01G005132 Chr01 NC_080387.1:69113606-69113620promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69112292-69112935(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGCAAGG
SmilChr01G001767 Chr01 NC_080387.1:32507182-32507196promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32508018-32513077(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr02G004787 Chr02 NC_080388.1:70028406-70028420promoter 内 3084-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70026246-70027503(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTACATTATCCATA
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10620837-10620851promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10621817-10621901(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTCCCCTTATCTTCT
SmilChr01G000438 Chr01 NC_080387.1:8802628-8802642promoter 内 3018-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8799929-8801659(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4234546-4234560promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4235592-4237346(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
SmilChr02G000013 Chr02 NC_080388.1:102896-102910promoter 内 2828-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 101051-101737(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCAACTTATCCACT
SmilChr01G001328 Chr01 NC_080387.1:26438448-26438462promoter 内 2701-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26434729-26437162(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAACCCTTATCTCTT
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72217296-72217310promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72218714-72221703(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72195229-72195243promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72196648-72208636(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
SmilChr02G005551 Chr02 NC_080388.1:75488444-75488458promoter 内 2493-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75489952-75493024(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTACATTATCCAAA
SmilChr01G000748 Chr01 NC_080387.1:16562130-16562144promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16556310-16560632(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGGAT
SmilChr03G001337 Chr03 NC_080389.1:15607645-15607659promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15609180-15610408(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr02G000744 Chr02 NC_080388.1:12042366-12042380promoter 内 2449-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12037994-12040828(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTAGCTTATCCCAA
SmilChr03G001346 Chr03 NC_080389.1:15712782-15712796promoter 内 2394-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15709870-15711189(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCAGATAAGGACGG
SmilChr01G001057 Chr01 NC_080387.1:21900325-21900339promoter 内 2310-2324 bp - 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21902016-21904918(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCAACTTATCCACT
SmilChr02G004763 Chr02 NC_080388.1:69806558-69806572promoter 内 2307-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69802998-69804878(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr01G000439 Chr01 NC_080387.1:8802628-8802642promoter 内 2246-2260 bp - 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8800797-8800887(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
SmilChr02G002899 Chr02 NC_080388.1:49257936-49257950promoter 内 2240-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49259697-49261085(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGAGCAT
SmilChr01G000493 Chr01 NC_080387.1:10048894-10048908promoter 内 2225-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10046263-10047132(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCAACTTATCCACT
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35220065-35220079promoter 内 2218-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 35221848-35224928(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGTTAA
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SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3133021-3133035promoter 内 1896-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3135126-3138047(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGTTGCT
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SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52508852-52508866promoter 内 1778-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52505293-52506643(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGTCTTC
SmilChr02G001014 Chr02 NC_080388.1:17884688-17884702promoter 内 1696-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17886993-17888133(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGAGAGC
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56854240-56854254promoter 内 1614-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCCTTATCATCA